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在Genetics的子分类下面提供了R包
对于生物数据而言,Bioconductor这个包比较重要,用来处理生物数据,而且是R的作者之一开发的
- 我们可以看出R的这么多扩展包极大地扩展了R的功能,使得R可以应用于各行各业,但这么多的扩展包对于新手来说找到合适的扩展包并不容易,因为R包太多了,且很多功能类似,命名也不规范,很多R包的学习比学习R本身还要复杂,这样极大地提高了学习R的成本
- 我们只能先掌握基础R的学习,然后在实践中掌握R的扩展包
- 每一个扩展包相当于手机的一个app,我们可以安装不同的app来扩展系统的功能,只不过R包的安装并不如appstore安装那样容易
R扩展包的安装
R包的安装有两种方式
1.联网的在线安装(推荐,因为可以自动解决包与包之间的依赖关系,绝大部分的包使用一条命令就可以完成)
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使用函数:install.packages(包的名字)
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首次使用install.packages()函数会提示选择镜像站点,R官方有一个CRAN站点,不加参数执行该命令将会显示一个CRAN镜像站点的列表,选择其中一个镜像站点即可
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选择之后将会看到所有可用包的列表
R中的字符串一定要加引号,否则会报错
自动下载安装中…
有时候镜像站点可能 无法访问,这时候我们需要修改默认的镜像站点
在线安装会将R包安装到软件默认的目录下,这样调用包更加容易
.libPaths()函数可以显示库所在的位置
==library()==不加任何参数可以显示库里面有哪些安装包
绝大部分R包都可以采取在线安装的方式安装成功,而且可以自动安装需要的依赖包,只有少部分需要自己提前安装好依赖包才能自动安装完成
2.采用源代码安装(Linux)
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一般在服务器上为了安全,无法访问网络就只能采用源代码安装的方法
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首先,去R的官方站点或镜像站点下载所需要的R包的源代码
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然后,需要特别注意依赖关系问题,如果提前知道依赖关系,就需要将依赖的包先下载下来,下载之后传到服务器上,可以使用Rcmdinstall命令来进行安装
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安装“ABC Analysis”,这个包需要依赖“plottrix”这个包