VCF文件与vcftools简单介绍

在用于存储reads比对结果的SAM/BAM格式提出之后（2009年），用于存储变异检测结果的格式VCF( variant call format )也被提出（2010年），与此同时作者还提供了配套的处理工具——vcftools。
具体使用的方法详解见：
vcf文件与vcftools（一）https://www.jianshu.com/p/1726696e54e5
vcf文件与vcftools（二）https://www.jianshu.com/p/d46d3682637d

vcftools的使用小结：

1. 计算等位基因频率
2. 计算Fst
3. 转换为plink格式
4. 转换plink格式的报错解决
5. 比较两个vcf文件
6. 根据id保留或去除vcf文件的样本
7. 基因型数据转换为012格式
8. 参考链接
   链接地址：https://blog.csdn.net/weixin_46605479/article/details/115507158?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%2522168587346516800197018839%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.130102334…%2522%257D&request_id=168587346516800197018839&biz_id=0&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2_allsobaiduend~default-1-115507158-null-null.142^v88control_2,239^v2insert_chatgpt&utm_term=VCFtools%20–freq&spm=1018.2226.3001.4187