Lammps体系轨迹分析系列（二）—— MATLAB计算数密度

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分类专栏： 分子动力学—LAMMPS后处理及编程技巧 文章标签： matlab
于 2021-05-20 22:03:08 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/117092618
版权
本文介绍如何使用MATLAB根据Lammps的轨迹文件计算数密度，避免不必要的资源浪费。提供了编程思路，适用于300 K下Ar的NVT系综，沿Z方向的一维数密度计算。请注意，代码需根据具体体系进行调整。
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分子动力学基本分析-数密度二维云图及一维分布计算
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LAMMPS后处理——MATLAB子函数合集整理
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本博客将会介绍一些集成后子函数，可直接调用，用于Lammps的后处理，子函数内容和功能会及时更新，请关注博客更新时间
DensityCalculator 程序（1D & 2D）：通过 VMD 可计算 LAMMPS 轨迹的密度（一）
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03-18 1504
是一种广泛使用的分子可视化软件包，它不仅能可视化复杂的分子系统，还能通过集成特殊插件或运行内部生成的 TCL 脚本进行分析。本研究提出了一种可用于 VMD 的灵活易用的 TCL 代码，它可以在给定系统的任何指定局部区域执行。、GROMACS、NAMD 和 CHARMM 等）生成的 VMD 支持的任何格式的轨迹文件。”——取自文章摘要。“在分子动力学（MD）模拟中描述原子层面的结构信息是材料建模与模拟领域研究人员的一项必要任务。2. 然后计算每个单元切片（或二维情况下的立方体）中的质量或原子数；
MATLAB判断梅森素数,《枕边算法书》
weixin_39992417的博客
03-24 363
《枕边算法书》这里仅挑一些有意思的故事或知识点做个记录。“红色眼睛与褐色眼睛”谜题从前，有个小岛上只住着和尚。有些和尚的眼睛是红色的，而另一些则是褐色的。红色眼睛的和尚受到诅咒，如果得知自己的眼睛是红色的，那么当晚 12 点必须自行了断，无一例外。和尚间有一条不成文的规定，就是彼此不能提起对方眼睛的颜色。小岛上没有一面镜子，也没有任何可以反射自己容貌的物体。因此，没有任何一个和尚能够得知自己眼睛的...
【LAMMPS学习】八、基础知识(3.1)LAMMPS 的输出
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​LAMMPS 输出有四种基本形式
计算分子柱密度
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#计算PMO观测得到分子的柱密度 #to calculate column density of molecules## #dust temperature of G168-H1 is 11.9(0.3) #dust temperature of G168-H2 is 13.2(1.0) import numpy as np Td_1 = 11.9 Td_2 = 13.2 N_H2_G168_H...
轨迹分析—Matlab计算均方位移
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热力学性质的不均匀性导致的热力学过程叫做输运过程，相应的现象叫做输运现象。 由于粒子数密度的不均匀性导致粒子的输运（扩散现象）.由于粒子数密度的不均匀性导致粒子的输运（扩散现象）.均方根位移是随时间测量的，以确定粒子是否仅由于扩散而扩散。均方根位移是随时间测量的，以确定粒子是否仅由于扩散而扩散。 那么如何根据轨迹文件计算MSD呢？那么如何根据轨迹文件计算MSD呢？
LAMMPS识别纳米液滴轮廓——统计全部dump轨迹
Rockyoung
03-21 2436
在计算润湿、吸附的问题中，我们通常需要识别接触角或者气液界面等等。 如何通过MATLAB对轨迹文件进行处理，画出云图和液滴轨迹呢？ Step 1 老话题了——读取dump轨迹 读取dump文件，请见博客： python 读取：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/113812304?spm=1001.2014.3001.5502 matlab读取：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/de.
分子模拟计算
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讲解了分子模拟的一般知识，对初学者有很大的帮助。
分子动力学后处理自编程系列（3）---纳米颗粒外基液数密度分布
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数密度分布同密度分布一样作为一种重要的结构描述参数，在微观研究方法中成为判断局部结构变化的重要手段。本程序利用LAMMPS输出的dump文件，目标在于计算基液原子在距离纳米颗粒表面d埃位置的数密度分布情况。
matlab load 速度_关于Lammps计算声子态密度（PDOS）的Matlab接口文件改进
weixin_36002349的博客
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@泛柏舟 的文章详细介绍了lammps计算声子态密度（PDOS）的几种方法，其中使用lammps输出原子速度轨迹，再采用樊哲勇老师所写matlab代码进行计算是相对可取的一种方法。 泛柏舟：通过lammps输出速度计算VODS​zhuanlan.zhihu.com其中比较重要的部分是将lammps速度轨迹文件转换为樊哲勇matlab代码的输入文件，@泛柏舟 博文中也给出了相应的matlab代码，本...
LAMMPS分子动力学模拟技术及应用
wang86zzz的博客
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学习Lammps主要分为几部分 一、MD基础知识 1.1 系综理论 1.2 主要算法介绍 1.3 单位制 1.4 积分步长的选取 1.5 温度和压力控制 1.6 周期性边界条件 1.7 力场简介 1.8分子动力学模拟流程 二、LAMMPS基础入门 2.1 LAMMPS在win10和ubuntu系统的安装及使用 2.2 in文件结构格式 2.3 in文件基本语法：结合实例，讲解in文件常用命令 2.4 data文件格式 2.5 LAMMPS常见错误解决途径 实例操作：运行并
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利用LAMMPS 实现导热的分子动力学模拟
weixin_44873868的博客
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本次模拟采用LJ约化单位，晶体为面心立方结构，晶格参数为0.6，沿x（100）、y（010）方向为10倍晶格长度，z（001）方向为20倍晶格长度。采用compute chunk/atom将模型沿着z方向分成20块，设置底端0-1倍晶格长度为热端，中间10-11为冷端。模拟温度为1.35。热端设置为1.7，冷端设置为1.0，弛豫到热源和冷源的温差达到相对稳定的状态。在最后一1000步的温度梯度和温差波动如图1.2所示，可以明显看出热端和冷端的温度差，热流保持着相对稳定的状体。1.3结果整理与分析。
【LAMMPS系列】MD模拟数据后处理程序ISAACS
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matlab计算lammps轨迹文件数密度
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要计算LAMMPS轨迹文件的数密度，可以使用MATLAB读取轨迹文件中的原子坐标，并将其放入3D网格中。然后，可以计算每个网格单元中原子的数量，并将其除以单元体积以获得数密度。 下面是一个简单的MATLAB代码示例，可以读取LAMMPS轨迹文件，并计算数密度： ```matlab % 读取LAMMPS轨迹文件 traj = readlammpstrj('trajectory.lammpstrj'); % 提取原子坐标 coords = traj.coords; % 确定网格大小和单元体积 gridsize = [50, 50, 50]; cellvol = prod(traj.box(:, 2) - traj.box(:, 1)) / prod(gridsize); % 在网格中计算原子数 gridcounts = hist3(coords, gridsize); % 计算数密度 density = gridcounts / cellvol; ``` 在这个例子中，我们使用了MATLAB的`readlammpstrj`函数来读取LAMMPS轨迹文件，并从中提取原子坐标。我们还定义了一个50x50x50的网格，并使用轨迹文件中的模拟盒子大小来确定单元体积。 然后，我们使用MATLAB的`hist3`函数在网格中计算原子数，并将其除以单元体积以获得数密度。最终结果将存储在`density`变量中。
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