零代码进行单细胞数据全流程分析教程

邢博士谈科教

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分类专栏：生信生物信息学科研文章标签：数据分析大数据数据挖掘

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OmicsTools的安装使用和R语言分析环境的配置教程

教程地址：OmicsTools的R语言分析环境配置教程效果示意图-CSDN博客文章浏览阅读2.1k次，点赞25次，收藏37次。我开发了一款本地电脑无限使用的零代码生信数据分析作软图神器电脑软件OmicsTools，欢迎大家使用OmicsTools进行生物医学科研数据分析和作图，该软件件能让大家在不需要任何编程和代码编写的基础上，分析次数没有限制，可以无限使用，让您在自己的电脑上快速进行大量的生信分析和加速大家的科学研究。软件下载。_omicstoolshttps://blog.csdn.net/qq_40073899/article/details/139143993

单细胞的全流程分析资源总览

全流程的分析指导视频

这个单细胞全流程分析教程视频让大家快速掌握单细胞分析_哔哩哔哩_bilibili这个单细胞全流程分析教程视频让大家快速掌握单细胞分析, 视频播放量 513、弹幕量 0、点赞数 12、投硬币枚数 8、收藏人数 68、转发人数 5, 视频作者邢博士谈科教, 作者简介 OmicsTools 生信电脑软件作者，每晚11点直播教学答疑，提供生信个性化分析科研作图论文复现服务，淘宝店：生信研究，相关视频：用GPT4进行生信分析！（中英字幕）| 单细胞分析基本流程 | 单细胞注释 | 富集分析 | GO、KEGG，可视化go和kegg富集结果中指定的生物学通路，下个生信分析热点——相分离？5分+预后模型搭配单细胞定位分析，GEO中多个数据集整合教程和结果解读，6.wgcna的TOM拓扑矩阵计算和导出到cytoscape，读取甲基化beta矩阵文件的甲基化全流程一键分析，TCGA的microRNA测序数据下载处理教程，单细胞的msigdb的gmt基因集通路富集分析，可关注我直播间跟我学习生信和直播连麦讨论各种生信分析问题，将整理的的细胞名称文件注释到seurat对象中并进行可视化教程和结果解读，02（附代码）入门必看、带你零基础学单细胞分析！标准流程、singleR自动注释精讲！！https://www.bilibili.com/video/BV11U411Z79L/

演示数据集网盘文件

分析参数文件路径格式的特别提示

大家给要分析用到的文件路径或目录路径的时候，以D:/omics_tools/demo_data/scrnaseq/GSE189125/GSE189125_5prime_scRNAseq_seqbatchA_counts.txt.gz 这个文件为例，具体的标准规范写法如下：

1.路径首先应该是一个完整的路径，从D盘的盘符D:/根目录一直到最后的文件名用左斜杠连接起来的一个完整的文件路径，这些的文件基本上都是可以被识别和读取的，不要只给一个简单的文件名，这样就不知道这个具体是你电脑上哪个磁盘哪个目录的文件

2. 给文件路径的目录路径的时候，路径分隔符全都要用/这样的左斜杠，不要用\这样的斜杠，朝右的斜杠\是不规范的，这样的文件路径不容易被软件正常识别和读取，朝左的斜杠/是标准的文件路径的给法，这样运行起来基本上都是没问题的。大家可以先把文件路径在记事本里修改好，再复制粘贴给软件去分析运行。

通过拓展虚拟内存来解决在单细胞分析时候运行内存不够的问题

操作视频教程： 在windows系统上设置虚拟内存拓展解决单细胞等生信分析内存不够的问题_哔哩哔哩_bilibili大家看了我整个单细胞分析流程的系统讲解视频+每个模块的实操讲解视频+每个模块的演示数据，这样下来基本上一天就能精通单细胞的全流程分析，并能快速用自己的单细胞测序数据或公共数据库下载的单细胞数据在自己的电脑上跑完单细胞分析的全部流程。包括但不限于单细胞数据的全流程零代码一键分析软件神器OmicsTools在我的github仓库zihaoxingstudy1/OmicsTools仓库中大家可以下载安, 视频播放量 0、弹幕量 0、点赞数 0、投硬币枚数 0、收藏人数 0、转发人数 0, 视频作者邢博士谈科教, 作者简介 OmicsTools 生信电脑软件作者，每晚11点在线直播论文复现教学，提供生信个性化分析科研作图服务，淘宝店：生信研究，相关视频：https://www.bilibili.com/video/BV1bm42137tz/

读取数据构建seurat对象

样本名称的特别重要的注意事项：

不管是GEO的单细胞数据，还是自己的单细胞数据或其他来源的数据的时候，大家在对文件名可能也需要做一定的修改，就是文件名开头在第1个下划线之前的那个文件名的名字就要把它变成是唯一的，一般GEO的数据开头就用GSM编号开头，每个样本的gsm编号就是唯一的，如果是自己的数据也要让他前面的那个名字变成唯一的，再用一个下划线跟后面的文件名的部分进行分隔开，然后软件只会提取出第1个下划线前面的这个名字作为样本的 id和创建出这个样本的目录，大家注意，如果你第1个下划线前面的这个名字跟其他样本不是唯一的，那么就会造成样本的一个重复，所以的话每个样本在第1个下划线之前的名字编号都要把它变成是唯一的跟其他的样本的地名字不重复的，这是在文件名字修改和读取的时候特别重要的注意事项。

读取h5格式的单细胞测序数据文件构建Seurat分析对象

教学视频

1.下载读取各种类型的单细胞数据文件构建Seurat处理对象_哔哩哔哩_bilibili1.使用我开发的OmicsTools生信分析神器软件读取各种类型的单细胞数据文件构建Seurat处理对象#数据分析 #数据挖掘, 视频播放量 267、弹幕量 0、点赞数 2、投硬币枚数 0、收藏人数 6、转发人数 1, 视频作者邢博士谈科教, 作者简介 OmicsTools 生信电脑软件作者，每晚11点直播教学答疑，提供生信个性化分析科研作图论文复现服务，淘宝店：生信研究，相关视频：01.1（附代码）单细胞入门必看！10x、h5、csv、tsv多种单细胞类型数据下载与整理精讲，根据GSE id和文件名构建下载链接批量下载和处理GEO数据，读取多个样本的单细胞表达矩阵文件构建seurat分析对象，05（附代码）GEO数据下载与整理，保姆级教程，带你零基础学生信，一键整理GEO数据与临床样本数据，TCGA突变数据下载和处理教程，02（附代码）保姆级教程，带你零基础学生信，一键出图-差异表达分析，我开发的OmicsTools零代码生信分析神器电脑软件下载教程，根据GSE编号自动下载处理GEO数据提取出表达矩阵和样本分组信息，单细胞测序数据质控详细教程讲解，TCGA的microRNA测序数据下载处理教程https://www.bilibili.com/video/BV1SE421g72M/

软件运行窗口

软件运行结果文件得到构建好的seurat对象的rds文件

单个表达矩阵的单细胞测序数据下载读取和构建Seurat分析对象

注意事项

如果是读取的单个表达矩阵文件来构建seurat分析对象的话, 这个表达矩阵文件可以是CSV,TXT, TSV或者csv.gz,txt.gz, tsv.gz 等格式的表格文件

如果这单个表达矩阵文件里面含有多个样本，比如说多个GSM编号的样本，那么就必须要提供一个meta.data文件 ,这个meta data文件里面含有了每个样本的几千个细胞的细胞标签ID，这样的话就能够知道每个样本大概是由哪些单细胞数据。

如果是该项目只有一个样本的话，那么就可以不用提供meta data文件。

教学视频

软件运行窗口

软件运行结果文件得到构建好的seurat对象的rds文件

读取一个目录下多个样本的表达矩阵文件构建seurat分析对象

表达矩阵文件可以是CSV,TXT, TSV或者csv.gz,txt.gz, tsv.gz 等格式的表格文件

教学视频

https://www.bilibili.com/video/BV1bt421K7md/https://www.bilibili.com/video/BV1bt421K7md/

软件运行窗口

软件运行结果文件得到构建好的seurat对象的rds文件

10X格式来源的单细胞测序数据下载读取和构建Seurat分析对象

教学视频

读取10X数据的格式要求和注意事项

1. 如上图的演示数据集的格式所示，每个样本有三个文件，这三个文件的后缀分别是： barcodes.tsv.gz , features.tsv.gz, matrix.mtx.gz 来结尾。

2. 需要注意的是这三个文件每个文件都是一个.gz压缩包，大家不要把这些.gz压缩包文件跟他解压了，因为10X的文件读取都是以.gz压缩包的格式来读取的

3. 如果大家是用的从GEO数据库上下载的单细胞的公共数据集，一般的话，每个样本的样本编号应该对应的是一个GSM开头的样本编号，对于GEO上的数据，大家需要把GSM编号放在最前面，GSM编号跟后面的文件名用下划线_分隔开，比如GSM5580154_GCmatrix.mtx.gz，GSM5580154_GC-barcodes.tsv.gz, GSM5580154_GC-features.tsv.gz这个样本的三个10X文件, 就是GSM5580154后面加一个下划线_跟后面的GC-barcodes.tsv.gz,GC-features.tsv.gz,GCmatrix.mtx.gz进行隔开, 软件在提取这样的GSM样本编号的时候是以下划线跟后面的文件名进分隔开并只提取下划线前面的GSM编号来创建每个样本的目录,以这三个10X文件为例，后面软件只会提取出GSM5580154作为样本编号并自动创建出这样一个目录，后面会用这些GSM编号作为样本的id, 所以大家在对于GSM样本要处理的时候，大家都是要让这样的文件名开头是以大写的GSM编号开头, 且GSM编号跟后面的文件名字中间要以一个下划线隔开。

4. 对于不管是GEO的数据，而是自己的单细胞数据或其他来源的数据的时候，大家在对文件名可能也需要做一定的修改，就是文件名开头在第1个下划线之前的那个文件名的名字就要把它变成是唯一的，再用一个下划线跟后面的文件名的部分进行分隔开，然后软件只会提取出第1个下划线前面的这个名字作为样本的 id和创建出这个样本的目录，大家注意，如果你第1个下划线前面的这个名字跟其他样本不是唯一的，那么就会造成样本的一个重复，所以的话每个样本在第1个下划线之前的名字编号都要把它变成是唯一的跟其他的样本的地名字不重复的。

软件运行窗口

软件运行结果文件得到构建好的seurat对象的rds文件

seurat基本处理流程

1.单细胞测序数据质控

该模块的教学视频

单细胞测序数据分析的质控教程和结果解读教学视频_哔哩哔哩_bilibili单细胞测序数据分析的质控教程和结果解读教学视频, 视频播放量 194、弹幕量 0、点赞数 2、投硬币枚数 0、收藏人数 7、转发人数 5, 视频作者邢博士谈科教, 作者简介 OmicsTools 生信电脑软件作者，每晚11点直播教学答疑，提供生信个性化分析科研作图论文复现服务，淘宝店：生信研究，相关视频：各种物种的基因芯片或转录组差异分析教程和结果解读，单细胞测序的多样本整合和去除批次效应教程和结果解读，单独绘制单细胞中每个基因的violin plot，TCGA的microRNA测序数据下载处理教程，单细胞测序不同cluster间一对多差异分析和结果解读，所有生信分析的R包我都编译打包了一份，大家下载到自已电脑上就可以开箱即用了，能解决各种R包安装失败问题，可视化go和kegg富集结果中指定的生物学通路，3.WGCNA的软阈值计算教程和结果解读，根据每种细胞的marker基因集来进行单细胞测序的细胞注释教程和结果解读，差异甲基化位点结果的棒棒糖图可视化教程和结果解读https://www.bilibili.com/video/BV1RD421T74j/

对于10X数据在指控时需要注意的事情

一般10X数据在第1步读取数据，构建seurat分析对象的时候就会在那个数据目录下，创建出每个样本的一个目录，然后在质控的时候我们会给一个分组文件，分组文件里面其中一个特别重要的就是要给出simple id样本id列这个样本id列的每个样本的id就是在10X数据读取的时候，创建出的每个样本目录的目录名称.

质控的参数设置参考

1. **① 最小细胞数 (Min. cells per gene):**
- **含义:** 过滤掉只在极少数细胞中检测到的基因。这些基因可能代表着噪音或技术误差，对后续分析贡献不大。
- **阈值设置范围:** 通常设置为 3-10。
- **建议:**
* 数据质量高，细胞数量多，可以设置得高一些，例如 10。
* 反之，如果数据质量低，细胞数量少，则需要设置得低一些，例如 3。

2. **② 最小基因数 (Min. genes per cell):**
- **含义:** 过滤掉表达基因数量过少的细胞。这些细胞可能是死细胞、濒死细胞、或测序质量差的细胞。
- **阈值设置范围:** 通常设置为 200-500。
- **建议:**
* 细胞类型复杂，预期基因表达谱较广，可以设置得高一些，例如 500。
* 反之，如果细胞类型单一，可以设置得低一些，例如 200。
* 测序深度也会影响该阈值的设置，测序深度越高，可以设置得越高。

3. **③ high_nGene个数 (Max. genes per cell):**
- **含义:** 过滤掉表达基因数量过多的细胞。这些细胞可能是双峰细胞 (doublets) 或多峰细胞 (multiplets)，即两个或多个细胞被错误地识别为一个细胞。
- **阈值设置范围:** 通常设置为 2500-6000。
- **建议:** 绘制基因数量的直方图，观察是否存在明显的双峰或异常峰，然后根据情况设置阈值。

4. **⑦ 线粒体百分比 (%) (Percent mito):**
- **含义:** 过滤掉线粒体基因比例过高的细胞。这些细胞可能是受损细胞或处于凋亡状态的细胞。
- **阈值设置范围:** 通常设置为 5%-20%。
- **建议:**
* 绘制线粒体基因比例的直方图，观察是否存在异常峰。
* 不同的细胞类型，线粒体含量会有差异。

5. **⑧ 核糖体RNA百分比 (%) (Percent ribo):**
- **含义:** 过滤掉核糖体RNA (rRNA) 比例过高的细胞。 rRNA 虽然在细胞中含量很高，但它对区分细胞类型和状态的贡献较小。去除高 rRNA 比例的细胞可以提高数据分析的准确性。
- **阈值设置范围:** 建议根据具体情况逐步调整，例如从 10% 或 15% 开始，逐步降低到 5% 或 1%。
- **建议:**
* 查看 rRNA 比例分布直方图，观察是否存在异常峰或双峰。
* 参考相关研究中使用的阈值。

**再次强调:** 参数设置没有绝对的标准，需要根据具体的数据和分析目的进行调整。可以尝试不同的参数组合，比较不同参数设置下的分析结果，并参考相关文献或咨询专业人士的意见.

软件运行窗口

运行完成的结果文件

提取的meta.data细胞注释信息文件

质控前的结果

质控后

高变基因

2.单细胞测序的多样本整合

该模块的教学视频

单细胞测序的多样本整合和去除批次效应教程和结果解读_哔哩哔哩_bilibili单细胞测序的多样本整合和去除批次效应教程和结果解读, 视频播放量 193、弹幕量 0、点赞数 2、投硬币枚数 2、收藏人数 3、转发人数 3, 视频作者邢博士谈科教, 作者简介 OmicsTools 生信电脑软件作者，每晚11点直播教学答疑，提供生信个性化分析科研作图论文复现服务，淘宝店：生信研究，相关视频：当初花8k买的孟德尔随机化课程，分享给大家，允许白嫖，可视化go和kegg富集结果中指定的生物学通路，各种物种的基因芯片或转录组差异分析教程和结果解读，GEO中多个数据集整合教程和结果解读，单细胞一组基因的FeaturePlot拼图绘制教程和结果解读，根据GSE id和文件名构建下载链接批量下载和处理GEO数据，根据GSE编号自动下载处理GEO数据提取出表达矩阵和样本分组信息，读取暴露数据并整理成TwoSampleMR分析的标准格式直播教学，从GEO中下载的GSE压缩包的转录组RNAseq数据的多样本合并教程，3.WGCNA的软阈值计算教程和结果解读https://www.bilibili.com/video/BV1gC411J7Ht/

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结果展示

结果文件内容

整合前后的TSNE聚类结果图

整合前后的UMAP聚类结果图

3.单细胞数据缩放和PCA降维

**高变基因个数:**
- **含义:** 选择用于降维分析的高变基因数量。高变基因是指在不同细胞之间表达量差异较大的基因，这些基因能够更好地反映细胞之间的异质性。
- **阈值设置范围:** 通常选择 2000-4000 个高变基因。
- **建议:**
* 数据越复杂，需要选择的高变基因数量越多。

** PCA数:**
- **含义:** 选择用于聚类分析的主成分数量。主成分分析 (PCA) 是一种降维方法，可以将高维数据转换为低维数据，同时保留尽可能多的信息。
- **阈值设置范围:** 通常根据主成分分析的“拐点”选择。
- **建议:**
* 使用 Elbow method 或 JackStraw plot 判断“拐点”。

教学视频

单细胞测序数据缩放和降维处理教程和结果解读_哔哩哔哩_bilibili单细胞测序数据缩放和降维处理教程和结果解读, 视频播放量 165、弹幕量 0、点赞数 0、投硬币枚数 0、收藏人数 3、转发人数 1, 视频作者邢博士谈科教, 作者简介 OmicsTools 生信电脑软件作者，每晚11点直播教学答疑，提供生信个性化分析科研作图论文复现服务，淘宝店：生信研究，相关视频：单细胞测序数据质控详细教程讲解，TCGA的microRNA测序数据下载处理教程，单细胞RNA-seq分析教程【一】测序原理，用GPT4进行生信分析！（中英字幕）| 单细胞分析基本流程 | 单细胞注释 | 富集分析 | GO、KEGG，不用编程也能快速提取符合条件的特定行列的数据集教程，单细胞测序的手动细胞名称注释教程和结果解读，表达数据集的PCA分群聚类分析和结果解读，单细胞测序cluster分群聚类和挑选最好的分辨率进行可视化，根据每种细胞的marker基因集来进行单细胞测序的细胞注释教程和结果解读，单细胞RNA-seq分析方法【八】细胞类型注释https://www.bilibili.com/video/BV1RZ421i77i/

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运行结果展示

结果文件内容

选择合适的维度数

每个主成分的特征基因

PCA降维聚类展示

4.单细胞测序自动细胞注释

使用SingleR自动进行细胞注释

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使用SingleR自动对单细胞数据进行细胞注释和结果解读_哔哩哔哩_bilibili使用SingleR自动对单细胞数据进行细胞注释和结果解读, 视频播放量 219、弹幕量 0、点赞数 1、投硬币枚数 0、收藏人数 3、转发人数 1, 视频作者邢博士谈科教, 作者简介 OmicsTools 生信电脑软件作者，每晚11点直播教学答疑，提供生信个性化分析科研作图论文复现服务，淘宝店：生信研究，相关视频：可视化go和kegg富集结果中指定的生物学通路，单细胞入门系列（5）——细胞注释（一），生信自学网-课程试学-单细胞联合孟德尔随机化分析视频(细胞通讯/细胞轨迹)，根据GSE id和文件名构建下载链接批量下载和处理GEO数据，单细胞测序不同cluster间一对多差异分析和结果解读，各种物种的基因芯片或转录组差异分析教程和结果解读，尹烨公布渐冻症科研进展：细胞都在努力地自救，我们又怎能放弃？，我开发的GEOTCGA多组学单细胞生信零代码分析神器免费下载试用，GSEA通路富集分析教程和结果解读，基因芯片或转录组等表数据的批量差异分析教程和结果解读https://www.bilibili.com/video/BV1ex4y1Y71G/

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运行完成显示信息

执行已完成,运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data/res_dir/renal_cancer/GSE159115/4.scale_pca; 分析结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data/res_dir/renal_cancer/GSE159115/4.scale_pca\step4_scale_pca_scrnaseq_after_scaled_runpca_last_final_run_res_log.csv

singleR自动注释运行完成的细胞注释聚类UMAP结果图

4.单细胞测序数据的手动注释

细胞cluster分群聚类,为手动细胞注释做准备

**resolution:**
- **含义:** Seurat 包中 FindClusters 函数的参数，控制聚类结果的粒度。分辨率越高，得到的细胞亚群越多。
- **阈值设置范围:** 通常从 0.1 开始尝试，逐步增加，例如 0.2, 0.3, 0.4，直到找到合适的聚类结果。
- **建议:**
* 没有绝对的标准，需要根据具体数据和分析目的进行调整。
* 可以根据生物学意义和聚类结果的可解释性来选择合适的 resolution。

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运行完成的文件列表

尝试多种分辨率后的聚类分群结果

挑选最好的分辨率resi,进行分群结果的可视化

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umap聚类图

tsne聚类图

单细胞聚类后的所有cluster差异分析

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结果图

使用ucell来根据每个细胞的marker基因集来计算cluster的细胞注释信息

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运行完成的结果文件

将整理的每个cluster对应的细胞名称文件注释到seurat对象中并对注释好的结果进行可视化

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结果图

把细胞名称整合到差异分析结果中

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把注释好的细胞名称添加到cluster差异分析结果中_哔哩哔哩_bilibili把注释好的细胞名称添加到cluster差异分析结果中, 视频播放量 179、弹幕量 0、点赞数 3、投硬币枚数 0、收藏人数 2、转发人数 1, 视频作者邢博士谈科教, 作者简介 OmicsTools 生信电脑软件作者，每晚11点直播教学答疑，提供生信个性化分析科研作图论文复现服务，淘宝店：生信研究，相关视频：用GPT4进行生信分析！（中英字幕）| 单细胞分析基本流程 | 单细胞注释 | 富集分析 | GO、KEGG，这个单细胞全流程分析教程视频让大家快速掌握单细胞分析，将整理的的细胞名称文件注释到seurat对象中并进行可视化教程和结果解读，我开发的GEOTCGA多组学单细胞生信零代码分析神器免费下载试用，读取甲基化beta矩阵文件的甲基化全流程一键分析，02（附代码）入门必看、带你零基础学单细胞分析！标准流程、singleR自动注释精讲！！，4.wgcna的共表达网络构建教程和结果解读，差异甲基化位点结果的棒棒糖图可视化教程和结果解读，使用SingleR自动对单细胞数据进行细胞注释和结果解读，6.wgcna的TOM拓扑矩阵计算和导出到cytoscapehttps://www.bilibili.com/video/BV1qZ421i7Pa/

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5. 单细胞转录组细胞亚型注释分析

提取部分分组的seurat子集进行后续分析或细胞的亚型注释

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提取部分分组的seurat子集进行后续分析或细胞的亚型注释_哔哩哔哩_bilibili提取部分分组的seurat子集进行后续分析或细胞的亚型注释, 视频播放量 240、弹幕量 0、点赞数 3、投硬币枚数 0、收藏人数 9、转发人数 3, 视频作者邢博士谈科教, 作者简介 OmicsTools 生信电脑软件作者，每晚11点直播教学答疑，提供生信个性化分析科研作图论文复现服务，淘宝店：生信研究，相关视频：公开单细胞队列12+乳腺癌亚型分析，yyds!，Nature 主刊文章解读2024最新顶刊文章的生信分析方案(1)，中国数据库强！拿下1区10.7分！，生信帮基因组组装与注释系列课程开讲了Day18,基因组重复序列注释分类流程图精讲,基因组预测基础知识讲解#基因组#基因组预测#基因组注释#重复序列，【生信思路课1-2】轻松学会5.6分纯生信思路-网YAO+单细胞分析，【快问快答】筛库后点板排版设计，医学生做实验分组，有什么好方法呢？，脂代谢NHANES数据库指明新思路，根据GSE id和文件名构建下载链接批量下载和处理GEO数据，结合验证实验，1区TOP发文超级简单https://www.bilibili.com/video/BV1cS411c7yu/

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NAseq_seurat_cluster_res_last_final_run_res_log.csv

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单细胞的亚型注释分析

单细胞的细胞亚型注释分析这一块儿还是用的跟前面的单细胞的手动注释一模一样的流程。我们刚刚已经是把那个你想要注释的亚型的那一种免疫细胞或者其他细胞跟它从seurat单细胞数据对象出来出来之后，然后我们对这个细胞的单细胞据进行分群聚类。把从0.1~1.5的所有分辨率都尝试一下，然后挑选出最好的分辨率确定亚型细胞cluster分群的数量。然后的话就是你要收集整理出这种细胞它的不同亚型细胞的基因mark文件，然后用这个进行基因marker文件使用UCell等方法进行亚型的注释。
我也录制了一个细胞亚型注释整个流程的教学视频，下面是我的b站的这个教学视频：

单细胞转录组分析细胞亚型注释整个流程的详细教程https://www.bilibili.com/video/BV12gv8e3Eyv/

注释出的单核细胞的亚型细胞结果图如下：