全脑分割方法Fastsurfer复现

首先使用较多的脑部分析工具包括spm,FSL以及使用较多的Freesurfer.

Freesurfer是被使用最多的,可以很好的处理T1影像,做VBM,SBM等分析。就是有一个缺点就是费时。一个病例的处理时间可能长达8小时左右。2020年提出的Fastsurfer将深度学习的方法,改进了皮层重建的方法使这一任务所需时间大大减少。

Fastsurfer:《FastSurfer - A fast and accurate deep learning based neuroimaging pipeline》

相关介绍:FastSurfer深度学习脑部成像工具:1分钟脑部分割,1小时皮质重建!

在开始之前确保你已经安装好freesurfer并下载好Fastsurfer的代码并配置好环境。

1.single_seg#仅做单个全脑分割

终端打开cd path/to/fastsurfer/FastsurferCNN

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
export FASTSURFER_HOME=/home/vision/xtt/FastSurfer

python3 eval.py --i_dir /home/vision/xtt/FastSurfer \ ##输入T1路径
--o_dir /home/vision/xtt/FastSurfer \ ##输出分割结果路径
--t subject2 \  ##T1前一级文件名
--log temp_Competitive.log \
--network_sagittal_path ../checkpoints/Sagittal_Weights_FastSurferCNN/ckpts/Epoch_30_training_state.pkl \
--network_coronal_path ../checkpoints/Coronal_Weights_FastSurferCNN/ckpts/Epoch_30_training_state.pkl \
--network_axial_path ../checkpoints/Axial_Weights_FastSurferCNN/ckpts/Epoch_30_training_state.pkl 

全脑分割结果

全脑分割结果

2.multiple seg

终端打开cd path/to/fastsurfer/FastsurferCNN

python3 eval.py --i_dir /home/vision/xxx/xxx/GroupA/fixdata \
--o_dir /home/vision/xxx/xxx/GroupA/fixdata \
--in_name T1.nii.gz \
--log temp_Competitive.log \
--network_sagittal_path ../checkpoints/Sagittal_Weights_FastSurferCNN/ckpts/Epoch_30_training_state.pkl \
--network_coronal_path ../checkpoints/Coronal_Weights_FastSurferCNN/ckpts/Epoch_30_training_state.pkl \
--network_axial_path ../checkpoints/Axial_Weights_FastSurferCNN/ckpts/Epoch_30_training_state.pkl 

3.皮质分区与皮层重建

将分割结果重建一个文件夹MRI放进去

#single surfer###############
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
export FASTSURFER_HOME=/home/vision/xtt/FastSurfer
datadir=/home/vision/xtt/seg
segdir=/home/vision/xtt/seg
targetdir=/home/vision/xtt/seg 
./recon-surf.sh --sid subject13 \
                --sd $targetdir \
                --t1 $datadir/subject13/T1.nii.gz \
                --parallel \ 
                --py python3.6 
##多个
python3 eval.py --i_dir /home/vision/xtt/ALS/GroupA/fixdata \
--o_dir /home/vision/xtt/ALS/GroupA/fixdata \
--in_name T1.nii.gz \
--log temp_Competitive.log \
--network_sagittal_path ../checkpoints/Sagittal_Weights_FastSurferCNN/ckpts/Epoch_30_training_state.pkl \
--network_coronal_path ../checkpoints/Coronal_Weights_FastSurferCNN/ckpts/Epoch_30_training_state.pkl \
--network_axial_path ../checkpoints/Axial_Weights_FastSurferCNN/ckpts/Epoch_30_training_state.pkl 

结果查看:

皮层重建结果

freeview -v \
    mri/T1.mgz \
    mri/wm.mgz \
    mri/brainmask.mgz \
    mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \
    -f \
    surf/lh.white:edgecolor=blue \
    surf/lh.pial:edgecolor=red \
    surf/rh.white:edgecolor=blue \
    surf/rh.pial:edgecolor=red
#surfer view-	3D###########
freeview -f bert/surf/lh.pial:annot=aparc.annot:name=pial_aparc:visible=0 \
bert/surf/lh.pial:annot=aparc.a2009s.annot:name=pial_aparc_des:visible=0 \
bert/surf/lh.inflated:overlay=lh.thickness:overlay_threshold=0.1,3::name=inflated_thickness:visible=0 \
bert/surf/lh.inflated:visible=0 \
bert/surf/lh.white:visible=0 \
bert/surf/lh.pial \
--viewport 3d

全脑分割统计表,可以后续做SBM VBM

  • 4
    点赞
  • 12
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 打赏
    打赏
  • 23
    评论

“相关推荐”对你有帮助么?

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论 23
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

木木要早睡

你的鼓励将是我创作的最大动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付:¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足,请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值