医学图像格式转换(DICOM -> NIFTI)
Dicom是一个医学图像标准,不一定是具体的文件后缀,如医院原始的CT和MRI数据并无后缀(图示为核磁数据)。
该文件夹下有多张图像,神经网络处理方式通常为标准的(.nii.gz)压缩格式,即将该文件夹下多个图像合成一个文件。
方法和工具:
Github链接: link.
安装方法:(如果有conda,建议使用如下方法,省事)
打开命令行(cmd),激活自己的环境(activate 你自己的环境名称)
conda install -c conda-forge dcm2niix
查看帮助
具体使用:(windows环境下)
dcm2niix -z y -f myMRI%s -o "F:\AIStudio" "F:\AIStudio\2021核磁\11"
代码说明:
其中 -z y 是指定的nii.gz后缀
-f ****%s ***号代表指定名字
-o “mypath” 是输出路径,是字母o(output),路径使用双引号
最后一个路径是文件所在路径,同样使用双引号
压缩后的结果
此时可使用ITK-Snap等软件查看
该Github链接有release版本,但是我的两台window机器打不开该软件,故使用工具的命令行方式进行测试,记录一下使用流程。