adata.raw使用

最新推荐文章于 2024-07-03 12:49:19 发布

我的心永远是笑笑哒

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import scanpy as sc 
dataset ="bct"

adata = sc.read("/home/yxk/Desktop/test_dataset/bct/bct_raw.h5ad")
print(adata)
print(adata.X[0:10,0:10])
adata.raw = adata
## raw_visulize
############################################
sc.pp.normalize_per_cell(adata,counts_per_cell_after=10000)
sc.pp.log1p(adata)
sc.pp.highly_vari
able_genes(adata, n_top_genes=1000, subset = True)
sc.tl.pca(adata,svd_solver='arpack')
print(adata)
sc.pp.neighbors(adata)
sc.tl.umap(adata)
sc.pl.umap(adata,color=["celltype","BATCH"])
############################################

在这里插入图片描述 # 重新回复原始的counts

aa=adata.raw.to_adata()
print(aa)
print(aa.X[0:10,0:10])

在这里插入图片描述

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【Scanpy】单细胞转录组分析思路之细胞分类

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在A股只有交易数据是真实的，对于量化和AI训练，也只需要关心交易相关的行情数据，做到真正的专注。当然，你可能会说财务数据等也非常有用，但财务数据相对滞后，而且可能ZJ，甚至有XL可能，最终对于普通交易者可能就成了接盘侠。根据多年的数据治理经验，函数和字典在设计上面，符合标准的数据存储，可根据数据字典建表落地到数据库。对于项目有支持，包括但不仅限：内容贡献，bug提交，思想交流等等，对项目有影响的个人和机构。请参考下面数据列表和相关字典文档，找到对应的函数并查看对应的函数注释，进行正确使用。

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python中赋值都是引用形式的，不要随便改动赋值后值的值，会影响原来变量的取值 import scanpy as sc import numpy as np aa=np.array([[1,2,3],[2,3,3],[3,2,1]]) adata=sc.AnnData(aa) print(adata.X) bb=adata.X print(bb) bb[1]=[100,200,300]## 千万不要乱赋值，否则会修改原来的值 print(bb) print(adata.X) 结果如下可以看到a

scanpy 教程 1：预处理和聚类 3k PBMCs

🧑‍🎓 博士研究生在读 🔬 分享生物信息学、神经生物学方面的知识 💬 合作请在后台留言

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如果你想与那些只想将此文件用于可视化的人共享此文件，减少文件大小的一个简单方法是删除密集 scaled 和 corrected 的数据矩阵。注意，Leiden 聚类直接对细胞的邻域图进行聚类，我们在上一节中已经计算过了。您还可以考虑更强大的差异测试包，如 MAST、limma、DESeq2，对于python，还有最近的 diffxpy。通过运行主成分分析（PCA）来降低数据的维度，主成分分析揭示了变化的主轴并对数据进行去噪。本质区别在于，在这里，我们使用多变量近似，而传统的微分测试是单变量的。

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好的，我现在需要帮助用户解决他们在使用Scanpy批量读取单细胞数据时遇到的报错问题。用户提供的代码在合并多个样本时出现了警告，提示变量名（基因名）不唯一，并且可能还有其他潜在问题。首先，我应该仔细阅读...

如果我需要将一个g711a的字节数组包装成wav格式音频，这个方法还有什么需要改进的地方 public static File createWavFile(byte[] g711aData, String outputPath) throws IOException { try (ByteArrayOutputStream baos = new ByteArrayOutputStream(); DataOutputStream dos = new DataOutputStream(baos)) { int numChannels = 1; // 单声道 long sampleRate = 8000L; // 采样率为8kHz short bitsPerSample = 16; // G.711 每样本占用一位深度为8bit short blockAlign = (short)(numChannels * bitsPerSample / 8); // 对于G.711来说就是1 // 计算实际音频数据大小 int dataSize = g711aData.length; // Write the RIFF header ("RIFF") writeFourCC(dos, "RIFF"); // Calculate file size and subtract 8 bytes for 'RIFF' marker dos.writeInt((int) (36 + dataSize)); // Write format type ("WAVE") writeFourCC(dos, "WAVE"); // Write the 'fmt ' sub-chunk with necessary parameters. writeFourCC(dos, "fmt "); // Subchunk1Size = 16 for minimum 'fmt ' dos.writeInt(16); // Audio Format: 0xFFFE to indicate non-standard codec (G.711A in this case) dos.writeShort((short) 0xFFFE); // Number of Channels & Sample Rate dos.writeShort(numChannels); dos.writeInt((int)sampleRate); // Byte rate = NumChannels * SampleRate * BitsPerSample / 8 dos.writeInt((int)((numChannels * sampleRate * bitsPerSample) / 8)); // Block Align dos.writeShort(blockAlign); // Bits Per Sample dos.writeShort(bitsPerSample); // Start writing data chunk identifier ('data') writeFourCC(dos, "data"); dos.writeInt(dataSize); // Finally add raw audio content as-is from input array //dos.write(g711aData); File outputFile = new File(outputPath); // Create target output file at specified path Files.createDirectories(outputFile.getParentFile().toPath()); FileOutputStream fos = new FileOutputStream(outputFile); System.out.println("baos.toByteArray().length:"+baos.toByteArray().length); fos.write(baos.toByteArray()); fos.flush(); OutputStream os = null; try{ os = new BufferedOutputStream(new FileOutputStream(outputPath)); System.out.println("baos.toByteArray():"+Arrays.toString(baos.toByteArray())); System.out.println("baos.toByteArray():"+baos.toByteArray().length); os.write(baos.toByteArray()); }catch (Exception e){ e.printStackTrace(); }finally { os.close(); baos.close(); } return outputFile; } }

03-11

// 把生成好的wav头加上raw data保存为目标文件 Files.write(Paths.get(outputPath), baos.toByteArray()); return new File(outputPath); } } /*** * 构造WAV头部信息 ***/ private static void ...

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