继上一期分享R包安装策略后【R包安装总是出错?这份汇总帮你一键解决!】,我们注意到特定包的安装细节仍是许多研究者面临的挑战。基于近期收到的用户咨询反馈,本篇我们针对几个高频问题R包,提供了详细解答:oligo
包怎么装才能顺利读取芯片数据?DMwR
包用哪种方法(CRAN归档、Conda或GitHub)安装最稳妥?如何直接从指定URL安装 catboost?以及,安装 extraTrees
时,如何从根源上解决因 rJava 依赖(特别是 libjvm.so 缺失)导致的失败?此外,如果你需要安装特定版本的 Matrix
包或其他包,本篇也提供了清晰的指引。
安装oligo包
oligo包可以读取芯片数据到表达矩阵。
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("oligo")
安装DMwR包
DMwR 是一个用于数据挖掘和机器学习的 R 语言包,从数据预处理到模型评估,都有相应工具。
方法1:经典CRAN安装 (曾适用,但目前可能已从CRAN归档)
install.packages("DMwR")
方法2:conda安装
conda install conda-forge::r-dmwr
方法3:对于已从CRAN归档的包,可以从GitHub上的CRAN存档镜像安装
remotes::install_github("cran/DMwR")
#加载
library(DMwR)
安装catboost包
catboost包含强大的梯度提升算法,以其出色的性能和对类别特征的友好处理受到青睐。
官方提供了预编译好的二进制包,可以直接通过URL安装(请注意版本号和系统架构可能需要更新):
# 需要先安装remotes包
# install.packages("remotes")
remotes::install_url(
"https://github.com/catboost/catboost/releases/download/v1.2.8/catboost-R-linux-x86_64-1.2.8.tgz"
)
# 注意:请检查官方releases页面获取最新或适合你系统的版本URL
library(catboost)
安装extraTrees包
extraTrees提供了极端随机森林算法的实现,但在安装时,它与rJava的依赖关系常常让新手“栽跟头”。遇到报错不要怕,我们带你一步步解决!
方法1:conda安装
conda install r::r-extratrees
方法2:手动安装
首先需要下载安装包,可以下载到家目录,也可以自定义路径
wget https://mirrors.aliyun.com/CRAN/src/contrib/Archive/extraTrees/extraTrees_1.0.5.tar.gz
在R环境安装,确定安装包的位置:
install.packages("/mnt/data/home/user/extraTrees_1.0.5.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
安装过程报错:
Error: package or namespace load failed for ‘rJava’:
.onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
error: unable to load shared object '/usr/local/lib/R/site-library/rJava/libs/rJava.so':
libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory
Execution halted
ERROR: lazy loading failed for package ‘extraTrees’
安装失败的根本原因是 extraTrees 包依赖于 rJava 包,而 rJava 无法加载。rJava无法加载的原因是libjvm.so这个文件找不到
解决方法:
1、回到终端确认是否已安装Java
java -version
sudo apt update
sudo apt install openjdk-11-jdk
#确认
java -version
2、配置R和Java的连接
sudo R CMD javareconf
然后在R环境中运行:
system("java -version")
#如果返回 Java 版本信息,说明配置成功
3、安装rJava,可以显式指定安装路径。
install.packages("rJava", lib = "/usr/local/lib/R/site-library")
#加载
library(rJava)
4、重新尝试安装
install.packages("/mnt/data/home/wpw1/extraTrees_1.0.5.tar.gz", repos = NULL, type = "source", lib = "/usr/local/lib/R/site-library")
#加载
library(extraTrees)
安装特定版本的Matrix
有时,为了保证代码的可复现性或兼容性,希望能够安装特定版本的R包,可以使用conda安装指定版本,也可以把安装包上传到服务器手动安装。
install.packages("~/Matrix_1.6-1.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
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