gffread 常用使用自己速记

gffread gff3文件 -g 基因组文件 -x cds文件 -y pep 文件

gffread gff3文件 -T -o gtf文件
gffread gtf文件 -o gff文件

大家常见的-o- 是 指定输出打印到屏幕，所以也可以写成
gffread gtf文件 -o- > gff文件

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今天gffread 翻译后的蛋白投入 orthofinder 发现 orthofinder 在调用diamond报错，错误内容是无法识别 “.“字符，这是因为gffread 把stop codon翻译为”.”(dot)，而不是我们使用mega时候的""(asterisk)。
gffread 可以在使用-y pep 时候 -S "" 指定终止密码子为"*" ,但是作者在github写So ugly. 人们为什么看到星号不是通配符？他就觉得很丑。

我呢懒得重新翻译了，所以就写了一个小脚本更改一下：

stop_codon_replace.py

import sys


def replace(infile):
    with open(infile) as fi:
        for line in fi:
            line = line.strip()
            if line.startswith(">"):
                print(line)
            else:   
                if "." in line:
                    line = line.replace(".","*")
                    print(line)
                else:
                    print(line)


if __name__ == "__main__":
    replace(sys.argv[1])

然后 for循环就好了
for i in *pep; do python stop_codon_replace.py $i> $(basename $i).change ; done