零代码进行单细胞数据全流程分析教程

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_40073899/article/details/138866062

零代码进行单细胞数据全流程分析教程

OmicsTools软件介绍和下载教程

我开发了一款本地电脑无限使用的零代码生信数据分析作软图神器电脑软件OmicsTools，欢迎大家使用OmicsTools进行生物医学科研数据分析和作图，该软件件能让大家在不需要任何编程和代码编写的基础上，分析次数没有限制，可以无限使用，让您在自己的电脑上快速进行大量的生信分析和加速大家的科学研究。
我开发的本地电脑无限使用无限分析作图的生信零代码一键分析电脑软件神器OmicsTools 软件在github上的zihaoxingstudy1/OmicsTools仓库中，大家可以下载安装OmicsTools进行各种生信分析和可视化作图。
软件下载官方网址: https://github.com/zihaoxingstudy1/OmicsTools ，大家可以下载安装OmicsTools进行各种生信分析和可视化作图。

单细胞的全流程分析资源总览

全流程的分析指导视频

这个单细胞全流程分析教程视频让大家快速掌握单细胞分析_哔哩哔哩_bilibili这个单细胞全流程分析教程视频让大家快速掌握单细胞分析, 视频播放量 513、弹幕量 0、点赞数 12、投硬币枚数 8、收藏人数 68、转发人数 5, 视频作者邢博士谈科教, 作者简介 OmicsTools 生信电脑软件作者，每晚11点直播教学答疑，提供生信个性化分析科研作图论文复现服务，淘宝店：生信研究，相关视频：用GPT4进行生信分析！（中英字幕）| 单细胞分析基本流程 | 单细胞注释 | 富集分析 | GO、KEGG，可视化go和kegg富集结果中指定的生物学通路，下个生信分析热点——相分离？5分+预后模型搭配单细胞定位分析，GEO中多个数据集整合教程和结果解读，6.wgcna的TOM拓扑矩阵计算和导出到cytoscape，读取甲基化beta矩阵文件的甲基化全流程一键分析，TCGA的microRNA测序数据下载处理教程，单细胞的msigdb的gmt基因集通路富集分析，可关注我直播间跟我学习生信和直播连麦讨论各种生信分析问题，将整理的的细胞名称文件注释到seurat对象中并进行可视化教程和结果解读，02（附代码）入门必看、带你零基础学单细胞分析！标准流程、singleR自动注释精讲！！https://www.bilibili.com/video/BV11U411Z79L/

演示数据集网盘文件

读取数据构建seurat对象

读取h5格式的单细胞测序数据文件构建Seurat分析对象

教学视频

1.下载读取各种类型的单细胞数据文件构建Seurat处理对象_哔哩哔哩_bilibili1.使用我开发的OmicsTools生信分析神器软件读取各种类型的单细胞数据文件构建Seurat处理对象#数据分析 #数据挖掘, 视频播放量 267、弹幕量 0、点赞数 2、投硬币枚数 0、收藏人数 6、转发人数 1, 视频作者邢博士谈科教, 作者简介 OmicsTools 生信电脑软件作者，每晚11点直播教学答疑，提供生信个性化分析科研作图论文复现服务，淘宝店：生信研究，相关视频：01.1（附代码）单细胞入门必看！10x、h5、csv、tsv多种单细胞类型数据下载与整理精讲，根据GSE id和文件名构建下载链接批量下载和处理GEO数据，读取多个样本的单细胞表达矩阵文件构建seurat分析对象，05（附代码）GEO数据下载与整理，保姆级教程，带你零基础学生信，一键整理GEO数据与临床样本数据，TCGA突变数据下载和处理教程，02（附代码）保姆级教程，带你零基础学生信，一键出图-差异表达分析，我开发的OmicsTools零代码生信分析神器电脑软件下载教程，根据GSE编号自动下载处理GEO数据提取出表达矩阵和样本分组信息，单细胞测序数据质控详细教程讲解，TCGA的microRNA测序数据下载处理教程https://www.bilibili.com/video/BV1SE421g72M/

软件运行窗口

软件运行结果文件得到构建好的seurat对象的rds文件

单个表达矩阵的单细胞测序数据下载读取和构建Seurat分析对象

教学视频

软件运行窗口

软件运行结果文件得到构建好的seurat对象的rds文件

10X格式来源的单细胞测序数据下载读取和构建Seurat分析对象

教学视频

软件运行窗口

软件运行结果文件得到构建好的seurat对象的rds文件

seurat基本处理流程

1.单细胞测序数据质控

该模块的教学视频

单细胞测序数据分析的质控教程和结果解读教学视频_哔哩哔哩_bilibili单细胞测序数据分析的质控教程和结果解读教学视频, 视频播放量 194、弹幕量 0、点赞数 2、投硬币枚数 0、收藏人数 7、转发人数 5, 视频作者邢博士谈科教, 作者简介 OmicsTools 生信电脑软件作者，每晚11点直播教学答疑，提供生信个性化分析科研作图论文复现服务，淘宝店：生信研究，相关视频：各种物种的基因芯片或转录组差异分析教程和结果解读，单细胞测序的多样本整合和去除批次效应教程和结果解读，单独绘制单细胞中每个基因的violin plot，TCGA的microRNA测序数据下载处理教程，单细胞测序不同cluster间一对多差异分析和结果解读，所有生信分析的R包我都编译打包了一份，大家下载到自已电脑上就可以开箱即用了，能解决各种R包安装失败问题，可视化go和kegg富集结果中指定的生物学通路，3.WGCNA的软阈值计算教程和结果解读，根据每种细胞的marker基因集来进行单细胞测序的细胞注释教程和结果解读，差异甲基化位点结果的棒棒糖图可视化教程和结果解读https://www.bilibili.com/video/BV1RD421T74j/

质控的参数设置参考

1. **① 最小细胞数 (Min. cells per gene):**
- **含义:** 过滤掉只在极少数细胞中检测到的基因。这些基因可能代表着噪音或技术误差，对后续分析贡献不大。
- **阈值设置范围:** 通常设置为 3-10。
- **建议:**
* 数据质量高，细胞数量多，可以设置得高一些，例如 10。
* 反之，如果数据质量低，细胞数量少，则需要设置得低一些，例如 3。

2. **② 最小基因数 (Min. genes per cell):**
- **含义:** 过滤掉表达基因数量过少的细胞。这些细胞可能是死细胞、濒死细胞、或测序质量差的细胞。
- **阈值设置范围:** 通常设置为 200-500。
- **建议:**
* 细胞类型复杂，预期基因表达谱较广，可以设置得高一些，例如 500。
* 反之，如果细胞类型单一，可以设置得低一些，例如 200。
* 测序深度也会影响该阈值的设置，测序深度越高，可以设置得越高。

3. **③ high_nGene个数 (Max. genes per cell):**
- **含义:** 过滤掉表达基因数量过多的细胞。这些细胞可能是双峰细胞 (doublets) 或多峰细胞 (multiplets)，即两个或多个细胞被错误地识别为一个细胞。
- **阈值设置范围:** 通常设置为 2500-6000。
- **建议:** 绘制基因数量的直方图，观察是否存在明显的双峰或异常峰，然后根据情况设置阈值。

4. **⑦ 线粒体百分比 (%) (Percent mito):**
- **含义:** 过滤掉线粒体基因比例过高的细胞。这些细胞可能是受损细胞或处于凋亡状态的细胞。
- **阈值设置范围:** 通常设置为 5%-20%。
- **建议:**
* 绘制线粒体基因比例的直方图，观察是否存在异常峰。
* 不同的细胞类型，线粒体含量会有差异。

5. **⑧ 核糖体RNA百分比 (%) (Percent ribo):**
- **含义:** 过滤掉核糖体RNA (rRNA) 比例过高的细胞。 rRNA 虽然在细胞中含量很高，但它对区分细胞类型和状态的贡献较小。去除高 rRNA 比例的细胞可以提高数据分析的准确性。
- **阈值设置范围:** 建议根据具体情况逐步调整，例如从 10% 或 15% 开始，逐步降低到 5% 或 1%。
- **建议:**
* 查看 rRNA 比例分布直方图，观察是否存在异常峰或双峰。
* 参考相关研究中使用的阈值。

**再次强调:** 参数设置没有绝对的标准，需要根据具体的数据和分析目的进行调整。可以尝试不同的参数组合，比较不同参数设置下的分析结果，并参考相关文献或咨询专业人士的意见.

软件运行窗口

运行完成的结果文件

提取的meta.data细胞注释信息文件

质控前的结果

质控后

高变基因

2.单细胞测序的多样本整合

该模块的教学视频

单细胞测序的多样本整合和去除批次效应教程和结果解读_哔哩哔哩_bilibili单细胞测序的多样本整合和去除批次效应教程和结果解读, 视频播放量 193、弹幕量 0、点赞数 2、投硬币枚数 2、收藏人数 3、转发人数 3, 视频作者邢博士谈科教, 作者简介 OmicsTools 生信电脑软件作者，每晚11点直播教学答疑，提供生信个性化分析科研作图论文复现服务，淘宝店：生信研究，相关视频：当初花8k买的孟德尔随机化课程，分享给大家，允许白嫖，可视化go和kegg富集结果中指定的生物学通路，各种物种的基因芯片或转录组差异分析教程和结果解读，GEO中多个数据集整合教程和结果解读，单细胞一组基因的FeaturePlot拼图绘制教程和结果解读，根据GSE id和文件名构建下载链接批量下载和处理GEO数据，根据GSE编号自动下载处理GEO数据提取出表达矩阵和样本分组信息，读取暴露数据并整理成TwoSampleMR分析的标准格式直播教学，从GEO中下载的GSE压缩包的转录组RNAseq数据的多样本合并教程，3.WGCNA的软阈值计算教程和结果解读https://www.bilibili.com/video/BV1gC411J7Ht/

窗口截图

结果展示

结果文件内容

整合前后的TSNE聚类结果图

整合前后的UMAP聚类结果图

3.单细胞数据缩放和PCA降维

**高变基因个数:**
- **含义:** 选择用于降维分析的高变基因数量。高变基因是指在不同细胞之间表达量差异较大的基因，这些基因能够更好地反映细胞之间的异质性。
- **阈值设置范围:** 通常选择 2000-4000 个高变基因。
- **建议:**
* 数据越复杂，需要选择的高变基因数量越多。

** PCA数:**
- **含义:** 选择用于聚类分析的主成分数量。主成分分析 (PCA) 是一种降维方法，可以将高维数据转换为低维数据，同时保留尽可能多的信息。
- **阈值设置范围:** 通常根据主成分分析的“拐点”选择。
- **建议:**
* 使用 Elbow method 或 JackStraw plot 判断“拐点”。

教学视频

单细胞测序数据缩放和降维处理教程和结果解读_哔哩哔哩_bilibili单细胞测序数据缩放和降维处理教程和结果解读, 视频播放量 165、弹幕量 0、点赞数 0、投硬币枚数 0、收藏人数 3、转发人数 1, 视频作者邢博士谈科教, 作者简介 OmicsTools 生信电脑软件作者，每晚11点直播教学答疑，提供生信个性化分析科研作图论文复现服务，淘宝店：生信研究，相关视频：单细胞测序数据质控详细教程讲解，TCGA的microRNA测序数据下载处理教程，单细胞RNA-seq分析教程【一】测序原理，用GPT4进行生信分析！（中英字幕）| 单细胞分析基本流程 | 单细胞注释 | 富集分析 | GO、KEGG，不用编程也能快速提取符合条件的特定行列的数据集教程，单细胞测序的手动细胞名称注释教程和结果解读，表达数据集的PCA分群聚类分析和结果解读，单细胞测序cluster分群聚类和挑选最好的分辨率进行可视化，根据每种细胞的marker基因集来进行单细胞测序的细胞注释教程和结果解读，单细胞RNA-seq分析方法【八】细胞类型注释https://www.bilibili.com/video/BV1RZ421i77i/

窗口截图

运行结果展示

结果文件内容

选择合适的维度数

每个主成分的特征基因

PCA降维聚类展示

4.单细胞测序自动细胞注释

使用SingleR自动进行细胞注释

该模块的视频教程

使用SingleR自动对单细胞数据进行细胞注释和结果解读_哔哩哔哩_bilibili使用SingleR自动对单细胞数据进行细胞注释和结果解读, 视频播放量 219、弹幕量 0、点赞数 1、投硬币枚数 0、收藏人数 3、转发人数 1, 视频作者邢博士谈科教, 作者简介 OmicsTools 生信电脑软件作者，每晚11点直播教学答疑，提供生信个性化分析科研作图论文复现服务，淘宝店：生信研究，相关视频：可视化go和kegg富集结果中指定的生物学通路，单细胞入门系列（5）——细胞注释（一），生信自学网-课程试学-单细胞联合孟德尔随机化分析视频(细胞通讯/细胞轨迹)，根据GSE id和文件名构建下载链接批量下载和处理GEO数据，单细胞测序不同cluster间一对多差异分析和结果解读，各种物种的基因芯片或转录组差异分析教程和结果解读，尹烨公布渐冻症科研进展：细胞都在努力地自救，我们又怎能放弃？，我开发的GEOTCGA多组学单细胞生信零代码分析神器免费下载试用，GSEA通路富集分析教程和结果解读，基因芯片或转录组等表数据的批量差异分析教程和结果解读https://www.bilibili.com/video/BV1ex4y1Y71G/

运行窗口展示

运行完成显示信息

执行已完成,运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data/res_dir/renal_cancer/GSE159115/4.scale_pca; 分析结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data/res_dir/renal_cancer/GSE159115/4.scale_pca\step4_scale_pca_scrnaseq_after_scaled_runpca_last_final_run_res_log.csv

singleR自动注释运行完成的细胞注释聚类UMAP结果图

4.单细胞测序数据的手动注释

细胞cluster分群聚类,为手动细胞注释做准备

**resolution:**
- **含义:** Seurat 包中 FindClusters 函数的参数，控制聚类结果的粒度。分辨率越高，得到的细胞亚群越多。
- **阈值设置范围:** 通常从 0.1 开始尝试，逐步增加，例如 0.2, 0.3, 0.4，直到找到合适的聚类结果。
- **建议:**
* 没有绝对的标准，需要根据具体数据和分析目的进行调整。
* 可以根据生物学意义和聚类结果的可解释性来选择合适的 resolution。

视频教程

单细胞测序cluster分群聚类和挑选最好的分辨率进行可视化_哔哩哔哩_bilibili单细胞测序cluster分群聚类和挑选最好的分辨率进行可视化, 视频播放量 179、弹幕量 0、点赞数 0、投硬币枚数 0、收藏人数 2、转发人数 1, 视频作者邢博士谈科教, 作者简介 OmicsTools 生信电脑软件作者，每晚11点直播教学答疑，提供生信个性化分析科研作图论文复现服务，淘宝店：生信研究，相关视频：单细胞测序数据分析 DoubletFinder祛除双细胞，单细胞测序数据分析细胞亚群再聚类细胞注释，流式分选与单细胞测序技术，单细胞RNA-seq分析教程【一】测序原理，用GPT4进行生信分析！（中英字幕）| 单细胞分析基本流程 | 单细胞注释 | 富集分析 | GO、KEGG，单细胞测序数据缩放和降维处理教程和结果解读，使用我开发的OmicsTools零代码进行单细胞测序数据分析可视化和细胞通讯分析系列教程，单细胞测序数据多样本整合零代码分析详细教程，不用编程也能快速提取符合条件的特定行列的数据集教程，可视化go和kegg富集结果中指定的生物学通路https://www.bilibili.com/video/BV1VC41157aW/