破解蛋白质结构秘密的AlphaFold

蛋白质对于人体和生命来说
　　
　　犹如高楼大厦中的一砖一瓦
　　
　　失去蛋白质,生命也会如同
　　
　　缺少材料的大楼般轰然倒塌
　　
　　人体中存在众多类型的蛋白质,如人体免疫系统的抗体蛋白、胶原蛋白、抗冻蛋白、核糖体等,每种蛋白质都有自己独特的蛋白质三维结构。研究蛋白质,对于生命科学与药物研发具有重要的价值。
　　
　　很多人体疫病,都是由蛋白质的错误折叠引发的,比如帕金森症、阿尔斯海默症、亨廷顿症等。药物原理类似于一把钥匙,锁就是疫病靶点,通常可以把它认为是一种蛋白质。“钥匙小分子”加入锁孔就是和蛋白质发生结合,抑制蛋白质正常作用,或者激活蛋白质的某些作用。
　　
　　因此,了解和预测蛋白质的形状,有利于科学家设计出新的更有效的治疗疾病的方法,帮助新药物发现,降低实验成本。
　　
　　蛋白质是由氨基酸序列组成,但真正决定蛋白质作用的是它的3D结构,即氨基酸序列的折叠方式,如下图的示例。蛋白质结构发现的主要方法,包括X-ray晶体衍射法、核磁共振法,以及2013年后成为热门的冷冻电镜三维重构法等。但是冷冻电镜采购成本高昂,图像重构需要耗费大量的计算力,往往需要很长时间才能解出一个新的蛋白质3D结构。
　　
　　

1972年诺贝尔化学奖得主,美国生物化学家克里斯蒂安. 安芬森提出:给定一个氨基酸序列,理论上就能预测出蛋白质的3D结构。五十年来,为了验证这个理论,科学家尝试各种模型预测蛋白质结构的方法,但是在全球蛋白质结构预测领域最知名的CASP竞赛中,直到2018年预测准确率的成绩只是40%上下。
　　
　　蛋白质越大,模型越复杂和困难,因为需要考虑氨基酸之间更多相互作用。据统计,枚举一个蛋白质可能的构型平均有10的300次幂的搜索空间。采用传统的如分子动力学结构预测计算方案,需要极高的算力以及漫长的计算时间。在过去50