RoseTTAFold安装——alphafold的平替（3）

RoseTTAFold安装——alphafold的平替（3）

事情总是那么不容易的。在我一为应该不会再有什么问题的时候，又出现了一些bug。早上来看了一下自己的log文件，有error，大概有三个问题

一、result文件详情

出现bug 后的文件structure如下：

1.hhsearch.stderr

2.hhsearch.stdout——blank

3.make_msa.stderr

4.make_msa.stdout

5.make_ss.stderr

6.make_ss.stdout

二、error集合

1. error 1 in hhsearch.stderr——sequence ss_pred contains no residues.

2. error 2 in make_ss.stderr——Bad psipred pass1 file format!

(core dumped) psipred $ID.mtx $DATADIR/weights.dat $DATADIR/weights.dat2 $DATADIR/weights.dat3 > $ID.ss
Bad psipred pass1 file format!
rm: cannot remove ‘/share2/pub/yangjy/yangjy/share_file/pyrosetta/result/t000_.msa0.a3m.csb.hhblits.ss2’: No such file or directory

三、解决方案

看了GitHub上的issue后，里面有人说是因为blast的原因，我把自己的make_ss.sh脚本中的expert path 改了，增加了一行如下图，后面的地址是自己下载的package中的blast路径。

注——>小tips:
在对原代码处理的过程中，尤其是这种不是自己的脚本的，修改的过程中不要删除源代码，注释掉即可，增加的代码或者做过修改的地方注明时间写上注释。方便不对的时候，改回去，不用化大事件重新返工。

改过后的结果和之前一样，所以，改回去，又找到一篇是这样写的（附上链接）具体改过后结果如何还不清楚，先等等吧

886，学Docker去，感觉还是alphafold更强，“小众品牌”终究还是敌不过“大厂名牌”的感觉！