微生物文献调研网站与工具---持续更新（2022.09.16）

1. 全文说明

• 本文主要总结平时学习中可能使用到的相关工具、软件、公众号、网站进行汇总
• 包括篇章1）文献查询网站 2）网页工具 3）生物相关优质公众号 4）工作软件 5）常规软件的多功能使用。6) 基础的编程教程 7）邮件发送注意事项
• 本文所有提到网站、软件都来源网络整理，侵权立删。
• 相关软件都可在网上找相关版本，组内成员可以在群里自行下载。
• 转载请注明来源与说明----（本人能力有待提升，仅供交流学习）
• 对本文有补充的可以发往邮箱1602480875@qq.com 或者qq联系、也可以评论区补充
• 本文内容将为付费内容、现限时免费。

2. 文献查询网站

2.1 常用期刊查询官网

1） 高质量的期刊是值得细细品味，期刊官网可以进行长期订阅跟踪（排名不分先后）

1. nature及其子刊
2. science与其子刊
3. 中国科学
4. 微生物与进化
5. elife
6. PNAS
7. cell
8. AEM

2）文献库检索网站

8. web of science (需要校园网)搜索广度较大，且包含中文相关库。时候大量筛选时候使用。

9. 根哥学术（需要注册、免费）国内开发的针对医学相关检索很方便，界面美观。下载主要来源于sci-hub

10. 百度学术（懂得都懂）需要付费或下载困难的可以考虑下载。文献深入挖掘可以考虑使用

11. 谷粉学术挺好用，可以查询下载专业书籍

12. PubMed基础搜索

13. sciencedirect数据库

14. 谷歌学术镜像国内可以访问的，但不稳定

15. github除了程序，上面也有各种文献和学习教程，很多文献中后续的更新和软件都会在上面。

16. 国外硕博论文查询网站（可以检索到大量国外毕业论文，但有时不全需要其他手段）如：谷歌学术

17. sci-hub

18. 科研者之家（组内提供免费账号）

19. 中文学术电子书下载（适合老书）

20. 电子书下载汇总下载专业书籍

3）科研工作的持续跟进与最新进展

20. 学术跟踪 research可以关注自己领域的大佬，如果有需要可以发邮件请教。
21. 生物文献预印网站biorxiv
22. 中国科学院预印平台
23. 关注领域内实验室，如本人主要跟踪实验室1）福特实验室2）瓦赫宁根系统与生物实验室国内做进化相关团队了解较少
24. 集智斑图（可以订阅与自己领域相关的顶刊最新文章，适合集中梳理）

4 ）基于已经结题的基金学习

1. 申请项目查询
2. 结题查询

3. 网页工具

3.1 流程图绘制

绘制工具

3.2 计算网站

3.3 模型网站

代谢模型敲除网站

3.4 其他

Latex在线工具

4. 生物专业相关的优质公众号与网站

1） 生物实验工具网站

1. bio-protocol.(各种生物操作实验流程，可以订阅跟踪)
2. 关注生物实验设计的期刊
3. 优质博客
4. 科学网博客
5. 生物实验教程网站ibiology（生物物理方面）

2）公众号

6. 合成生物学期刊
7. BioArt
8. 宏基因组 （广告太多，干货越来越少）
9. 科学私享
10. nature
11. 合成生物催化剂工程
12. 生物催化梦工场
13. 遇见生物合成
14. biob资讯
15. 中国科学杂志社
16. 小柯生命
17. 饲料用酶结构生物学
18. 微生态
19. 南农LorMe

5. 科研软件

6. 常规软件的扩展功能

6.1 word

• world中批量字符匹配

• world中编辑公式

6.2 origin

• origin中使用python进行拟合

6.3 PPT

• ppt中绘制发表文章图片的技巧(待更新)

• PYMOL中使用python进行批量处理

• AI PS

• AI绘制技巧(待更新)

7. 基础的编程教程

1） matlab教程

2）python

3）Linux

4）pyMOL

8. 学术交流邮件写作

8.1 文献中代码请求

1）中文

教授您好：
我阅读了你发表的文章《Selfishness l communities》，里面的研究过程很有趣。但我在使用您文章中提供代码尝试复现结果时，您上传在github中的代码无法正常运行。是否是上传的code对运行版本与软件环境有明确限制要求（未在代码和github中看到运行说明和要求）。想请问您那是否有完整且能正常运行的源码，希望您能发往我的邮箱 一份，或者告诉我使用文章中提供的代码时需要特别注意的问题。
期待您的回复，感谢。

2021年7月1日
研究生 尚

2）英文

Hi :
Thank you for reading!
I am a third-year graduate student at jiangnan University, China.
My research is focused on Construction of controllable microbial community. I have recently read your paper: " Designing microbial consortia with defined social interactions".
I am wondering if you could kindly send me the source program, dataset and the necessary information about it. I promise they will be used only for research purposed.
Thank you very much for your kind consideration and I am looking forward to your early reply.

All the best,
sang
2021年7月1日

8.2 文章中实验材料请求

1）中文

老师您好：
我很感谢您花时间看了这封电子邮件。我是 。我的研究工作是。您在《》中提到—质粒系统很具有吸引力，在此我想向您实验室请求获取该质粒用于学术研究。我想利用该系统设计***。
我保证：
您提供的研究材料及其衍生物将只在我们的实验室用于非商业研究和教育目的。当我们的工作发表时，我们将确认研究材料的来源，并参考你们实验室的适当的出版物来描述这些材料。
感谢的您的阅读。

祝好！
尚
2021年10月28日

8.3 文献全文请求

9 文献阅读注意事项

9.1 主要记录内容

1）关注单位，通讯，一作 方便跟踪
2）重点 方法中使用的质粒、基因来源，培养条件
3）下载补充材料，对照关键信息
4）对于重要的文献还需要仔细阅读同行评议关注其他人对文章的不足之处的指出以及文章的改进过程。潜在可能的问题。

阅读流程

阅读方法