bedtools subtract 基因区段取差集

基本概述：

bedtools subtract 通俗的说，得到 A - B 的区段。如果在A中发现了B区段，就把 B 扣除，通过不同的参数，扣除的标准不一样。其中，参数 -A 可以达成 Remove features with any overlap 的效果（第四行）。

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使用方法：

bedtools subtract [OPTIONS] -a <BED/GFF/VCF> -b <BED/GFF/VCF>

或者简写成

subtractBed [OPTIONS] -a <BED/GFF/VCF> -b <BED/GFF/VCF>

参数一览

Option	Description
-f	Minimum overlap required as a fraction of A. Default is 1E-9 (i.e. 1bp).