R 语言 4.2.2安装 WGCNA

LiQiang33

已于 2023-01-08 23:20:07 修改

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分类专栏：开发环境配置文章标签： r语言开发语言

于 2023-01-08 23:07:02 首次发布

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文章目录

1 WGCNA库介绍
2 安装
参考
Appendix

1 WGCNA库介绍

WGCNA是用于加权相关网络分析的R包， 相关网络越来越多地用于生物信息学应用
加权基因共表达网络分析是一种系统生物学方法，用于描述微阵列样本中基因之间的相关性模式
加权相关网络分析（WGCNA）可用于发现高度相关基因的簇（模块），使用模块特征基因或模块内中枢基因总结此类簇，可以将模块彼此关联并与外部样本特征关联（使用特征基因网络方法），以及计算模块成员度量
相关网络促进了基于网络的基因筛选方法，可用于识别候选生物标志物或治疗靶点
这些方法已成功应用于各种生物学背景，例如癌症、小鼠遗传学、酵母遗传学和脑成像数据分析
WGCNA是R函数的综合集合，用于执行加权相关网络分析的各个方面。该软件包包括网络构建、模块检测、基因选择、拓扑特性计算、数据模拟、可视化以及与外部软件接口的功能

2 安装

踩坑

直接安装WGCNA，这样的方式会导致一些依赖包安装失败，导致WGCNA运行不起来；

install.packages('WGCNA')

报错信息：

Warning in install.packages :
  没有'‘impute’, ‘preprocessCore’, ‘AnnotationDbi’'这种相依关系
trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/4.2/WGCNA_1.71.zip'
Content type 'application/zip' length 3254830 bytes (3.1 MB)
downloaded 3.1 MB

---------------------------------------------------

> library(WGCNA)
载入需要的程辑包：dynamicTreeCut
载入需要的程辑包：fastcluster

载入程辑包：‘fastcluster’

The following object is masked from ‘package:stats’:

    hclust

Error: package or namespace load failed for ‘WGCNA’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):
 不存在叫‘AnnotationDbi’这个名字的程辑包
> 
> library(GO.db)
Error: 找不到‘GO.db’所需要的程辑包‘AnnotationDbi’
> library(WGCNA)
Error: package or namespace load failed for ‘WGCNA’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):
 不存在叫‘AnnotationDbi’这个名字的程辑包

对相应的依赖单独安装之后，仍然出现相关的问题，而且出现版本不匹配的问题，不能解决问题

还得是官方文档

link: https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA

由于作者基本不会R语言，所以不得不查找官方的文档，直接搜索WGCNA会有很多资料，找到官方文档

自动安装方法(本人尝试后失败)

install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("WGCNA")

如果BiocManager已经安装的情况下，第一个命令将被跳过

手动安装相关的包

install.packages(c("matrixStats", "Hmisc", "splines", "foreach", "doParallel", "fastcluster", "dynamicTreeCut", "survival", "BiocManager"))
BiocManager::install(c("GO.db", "preprocessCore", "impute"));

如果版本较老没有BiocManager，使用：

install.packages(c("matrixStats", "Hmisc", "splines", "foreach", "doParallel", "fastcluster", "dynamicTreeCut", "survival"))
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(c("GO.db", "preprocessCore", "impute"))

这样安装我出现的问题

> library(WGCNA)
载入需要的程辑包：dynamicTreeCut
载入需要的程辑包：fastcluster

载入程辑包：‘fastcluster’

The following object is masked from ‘package:stats’:

    hclust

Error: package or namespace load failed for ‘WGCNA’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):
 不存在叫‘impute’这个名字的程辑包

问题原因：自从R版本 2.14.0起，CRAN已经将impute撤回，需要通过Biocondutor获取，在R shell中运行

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("impute")

# 或者
BiocManager::install(c("GO.db", "preprocessCore", "impute"))

我在 R-4.2.2 中安装暂时没有出现其他ERROR

完成后信息：

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
Error: With R version 3.5 or greater, install Bioconductor packages using BiocManager; see https://bioconductor.org/install
> BiocManager::install(c("GO.db", "preprocessCore", "impute"))
'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see '?repositories'
for details

replacement repositories:
    CRAN: https://cran.rstudio.com/

Bioconductor version 3.16 (BiocManager 1.30.19), R 4.2.2 (2022-10-31 ucrt)
Installing package(s) 'preprocessCore', 'impute'
trying URL 'https://bioconductor.org/packages/3.16/bioc/bin/windows/contrib/4.2/preprocessCore_1.60.1.zip'
Content type 'application/zip' length 169168 bytes (165 KB)
downloaded 165 KB

trying URL 'https://bioconductor.org/packages/3.16/bioc/bin/windows/contrib/4.2/impute_1.72.2.zip'
Content type 'application/zip' length 667393 bytes (651 KB)
downloaded 651 KB

程序包‘preprocessCore’打开成功，MD5和检查也通过
程序包‘impute’打开成功，MD5和检查也通过