kalign 进行多序列比对

Kalign是一种用于多序列比对的开源软件，可以通过命令行或在程序中调用它来执行多序列比对。

### 1. conda安装
conda install Kalign3

### 2. 序列比对
kalign  -i test.fasta -o test.aln

kalign input1.fasta input2.fasta input3.fasta -o output.fasta
# 这将比对input1.fasta、input2.fasta 和 input3.fasta 中的序列，
# 并将结果保存到 output.fasta 文件中。

# 可以使用 -format 参数指定输出格式
# Kalign支持多种输出格式，如FASTA、Clustal、Phylip等。
kalign  -format=clustal -i test.fasta -o output.clustal

### 3. 在线比对
# https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/kalign/