R包cgdsr下载MSKCC癌症基因组数据

#install.packages("cgdsr",repos="http://cran.us.r-project.org")
library(cgdsr)
#help(package=cgdsr)
#ls("package:cgdsr")
#getCancerStudies，getGeneticProfiles，getCaseLists，getProfileData

# 数据集中包括很多癌症研究项目（CancerStudies），每个研究中包含很多基因组数据类型
# 如mutation/mRNA expression/cna等（GeneticProfiles），
# 哪些样本做了哪种组学数据（CaseLists），
# 样本集中不同基因的组学数据（ProfileData）

# getGeneticProfiles:得到数据类型（mutation/mRNA expression/cna,etc.）描述数据框
# getCaseLists:得到样品的id

mycgds = CGDS("http://www.cbioportal.org/") #Construct a CGDS connection object
study_df <- getCancerStudies(mycgds)

head(study_df)
View(study_df)
dim(study_df)

mycancerstudy = getCancerStudies(mycgds)[300,1] # stad_tcga_pub
View(getCaseLists(mycgds,mycancerstudy))

mycaselist = getCaseLists(mycgds,mycancerstudy)[2,1] #stad_tcga_pub_3way_complete
#View(getCaseLists(mycgds,mycancerstudy))

mycaselist = getCaseLists(mycgds,mycancerstudy)[1,1]

## getGeneticProfiles(mycgds,mycancerstudy)[,1]
# [1] "stad_tcga_pub_gistic"                                   
# [2] "stad_tcga_pub_linear_CNA"                               
# [3] "stad_tcga_pub_mutations"                                
# [4] "stad_tcga_pub_fusion"                                   
# [5] "stad_tcga_pub_rna_seq_v2_mrna"                          
# [6] "stad_tcga_pub_rna_seq_v2_mrna_median_Zscores"           
# [7] "stad_tcga_pub_rna_seq_v2_mrna_median_all_sample_Zscores"

mygeneticprofile = getGeneticProfiles(mycgds,mycancerstudy)[2,1] #CNV data
mygeneticprofile = getGeneticProfiles(mycgds,mycancerstudy)[3,1] # Mutations data
mygeneticprofile = getGeneticProfiles(mycgds,mycancerstudy)[6,1] # mRNA data
#View(getGeneticProfiles(mycgds,mycancerstudy))

myclinicalData<- getClinicalData(mycgds,mycaselist) #临床特征数据

# 查询CGDS API并返回基于基因、组学数据和病例列表的数据。
gene_list<- c('BRCA1','BRCA2','EGFR','PTEN')
case_list = unlist(strsplit(getCaseLists(mycgds,mycancerstudy)[1,'case_ids'],' '))
#case_list <- case_list[1:8] # 取前八个
data <- getProfileData(mycgds,genes= gene_list,
                       cases=case_list,
                       caseList=mycaselist,
                       mygeneticprofile)

head(data)

数据的网页查询，探索，请参考：

http://www.cbioportal.org/datasets