蛋白质原子坐标平移、旋转、缩放示例代码

在处理蛋白质结构时，常常需要对原子的坐标进行几何变换，如平移、旋转和缩放。这些变换在模拟、可视化和结构比较中非常有用。

以下是对这些操作的介绍以及示例代码。

1. 平移 (Translation)

平移就是将所有原子的坐标沿着某个方向进行移动。平移可以通过向每个原子的坐标加上一个固定的向量实现。

公式：

Python代码示例：

import numpy as np

def translate_coordinates(coords, translation_vector):
    """
    对原子坐标进行平移
    coords: (N, 3) numpy数组，表示N个原子的坐标
    translation_vector: (3,) numpy数组，表示平移向量
    """
    return coords + translation_vector

# 示例原子坐标 (单位：Å)
coords = np.array([[1.0, 1.0, 1.0], 
                   [2.0, 2.0, 2.0], 
                   [3.0, 3.0, 3.0]])

# 平移向量
translation_vector = np.array([1.0, -1.0, 0.5])

# 执行平移
new_coords = translate_coordinates(coords, translation_vecto