circos 可视化手册- text 篇

最新推荐文章于 2023-11-22 09:34:54 发布
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分类专栏： circos 文章标签： circos
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不论是heatmap, 还是scatter, histogram, 反应的都是基因组上某段区域对应的value值的分布，这里的value都是数值。对于value是字符串的情况，专门定义了text这种图表类型，用于展示。

看一个text的实例
在这里插入图片描述
text在图上就是一圈的字符串标记，字符串可以添加连线，表明对应的染色体位置。

配置文件的写法如下：
在这里插入图片描述
首先看下file文件中的内容， 示例如下
在这里插入图片描述
和scatter等图表的内容完全一致，只不过第4列是字符串，不是数值。

对于text而言，由于value不是数值，所以没有max和min参数，其位置完全由r0和r1</

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circos 绘制彩色的link
庐州月光的博客
06-04 1324
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! 对于links而言，默认情况下所有的links 都是同一种颜色，通过color属性指定。当我们想要构建出彩色的links 时，通常情况下有3种做法: 1. 拆分file 每一个link都有一个file指定的数据，我们可以人为的将原来的file根据条件拆分成多份，每一份对应一个link, 然后为每个link设置不同的颜色，就可以实现彩色的link了。 示例如下： 每个link定义一个文件，对应的color值不同，生成的图片如下 2. 定义rules 拆分原始数据的工作
circos 可视化手册-plots 篇
庐州月光的博客
11-08 2969
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! 不论是highlights还是links,展示的都是染色体上某段区域的信息，在实际的数据中，除了区间信息外，还会有该区间对应的数据信息，比如测序深度等信息。对于这种信息，通常我们会通过散点图，折线图等图表来展现，在circos中，也有对应的功能，通过plots这个block ， 可以在数据映射到二维坐标系中，然后通过不同的图表类型来呈现。 plots需要的数据...
R 数据可视化 —— circlize 布局
dxs18459111694的博客
11-22 187
新创建的图形会放置在前面一个图形的内侧，只有创建了图形轨迹之后，才能往里面添加图形。(该函数接口未暴露，需要这种引用方式)将极坐标转换为画布上的坐标，这样就可以为添加一些特殊的图形。函数时创建的，必须使用分类变量。通过获取当前单元格的索引，可以获取对应扇形区域的数据子集，从而到达不使用。参数可以是所有扇形的子集，意味着只对指定的这些扇形做相应的调整。可以看到不同单元格的同一个坐标点，其数据坐标是不一样的。，用于将单元格的数据坐标转换为极坐标，其逆转换函数。一样，但是更加简洁，例如，上面的代码可以改写为。
CIRCOS教程翻译 5.1——Drawing Basic Links
浮生终有醒
05-13 1892
也许弄完这一章博主就要告别深圳了，无论什么感情，都将埋葬在时间中。 #bands show_bands = yes fill_bands = yes band_stroke_thickness = 2 band_stroke_color = white band_transparency = 0#ticks show_tic
R 数据可视化 —— circlize 图形
最新发布
dxs18459111694的博客
11-22 313
这一节，我们将介绍circlize提供的图形对象函数，这些函数默认在当前的单元格中绘制。因此，如果在panel.fun函数外调用，需要传递扇形及轨迹的索引来指定单元格。例如，点图使用方式有})
采用circlize包绘制Circos图
weixin_42573332的博客
07-12 4385
​ 本文采用circlize包自带的示例数据绘制Circos图，简要描述了circlize包的绘图思想和原理，以及几个常用参数的作用。 Circos图（圈图）功能 可展示的数据：基因密度、基因功能注释、CG含量、突变频谱、CNV分布、组蛋白修饰、甲基化密度、转座子与顺式调控元件分布等等； 组学可涉及：基因组、外显子组、甲基化组、ATAC-Seq和ChiP-Seq等组学等等； 复杂度可包括：多个样本、多个组织，多个时期的组学数据； 图的类型可涵盖：（复杂）热图、散点图、密度图、折线图、（堆积）
用circlize包绘制circos-plot
R语言中文社区
03-05 1万+
作者简介Introductiontaoyan：伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/公众号：生信大讲堂往期回顾R语言可视化学习笔记之相关矩阵可视化包ggcorrplotR语言可视化学习笔记之ggrepel包R语言学习笔记之相关性矩阵分析及其可视化ggplot2学习笔记系列之利用ggplot2绘制误差棒及显著性标记ggplot2学习笔记系列之主
Circos从入门到精通
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小猪打呼噜
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Circos从入门到精通
R语言Circos图可视化
Christina
10-08 2637
R语言绘制circos heatmap
TBtools-生物信息分析
07-02
该软件主要用于生物信息相关分析。主要功能包括序列批量提取、转存、转录组富集分析
TBtools 绘制Circos图小攻略
wangyiqi806643897的专栏
02-27 1万+
虽然我是一个计算机出身的生信人，快三十的我还是明显感觉Coding能力大不如从前，逻辑思考力弱爆，但是实验还是要做，论文还是要写，好吧，可以借助一些现成软件，人家一个团队现成东西肯定比我做的好太多了。OK，原谅我的排版，感谢Latex拯救我这个审美不足的小白。 言归正传，先说TBtools，TBtools功能真心强大，可以说是为不想写代码的生物分析需求而生，具体强大的方法我也没有试验，因为目前主...
iMeta | 华南农大陈程杰/夏瑞等发布TBtools构造Circos图的简单方法
悟道西方
07-08 5457
点击蓝字 关注我们定制Circos图：使用TBtools，从数据准备到可视化https://doi.org/10.1002/imt2.35●2022年7月4日，华南农业大学夏瑞团队在iMeta在线发表了题为“A painless way to customize Circos plot: From data preparation to visualization usi...
贝塞尔包_涛哥文章系列（24）：使用RCircos包
weixin_42360237的博客
12-30 1529
1 简介RCircos软件包提供了一组图形功能，实现了基本Circos 2D轨迹图，用于可视化基因组结构的异同和基因组间隔之间的位置关系。该软件包是用R库安装附带的R图形包实现的，目的是降低使用的复杂性，并增加集成到基因组数据处理的其他R管道中的灵活性。目前提供以下图形功能：人、鼠和大鼠的染色体表意文字图数据图包括：热图柱状图线散点图平铺图用于进一步装饰的图项目包括：连接器链接(线和条带)文本(基...
用RCircos包来画圈圈图
weixin_46587777的博客
05-23 1519
用RCircos包来画圈圈图 我先讲解了画图，再讲解了一些小知识。 　安装并加载必须的packages 如果你还没有安装，就运行下面的代码安装： install.packages('RCircos') library(RCircos) 如果你安装好了，就直接加载它们即可 library(RCircos) 最基本的circos图 最基本的图，就是直接利用物种的染色体信息，展示出来即可 #导入内建人类染色体数据 data(UCSC.HG38.Human.CytoBandIdeogram) cyto.i
Circos配置文件
R语言中文社区
09-07 1741
作者简介taoyan：R语言中文社区特约作家，伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/这篇文章主要来自于Circos...
circos 可视化手册- fonts 篇
庐州月光的博客
06-04 673
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! 在circos中，fonts, colors, patterns这3个系统内置的block, 通过同一个配置文件引入，写法如下 <<include etc/colors_fonts_patterns.conf>> 这个文件的内容如下： 通过include, 将color, fonts, patterns对应的3个配置文件分别引入。 本章看下fonts相关的内容，etc/fonts.conf的部分内容如下： 文件内容为key = value
{转载}circos绘图（3）
where is redhat
10-19 1351
https://wenlongshen.github.io/2017/03/26/Circos-3/ 基本配置做好，接下来就是将各种各样的数据整合进circos环图里了，本章主要介绍links、highlights、text数据作图。 Links Links主要试图利用连线关系，表明染色体上不同位置之间的联系。这在实际生物学问题中很常用，因为基因组往往在功能调控、空间结构上存在相互作用关系，...
TBtools
kingjames1984的博客
12-10 7954
https://github.com/CJ-Chen/TBtools
"RectChr：多层次可视化全基因组统计量的工具使用手册与应用场景示例
RectChr是一款类circos功能的工具，能够帮助用户在长方形染色体上可视化各种统计量。本文档将详细介绍RectChr Version 1.33的新功能和应用场景，并提供使用手册以帮助用户更好地使用这一工具。 1.简介 RectChr是一...

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