生信技能28-Linux服务器安装R包方式汇总

传统安装方式

对于部分R包容易安装失败， 在此不一一列举

install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("LDlinkR",ask=F,update=F)

1. conda安装（推荐）

进入https://anaconda.org/网址，搜索R包。例如repitools LDlinkR等

conda install -c bioconda bioconductor-repitools
conda install -c conda-forge r-ldlinkr

2. 在线安装源文件包（推荐）

以安装LDlinkR包为例，在https://cran.r-project.org/web/packages/LDlinkR/index.html 网址获取软件包LDlinkR_1.3.0.tar.gz链接， 进入R中，通过以下命令安装

#进入R
R

# 安装命令
install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/LDlinkR_1.3.0.tar.gz", repos=NULL, type="source")

3. 本地安装源文件包

以安装LDlinkR包为例，通过将软件包自动下载至本地安装， 进入R中，通过以下命令安装

# 下载至本地并安装
download.file("https://cran.r-project.org/src/contrib/LDlinkR_1.3.0.tar.gz", "LDlinkR_1.3.0.tar.gz")

如果下载至本地安装

# 下载安装包
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/LDlinkR_1.3.0.tar.gz
# 安装命令
sudo R CMD INSTALL package.tar.gz

4. 命令行安装

以安装shiny包为例，如果是linux版本，命令行从网上自动下载包如下：

sudo su - -c R -e "install.packages('shiny', repos='https://cran.rstudio.com/')"

如果是linux，命令行安装本地包，在shell的终端