vcftools安装

最新推荐文章于 2024-05-22 09:38:18 发布

小趴菜日记

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文章标签：服务器 linux 运维

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_55736201/article/details/136110695

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本文指导用户如何下载并安装VCFtools，包括解压、进入目录、执行autogen.sh、配置、编译和安装的过程。

摘要由CSDN通过智能技术生成

下载安装VCFtools

下载地址：VCFtools

下载vcftools-vcftools-d511f46.tar.gz压缩包后

tar zxvf ./vcftools-vcftools-d511f46.tar.gz
cd /mnt/workspace/wzf/Tools/vcftools-vcftools-d511f46
bash autogen.sh
./configure
make
make install

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vcftools安装

【代码】vcftools安装。
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04-27

安装`vcftools`通常涉及下载源代码包（如vcftools_0.1.13），解压后通过C编译器编译并安装。用户需确保系统已安装必要的依赖，如`bcftools`和`samtools`。一旦安装完成，用户可以通过命令行调用各种工具，如`vcf-...

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3917

官网地址：https://vcftools.github.io/examples.html vcftools的软件下载：https://vcftools.github.io/examples.html 安装第一种情况的： tar -xvf vcfools.0.X.XX.tar.gz export PERL5LIB=/path/to/your/vcftools-directory/s...

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vcftools 安装

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1，编译安装 git clone https://github.com/vcftools/vcftools.git cd vcftools bash ./autogen.sh ./configure make make install make 报错： g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I../.. -g -O2 -MT vcftools-bcf_entry.o -MD -MP -MF .deps/vcftools-bcf_entry.Tpo -c -o vcftools-bcf_

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504

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vcftools如何在Linux系统中安装

邓飞----育种数据分析之放飞自我

09-25

1173

这里，记录一下vcftools的安装教程。 https://vcftools.github.io/examples.html 下载到本地，上传到服务器中。 2. 解压缩 unzip vcftools-vcftools-v0.1.16-18-g581c231.zip cd vcftools-vcftools-581c231/ 3. 安装 bash autogen.sh ./configure make make install 安装完成日志： /usr/bin/mkdir -p

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比较文件的snp位点 vcftools --gzvcf file1.vcf.gz -gzdiff file0.vcf.gz --diff-site --out outpre --diff-site 如果没有这个参数，则他只输出log，有这个参数，输出比较的结果。 CHROM POS1 POS2 IN_FILE REF1 REF2 ALT1 ALT2 10 71776 71776 B T T C C 1

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vcftools是一个用于处理VCF格式文件的软件，它可以用于对VCF文件进行格式转换、统计、注释、过滤等操作。对于过滤操作，可以使用vcftools命令中的--vcf选项来指定输入的VCF文件，然后使用--out选项指定输出文件名。下面是一个简单的vcftools过滤命令示例： ``` vcftools --vcf input.vcf --out output --min-meanDP 10 --max-missing 0.5 ``` 该命令将对输入的VCF文件进行过滤操作，只保留在样本中平均深度大于等于10，并且缺失率小于等于0.5的位点，并将结果输出到output文件中。其他常用的过滤选项包括--max-alleles，--minQ，--minGQ等。具体的使用方法可以参考vcftools的文档。

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