reads去重复

讨厌又迷人的reads去重复
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太长不看系列

RNA-seq一般不去重复
ChIP-seq一般去重复
call SNP一般去重复

万事无绝对，还需参考起始量和PCR扩增数判断是否去重复。reads mapping覆盖均匀度可以判断是否需要去重复。

PCR去重工具首选Picard

根源上解决去重复问题：起始量高，循环数少，reads能长不短，能双端不单端

PCR重复的危害
理论上来讲，不同的序列在进行PCR扩增时，扩增的倍数应该是相同的。但是由于聚合酶的偏好性，PCR扩增次数过多的情况下，会导致一些序列持续扩增，而另一些序列扩增到一定程度后便不再进行，也就是我们常说的PCR偏好性。
当我们做RNA-seq时，我们所得到的reads覆盖度通常是不均匀的（由于不同的基因表达水平不同），如果我们不加考虑的直接remove duplicate，将会导致许多重要信息的丢失。