python将nii文件转为图片（批量处理）

最新推荐文章于 2024-10-10 19:19:42 发布

小馒头v

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本文链接：https://blog.csdn.net/qq_40794898/article/details/119025100

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该代码段展示了如何使用Python库nibabel和imageio读取.nii.gz格式的医学图像文件，并将其切片保存为.png图片。read_niifile函数加载并返回图像数据，save_fig函数则遍历图像的每个切片并保存为图片，保存路径为D:/train1/original1/。

摘要由CSDN通过智能技术生成

代码

import imutils
import nibabel as nib
import numpy as np
import imageio
import os
j=1
def read_niifile(niifile):           #读取niifile文件
    img = nib.load(niifile)          #下载niifile文件（其实是提取文件）
    img_fdata = img.get_fdata()      #获取niifile数据
    return img_fdata

def save_fig(file,j):                  #保存为图片
     fdata = read_niifile(file)       #调用上面的函数，获得数据
     (y,x,z) = fdata.shape            #获得数据shape信息：（长，宽，维度-切片数量）
     for k in range(z): 
        silce = fdata[:,:,k]         #三个位置表示三个不同角度的切片
        imageio.imwrite(os.path.join(savepicdir,'{}.png'.format(str(j)+'-'+str(k+1))),silce) #将切片信息保存为png格式
savepicdir = 'D:/train1/original1/'                      #保存png的路径
for i in range(5):
    dir = 'D:/BaiduNetdiskDownload/Task2_Naso_GTV/Naso_GTV/'+str(j)+'/data.nii.gz'  #nii的路径
    save_fig(dir,j)      
    j=j+1