零代码进行单细胞数据全流程分析教程

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零代码进行单细胞数据全流程分析教程

OmicsTools软件介绍和下载教程

我开发了一款本地电脑无限使用的零代码生信数据分析作软图神器电脑软件OmicsTools，欢迎大家使用OmicsTools进行生物医学科研数据分析和作图，该软件件能让大家在不需要任何编程和代码编写的基础上，分析次数没有限制，可以无限使用，让您在自己的电脑上快速进行大量的生信分析和加速大家的科学研究。
我开发的本地电脑无限使用无限分析作图的生信零代码一键分析电脑软件神器OmicsTools 软件在github上的zihaoxingstudy1/OmicsTools仓库中，大家可以下载安装OmicsTools进行各种生信分析和可视化作图。
软件下载官方网址: https://github.com/zihaoxingstudy1/OmicsTools ，大家可以下载安装OmicsTools进行各种生信分析和可视化作图。

单细胞的全流程分析资源总览

全流程的分析指导视频

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演示数据集网盘文件

读取数据构建seurat对象

读取h5格式的单细胞测序数据文件构建Seurat分析对象

教学视频

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软件运行窗口

软件运行结果文件得到构建好的seurat对象的rds文件

单个表达矩阵的单细胞测序数据下载读取和构建Seurat分析对象

教学视频

软件运行窗口

软件运行结果文件得到构建好的seurat对象的rds文件

10X格式来源的单细胞测序数据下载读取和构建Seurat分析对象

教学视频

软件运行窗口

软件运行结果文件得到构建好的seurat对象的rds文件

seurat基本处理流程

1.单细胞测序数据质控

该模块的教学视频

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软件运行窗口

运行完成的结果文件

提取的meta.data细胞注释信息文件

质控前的结果

质控后

高变基因

2.单细胞测序的多样本整合

该模块的教学视频

单细胞测序的多样本整合和去除批次效应教程和结果解读_哔哩哔哩_bilibili单细胞测序的多样本整合和去除批次效应教程和结果解读, 视频播放量 193、弹幕量 0、点赞数 2、投硬币枚数 2、收藏人数 3、转发人数 3, 视频作者邢博士谈科教, 作者简介 OmicsTools 生信电脑软件作者，每晚11点直播教学答疑，提供生信个性化分析科研作图论文复现服务，淘宝店：生信研究，相关视频：当初花8k买的孟德尔随机化课程，分享给大家，允许白嫖，可视化go和kegg富集结果中指定的生物学通路，各种物种的基因芯片或转录组差异分析教程和结果解读，GEO中多个数据集整合教程和结果解读，单细胞一组基因的FeaturePlot拼图绘制教程和结果解读，根据GSE id和文件名构建下载链接批量下载和处理GEO数据，根据GSE编号自动下载处理GEO数据提取出表达矩阵和样本分组信息，读取暴露数据并整理成TwoSampleMR分析的标准格式直播教学，从GEO中下载的GSE压缩包的转录组RNAseq数据的多样本合并教程，3.WGCNA的软阈值计算教程和结果解读https://www.bilibili.com/video/BV1gC411J7Ht/

窗口截图

结果展示

结果文件内容

整合前后的TSNE聚类结果图

整合前后的UMAP聚类结果图

3.单细胞数据缩放和PCA降维

教学视频

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窗口截图

运行结果展示

结果文件内容

选择合适的维度数

每个主成分的特征基因

PCA降维聚类展示

4.单细胞测序自动细胞注释

使用SingleR自动进行细胞注释

该模块的视频教程

使用SingleR自动对单细胞数据进行细胞注释和结果解读_哔哩哔哩_bilibili使用SingleR自动对单细胞数据进行细胞注释和结果解读, 视频播放量 219、弹幕量 0、点赞数 1、投硬币枚数 0、收藏人数 3、转发人数 1, 视频作者邢博士谈科教, 作者简介 OmicsTools 生信电脑软件作者，每晚11点直播教学答疑，提供生信个性化分析科研作图论文复现服务，淘宝店：生信研究，相关视频：可视化go和kegg富集结果中指定的生物学通路，单细胞入门系列（5）——细胞注释（一），生信自学网-课程试学-单细胞联合孟德尔随机化分析视频(细胞通讯/细胞轨迹)，根据GSE id和文件名构建下载链接批量下载和处理GEO数据，单细胞测序不同cluster间一对多差异分析和结果解读，各种物种的基因芯片或转录组差异分析教程和结果解读，尹烨公布渐冻症科研进展：细胞都在努力地自救，我们又怎能放弃？，我开发的GEOTCGA多组学单细胞生信零代码分析神器免费下载试用，GSEA通路富集分析教程和结果解读，基因芯片或转录组等表数据的批量差异分析教程和结果解读https://www.bilibili.com/video/BV1ex4y1Y71G/

运行窗口展示

运行完成显示信息

执行已完成,运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data/res_dir/renal_cancer/GSE159115/4.scale_pca; 分析结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data/res_dir/renal_cancer/GSE159115/4.scale_pca\step4_scale_pca_scrnaseq_after_scaled_runpca_last_final_run_res_log.csv

singleR自动注释运行完成的细胞注释聚类UMAP结果图