UMAP/TSNE降维图结合细胞比例饼图

最近微信VIP群让复现的内容有点多，有一个小伙伴提供了一篇文献，本来是要复现其中的一个内容的，但是我随意浏览了以下文章，发现了另外一张图，展示的是单细胞降维聚类图上面结合分组细胞比例饼图，这个图很新，复现也是比较简单的，所以先对这个图下手：

image.png

（reference：Single-cell Transcriptomic Architecture Unraveling the Complexity of Tumor Heterogeneity in Distal Cholangiocarcinoma）

本来是一个简简单单的小破图， 可是需求这个东西是无穷无尽的，以后可不敢乱提了。硬生生把一个图往天花板方向发展了。

image.png

总之，这个图还是很有用的，一个图展示了多个信息，但是凑图这个路被堵死了[图片上传中...(image-152128-1687142947490-4)]

。这个内容已提前发布在微信群了，可自行下载。注释代码也已上传QQ群！

接下来我们正式做一下，首先加载单细胞对象，提取坐标和cell type。

setwd('D:/KS项目/公众号文章/单细胞聚类图上添加扇形细胞比例')
library(dplyr)
library(Seurat)
uterus <- readRDS("D:/KS项目/公众号文章/uterus.rds")
df <- uterus@reductions$tsne@cell.embeddings%>% 
  as.data.frame() %>%
  cbind(cell_type = uterus@meta.data$celltype)
colnames(df)
# [1] "tSNE_1"    "tSNE_2"    "cell_type"

然后共ggplot2做个图：

library(ggplot2)
library(dittoSeq)
library(ggrastr)
library(tidydr)
library(scatterpie)
#ggplot作图
ggplot(df, aes(x= tSNE_1 , y = tSNE_2 ,fill = cell_type))+
  geom_point_rast(size = 2,colour="grey40",shape=21) +
  scale_color_manual(values = dittoColors())+ 
  theme_dr()+
  theme(panel.grid.major = element_blank(),
        panel.grid.minor = element_blank())

image.png

然后计算细胞比例，添加上每个细胞群中心位置，用于添加饼图。也可以添加上细胞群的数量，后面做一个相对化处理，用来表示饼图大小，这个图就会更加生动。

Cellratio <- prop.table(table(uterus$orig.ident,Idents(uterus)), margin = 2)#计算各组样本不同细胞群比例
Cellratio <- as.data.frame(Cellratio)

library(tidyr)
freq <-spread(Cellratio, Var1, Freq)
colnames(freq)[1] <- 'celltype'
freq <- freq[sort(freq$celltype),]

label <- df %>%group_by(cell_type) %>%
  summarise(tSNE_1 = median(tSNE_1),
            tSNE_2 = median(tSNE_2))%>%
  as.data.frame()
rownames(label) <- label$cell_type
label <- label[c(5,3,7,6,1,2,4), ]


cell_number <- as.data.frame(table(uterus$celltype))
cell_number <- cell_number[c(5,3,7,6,1,2,4), ]
colnames(cell_number)[2]<-'cellnumber'
cell_number$cellnumber <- log2(cell_number$cellnumber)/3

data = cbind(freq,label[,c(2:3)], cell_number[,c(2)])
colnames(data)[7]<- 'cellnumber'

ggplot()+
  geom_point_rast(data=df, aes(x= tSNE_1 , y = tSNE_2 ,color = cell_type),size = 1,shape=16) +
  scale_color_manual(values = alpha(dittoColors(),0.5))+ 
  theme_dr()+
  theme(panel.grid.major = element_blank(),
        panel.grid.minor = element_blank())+
  geom_scatterpie(data=data,
                  aes(x=tSNE_1,y=tSNE_2,
                      group=celltype,
                      r=cellnumber),
                  cols=names(freq)[2:4])+
  scale_fill_manual(values = c("red", "#F0E442", "#B14380"),name='group')#修改扇形图填充颜色

image.png

最后，将细胞比例也展示在饼图山，这样就完美了。

ggplot()+
  geom_point_rast(data=df, aes(x= tSNE_1 , y = tSNE_2 ,color = cell_type),size = 1,shape=16) +
  scale_color_manual(values = alpha(dittoColors(),0.3))+ 
  theme_dr()+
  theme(panel.grid.major = element_blank(),
        panel.grid.minor = element_blank())+
  geom_scatterpie(data=data,
                  aes(x=tSNE_1,y=tSNE_2,
                      group=celltype,
                      r=cellnumber),
                  cols=names(freq)[2:4])+
  geom_text(data=data, aes(x =tSNE_1-3, y = tSNE_2+5, 
                label = paste0(formatC(HC*100, digits = 3), "%")),
            nudge_y = 0.07, nudge_x = -0.25, size = 3)+
  geom_text(data=data, aes(x =tSNE_1, y = tSNE_2-5, 
                           label = paste0(formatC(EEC*100, digits = 3), "%")),
            nudge_y = 0.07, nudge_x = -0.25, size = 3,)+
  geom_text(data=data, aes(x =tSNE_1+5, y = tSNE_2+5, 
                           label = paste0(formatC(AEH*100, digits = 3), "%")),
            nudge_y = 0.07, nudge_x = -0.25, size = 3)+
  scale_fill_manual(values = c("red", "#F0E442", "#B14380"),name='group')

image.png

在这样就完成了，感兴趣的小伙伴可以在自己文章里面展示起来了。觉得分享有用的点个赞再走呗，也可以分享给其他需要的人！