生信入门：使用blast进行物种鉴定

生信小学妹

已于 2024-12-22 19:52:33 修改

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文章标签：数据库数据分析

于 2024-12-20 19:52:25 首次发布

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使用blast进行物种鉴定

BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种用于生物序列比对的工具，它可以在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较。通过blast，您可以从全基因组数据中有效地提取出您感兴趣的单个基因。这种方法不仅高效，而且可以针对特定的研究需求进行定制化的基因提取。以下是BLAST的一些本地版的blast的基本信息和功能：

一、本地blast的使用方法

1.BLAST的主要理念：

BLAST可以在核酸和/或蛋白质空间或翻译空间中进行搜索，其中核苷酸被翻译成蛋白质。

搜索可以实施不同的“策略”来优化特定任务，不同的搜索策略会返回不同的对齐结果。

使用基于评分矩阵的对齐。

2.BLAST的工作方式：

BLAST程序首先查询query序列的所有子序列，并将它们存储在哈希表中。然后搜索数据库中的匹配项。 BLAST采用启发式算法，通过大幅度降低灵敏度来减少运行时间，与FASTA软件相比，BLAST通过限制搜索在狭隘的矩阵对角线条带上，来改进搜索速度。

3.BLAST的种类：

Blastn：用于比对两个核酸序列，主要用于寻找DNA序列之间的相似性。

Blastp：专门用于比对蛋白质序列，帮助识别具有相似结构和/或功能的蛋白质。

Blastx：将核酸序列（通常是DNA）转录成蛋白质序列，并与蛋白质数据库进行比对，对于发现基因编码的蛋白质特别有用。

Tblastn：将蛋白质序列与核酸序列数据库（这些序列会被转换成蛋白质）进行比对，这在寻找某蛋白质可能的基因时非常有用。

Tblastx：比对两个核酸序列，但在比对之前，这两个序列都会被转换成蛋白质序列，这对于寻找在两种不同物种中编码相似蛋白的基因非常有价值。

4.BLAST的应用：

BLAST可用于推断序列之间的功能和进化关系，以及帮助鉴定基因家族的成员。

BLAST还能发现具有缺口的能比对上的序列。

5.BLAST的安装和使用：

5.1 安装方式

BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种广泛使用的生物信息学工具，用于比对核酸或蛋白质序列，以寻找相似性并推断两个序列之间的进化关系。以下是BLAST的安装和使用方法：
安装BLAST
1. 使用Conda安装（推荐）
如果你使用的是conda环境，安装BLAST非常简单，只需一行命令：
conda install -c bioconda blast
这将从Bioconda通道安装BLAST，包括所有必要的依赖项。
2. 手动安装
你也可以从NCBI的官方网站下载BLAST的源代码或预编译的二进制文件，并手动安装。下载链接为：
[NCBI BLAST Executables](https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/)。
对于Ubuntu环境，你可以按照以下步骤安装：
下载BLAST
wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.9.0/ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz
解压BLAST压缩包
tar -xzvf ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz
测试安装是否成功
./bin/blastp -h
如果能够显示帮助信息，则表示安装成功。

5.2 使用方法

使用BLAST
1. 创建数据库
使用makeblastdb命令创建BLAST数据库，这对于本地BLAST搜索是必需的。以下是创建核酸数据库的示例：
makeblastdb -in your_sequence_file.fasta -dbtype nucl -out your_database_name
其中your_sequence_file.fasta是你的FASTA格式的序列文件，your_database_name是你想要创建的数据库名称。
 2. 进行序列比对
创建好数据库后，你可以选择不同的BLAST工具进行序列比对，例如blastn、blastp等。以下是一个使用blastn进行搜索的示例：
blastn -query your_query_sequence.fasta -db your_database_name -out results.out
其中your_query_sequence.fasta是你的查询序列文件，your_database_name是你创建的数据库名称，results.out是输出结果文件。
 3. 更新和安装nt/nr库
如果你需要使用nt（核酸）或nr（非冗余蛋白）数据库，可以通过以下步骤安装和更新：
首先，配置环境变量.ncbirc，指定BLAST数据库的位置。
然后，使用update_blastdb.pl脚本自动下载和更新数据库。
以上是BLAST的基本安装和使用方法，更多详细信息和高级功能可以参考NCBI官方文档：[BLAST Command Line Applications User Manual](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279690/)。

6.BLAST数据库的构建：

BLAST数据库分为核酸数据库和氨基酸数据库，可以用makeblastdb创建。

makeblastdb是一个用于创建 BLAST 数据库的命令行工具。这个数据库可以是蛋白质序列的，也可以是核苷酸序列的，创建之后，就可以使用 BLAST 工具（如 blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx）进行序列比对。以下是makeblastdb的一些基本用法和参数：
基本用法
makeblastdb -in <input_file> -dbtype <protein/nucleotide> -out <output_database_name>
-in <input_file>：指定输入文件，即包含序列的 FASTA 格式文件。
-dbtype <protein/nucleotide>：指定数据库类型，protein表示蛋白质数据库，nucleotide表示核苷酸数据库。
-out <output_database_name>：指定输出数据库的名称。
### 附加参数
-title <database_title>：为数据库设置标题。
-logfile <file_name>：指定日志文件的名称，用于记录数据库创建过程中的信息。
-import_id：使用输入序列文件中的 ID 作为数据库中的序列 ID。
-max_file_sz <size>：设置文件大小限制，单位可以是 mega（MB）或giga（GB）。
-parse_seqids：解析序列标识符以提取额外信息，如物种名称和隔离地点。
-hash_index：创建哈希索引以加速搜索。
-mask_data <file_name>：指定一个文件，其中包含用于过滤序列的掩码数据。
-mask_algo <algorithm>：指定用于掩码低复杂度区域的算法，如seg、dust、windowmasker、none。
### 示例
创建一个蛋白质序列的 BLAST 数据库：
makeblastdb -in my_proteins.fasta -dbtype protein -out my_proteins_db -title "My Protein Database"
创建一个核苷酸序列的 BLAST 数据库，并使用seg算法掩码低复杂度区域：
makeblastdb -in my_nucleotides.fasta -dbtype nucleotide -out my_nucleotides_db -title "My Nucleotide Database" -mask_algo seg
使makeblastdb创建的数据库可以被 BLAST 工具用来快速检索和比对序列。创建数据库是一个一次性的过程，一旦数据库被创建，就可以多次用于不同的 BLAST 搜索，而无需重新创建。