决定蛋白质空间结构的10 个角度

蛋白质结构的10个角度描述了蛋白质主链和侧链的几何自由度及其动态特性。这些角度分为 主链角度 和 侧链角度,共同决定了蛋白质的三维构象。

一、主链角度

主链由重复的N-Cα-C'(羰基碳)单元构成,其旋转自由度由三个二面角(φ、ψ、ω)定义:

1. φ角(Phi)
  • 定义:N-Cα-C'上,测量**C'-(N-Cα)-C'**的二面角。
  • 自由度
    • 正常情况下,φ角受主链原子的位阻影响,常见取值为 -180° ~ +180°。
    • 脯氨酸的φ角受限,因为其侧链与主链形成环状结构。
  • 影响:决定N原子与C'原子的空间关系,主要影响主链骨架的局部折叠。
2. ψ角(Psi)
  • 定义:Cα-C'之间,测量N-(Cα-C')-N的二面角。
  • 自由度
    • ψ角通常受位阻和氢键网络的约束,取值为 -180° ~ +180°。
  • 影响:决定相邻的Cα原子间的距离和角度,对主链的全局构象(例如α螺旋或β折叠)有重要作用。
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