R包安装又报错？别慌！这份生信人专属避坑指南请收好 (oligo, DMwR, catboost, extraTrees...)

继上一期分享R包安装策略后【R包安装总是出错？这份汇总帮你一键解决！】，我们注意到特定包的安装细节仍是许多研究者面临的挑战。基于近期收到的用户咨询反馈，本篇我们针对几个高频问题R包，提供了详细解答：oligo 包怎么装才能顺利读取芯片数据？DMwR 包用哪种方法（CRAN归档、Conda或GitHub）安装最稳妥？如何直接从指定URL安装 catboost？以及，安装 extraTrees 时，如何从根源上解决因 rJava 依赖（特别是 libjvm.so 缺失）导致的失败？此外，如果你需要安装特定版本的 Matrix 包或其他包，本篇也提供了清晰的指引。

安装oligo包

oligo包可以读取芯片数据到表达矩阵。

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("oligo")

安装DMwR包

DMwR 是一个用于数据挖掘和机器学习的 R 语言包，从数据预处理到模型评估，都有相应工具。

方法1：经典CRAN安装 (曾适用，但目前可能已从CRAN归档)

install.packages("DMwR")

方法2：conda安装

conda install conda-forge::r-dmwr

方法3：对于已从CRAN归档的包，可以从GitHub上的CRAN存档镜像安装

remotes::install_github("cran/DMwR")
#加载 
library(DMwR)

安装catboost包

catboost包含强大的梯度提升算法，以其出色的性能和对类别特征的友好处理受到青睐。

官方提供了预编译好的二进制包，可以直接通过URL安装（请注意版本号和系统架构可能需要更新）：

# 需要先安装remotes包
# install.packages("remotes")

remotes::install_url(
  "https://github.com/catboost/catboost/releases/download/v1.2.8/catboost-R-linux-x86_64-1.2.8.tgz" 
)
# 注意：请检查官方releases页面获取最新或适合你系统的版本URL
library(catboost)

安装extraTrees包

extraTrees提供了极端随机森林算法的实现，但在安装时，它与rJava的依赖关系常常让新手“栽跟头”。遇到报错不要怕，我们带你一步步解决！

方法1：conda安装

conda install r::r-extratrees

方法2：手动安装

首先需要下载安装包，可以下载到家目录，也可以自定义路径

wget https://mirrors.aliyun.com/CRAN/src/contrib/Archive/extraTrees/extraTrees_1.0.5.tar.gz

在R环境安装，确定安装包的位置：

install.packages("/mnt/data/home/user/extraTrees_1.0.5.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

安装过程报错：

Error: package or namespace load failed for ‘rJava’:
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/usr/local/lib/R/site-library/rJava/libs/rJava.so':
  libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory
Execution halted
ERROR: lazy loading failed for package ‘extraTrees’

安装失败的根本原因是 extraTrees 包依赖于 rJava 包，而 rJava 无法加载。rJava无法加载的原因是libjvm.so这个文件找不到

解决方法：

1、回到终端确认是否已安装Java

java -version

sudo apt update
sudo apt install openjdk-11-jdk

#确认
java -version

2、配置R和Java的连接

sudo R CMD javareconf

然后在R环境中运行：

system("java -version")
#如果返回 Java 版本信息，说明配置成功

3、安装rJava，可以显式指定安装路径。

install.packages("rJava", lib = "/usr/local/lib/R/site-library")
#加载
library(rJava)

4、重新尝试安装

install.packages("/mnt/data/home/wpw1/extraTrees_1.0.5.tar.gz", repos = NULL, type = "source", lib = "/usr/local/lib/R/site-library")
#加载
library(extraTrees)

安装特定版本的Matrix

有时，为了保证代码的可复现性或兼容性，希望能够安装特定版本的R包，可以使用conda安装指定版本，也可以把安装包上传到服务器手动安装。

install.packages("~/Matrix_1.6-1.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

除了帮助用户解决安装包的问题，我们还提供代码纠错，程序优化，科研问题咨询等服务！

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