很多小伙伴不习惯在R中用到conda环境,其实这可能是因为你还没有使用到对环境有更高要求的包。
假如我们想安装R包A,它要求的R版本是4.3.0,但是你现在R版本是4.2.0,并且你其他的算法包都是根据4.2.0所创建的,那么就会造成这个包装不上的尴尬场景。此外,conda还能帮你解决安装R包时出现的各种系统错误(例如gcc版本等)
conda环境可以为每个项目创建一个单独的环境,刚开始用可能比较棘手,慢慢就会很节省时间了。🐖
废话不多说,直接开始安装Conda!
1.下载miniconda3 ( conda<miniconda3 < Anaconda3 )
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
这个命令是在linux终端中输入的,miniconda3管理起来更方便,很推荐!⭐
2.安装miniconda3
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
接下来会有一些回车(enter)或者需要选Y的,然后还有选择路径的,自己随意设置就行。
这两个命令就安装好conda了,然后我们需要先配置下镜像,这是为了方便我们下载R包。
3.配置conda镜像
我这里只给出了清华镜像,有需要的可以再百度下其他镜像。
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
此外,我是做生信的,所以又添加了一些生信的镜像
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
4.创建并进入conda环境
完成以上步骤后,我们就开始创建一个新的环境了
conda config --set auto_activate_base false
conda create -n my_env
这里 my_env 是我的新环境名,如果我们想在原有的环境基础上接着修改,可以用clone克隆的方式复制一个环境
conda create -n my_env --clone R_master
这里就是通过克隆环境R-master创建新环境 my_env。然后下一步如果我想对这个环境进行一些操作,比如删除包、安装包,就必须要进入这个环境了。
conda activate my_env
退出当前环境的命令是
conda deactivate
5. 在自己的环境下安装包(使用conda install)
这一节就是我们最关注的安装包了,也是我们整个实验的目的。
安装包的时候,通常有三种安装方式:
## 安装一般的软件
conda install 软件名字
conda install -c conda-forge 软件名字
## 安装CRAN中的R包
conda install r-包的名字
## 安装bioconductor中的R包
conda install bioconductor-包的名字
第一种是安装一般的软件,后面两种是安装 R包,不过这几种安装方式都比较慢(但是一般都能安装),并且也有可能出现系统错误。我建议通过 mamba 这个软件来安装R包。
6. 在自己的环境下安装包(使用mamba install)
## 安装mamba
conda install mamba
所有的conda命令都可以替换为mamba来执行,比如上面安装包的时候,可以替换如下:
## 安装一般的软件
mamba install 软件名字
mamba install -c conda-forge 软件名字
## 安装CRAN中的R包
mamba install r-包的名字
## 安装bioconductor中的R包
mamba install bioconductor-包的名字
7. 解决一些常见的小问题⭐⭐⭐
Q1. 在Rstudio中如何使用(切换)conda环境?
答:安装 conda 和 rstudio 后,我们可以通过切换conda启动项来决定是否启动conda环境和启用哪个conda环境。命令如下:
sudo vi /etc/rstudio/rserver.conf
大概这个样子 的,然后你写上
rsession-which-r=/home/dell/miniconda3/envs/my_env/bin/R
这句话就是把miniconda3下的conda环境中的my_env环境作为启动项了,当然如果你什么都不写,就默认启动非conda下的R环境了。
注:vim写字板修改文字是先按下 i 然后再输入,输入后按下 ESC 然后 :wq! j就可以退出了。
切换完环境后,记得重启下rstudio
sudo rstudio-server status #查看RStudio-server
sudo rstudio-server stop #关闭RStudio-server
sudo rstudio-server restart #重启RStudio-server
Q2. 如何查看我的镜像有哪些?
答:
sudo vi ~/.condarc
这个命令就可以看镜像了
推荐一个可以查看conda-bio中有没有某个包的网站(官网),有的话你才能用conda安装包!