R语言包的操作

包是R函数、数据、预编译代码以一种定义完善的格式组成的集合。

1. 设置镜像源

# 查看当前镜像源
getOption("repos") 
options()$repos
options()$BioC_mirror # biocondutor镜像源

# 设置
chooseCRANmirror()  # 选择数字
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) # 清华镜像源

# 设置biocondutor镜像源
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor") # 清华
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")  # 中科大

2. 查看设置库的路径

计算机上存储包的目录称为库（library）。

.libPaths() #查看
.libPaths('new_path') #设置

3. 查看已安装的包及版本

library() #显示库的路径和所有已经安装包的信息

installed.packages() #显示已安装的包及版本

.packages(all.available=TRUE) #显示库里（已经安装）所有的包
# (.packages()) # 显示加载的包，默认all.available=FALSE

getOption("defaultPackages") #查看启动R时自动载入的包

version    # 查看R版本
packageVersion('BiocVersion')  # Bioconductor version 

packageVersion('monocle') # monocle版本
ls("package: monocle") # 查看monocle包的函数，类等

packageVersion('BiocManager') # BiocManager版本

4. 包的安装和卸载

install.packages("dplyr") #包名称要加引号
update.packages("dplyr") #升级

# 指定镜像源安装
install.packages("XML", repos = "https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")

getOption("repos") #查看默认镜像源

# 配置CRAN (The Comprehensive R Archive Network) 镜像源
# 打开 .Rprofile (linux 下位于 ~/.Rprofile )。
# 在文末添加如下语句:
# options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))

remove.packages("dplyr") #卸载

# bioconductor包的安装
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("GEOquery")

4. 包的加载和卸除

#加载包，不需要加引号
library(GEOquery)
require(dplyr)

# 卸除包，注意不是卸载
detach("package:GEOquery")
detach("package:dplyr")

# 显示加载的包
(.packages())


# Collect Information About the Current R Session
sessionInfo()

5. 获得包的帮助信息

help(package=dplyr)
library(help = dplyr) #关于程辑包‘GEOquery’的信息

#查看包内信息,需要先加载包
require(dplyr)
ls("package:dplyr")