注释工具_比DAVID强一万倍的基因注释工具——Metascape

比DAVID强一万倍的基因注释工具——Metascape

基因注释超强工具——Metascape全攻略

一招鲜，吃遍天

各种各样的高通量测序和分析平台的运用，使得在一次实验中就能产生数以百计的候选基因，这个时候就需要对其进行注释和筛选。这个过程需要了解每个基因的功能描述和生物学过程以及明确它们是否是G蛋白偶联受体，是否分泌蛋白质，是否在感兴趣的组织中表达等各类问题。虽然每一个注释步骤，都有其对应的专属数据库，比如生物学过程分析数据库GO和通路数据库KEGG等，但是每一个基因如果都在每个数据库中单独走一遍分析流程的话，这显然是不现实的。况且，通常情况下我们会得到一个拥有数十或数百个基因的list，这个时候就需要一个能将各个数据库都整合起来做基因分析的有效工具。

说起基因注释分析工具，很多人第一时间都会想到DAVID。不可否认，DAVID的确能实现基因功能和通路注释等功能。但是！DAVID有一个非常明显的不足，就是数据更新实在是太太太慢了！前一阵大家不是都沉迷于旅行青蛙这种佛系的小游戏嘛，按我说，做生物信息的同胞们不如来看一下DAVID吧，没有比它更佛系的数据资源了，更新频率快慢全凭心情。6.7版本是2010年1月份更新的，然后一直用到了2016年……6.8版本则是2016年5月份更新的，然而现在已经是2018年4月份了，下一个更新版本还遥遥无期……

那么有没有比DAVID更新更快，效果更好的工具呢？答案是：必须滴！今天小编给大家介绍这个秒杀DAVID的工具，叫Metascape。

Metascape的slogan——Fresh、Free & Easy，真的是非常简明扼要地概括了它的核心竞争力。

Metascape优势：

jMetascape的数据每隔月余就会更新一次，最近的一次更新在2018年1月30日。这极大程度保证了数据的时效性和可信度。很幽默的是，在Metascape的官方介绍中，还截图了DAVID的页面，然后将“David died”用红色圈出来，这种正面叫板的操作也是666。

kMetascape的数据不仅更新快，其覆盖面也相当广泛。从数据库种类来说，Metascape整合了GO、KEGG、UniProt和DrugBank等多个权威的数据资源，使其不仅能完成通路富集和生物过程注释，还能做基因相关的蛋白质网络分析和涉及到的药物分析，致力于为科研工作者提供每个基因全面而详细的信息。

l从所支持的物种数量来说，Metascape不仅能处理人类物种的基因，还能处理包含动物、植物、真菌类和原生生物等多个类别中主要的模式生物的基因。

m从数据处理规模上来说，Metascape能一次性处理包含上千个基因的list，并且支持多个不同的gene list同时上传。Metascape对多个不同gene list提供两种分析模式，第一种可以将不同的gene list进行合并分析，从而免去使用者自行合并不同list的烦恼；第二种可以将不同gene list进行独立分析，通过比较找出不同list之间共享或者特异存在的生物过程与通路等。

n除了具备以上诸多优点，Metascap被广泛推荐的另一个重要的原因就是它完全不收费，并且使用方式非常非常简单，傻瓜操作级别，出来的结果却非常的酷炫。

那么现在就跟着小编开始学习如何应用Metascape吧！

首先，我们来学习Metascape的基础用