bedtools subtract 基因区段取差集

最新推荐文章于 2022-10-21 10:21:33 发布
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基本概述：

bedtools subtract 通俗的说，得到 A - B 的区段。如果在A中发现了B区段，就把 B 扣除，通过不同的参数，扣除的标准不一样。其中，参数 -A 可以达成 Remove features with any overlap 的效果（第四行）。
在这里插入图片描述

使用方法：

bedtools subtract [OPTIONS] -a <BED/GFF/VCF> -b <BED/GFF/VCF>

或者简写成

subtractBed [OPTIONS] -a <BED/GFF/VCF> -b <BED/GFF/VCF>

参数一览

Option	Description
-f	Minimum overlap required as a fraction of A. Default is 1E-9 (i.e. 1
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菠萝西斯
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