DAVID进行基因的GO富集分析

已于 2025-04-07 22:31:27 修改
阅读量1.1k 收藏 4
点赞数 8
文章标签： 数据分析
于 2024-10-14 20:04:51 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/Shirley_0917/article/details/142926684
版权

#候选基因进行GO和KEGG富集分析

#DAVID网站用于GO富集分析：DAVID: Functional Annotation Result Summaryhttps://david.ncifcrf.gov/summary.jsp

DAVID 进行GO富集分析 （DAVID首页长这样，网站上也有对应的操作指引）

#点击Upload，在Step1.方框处上传基因集

Step2.选择上传基因的格式【这里上传的为symbol】,Step2a填写对应物种【本文以鸿雁为例】

Step3.选择上传列表的格式，在Step4.点击上传列表

结果查看，点击GO，我主要关注GO的BP, CC和MF三个组分

点击Chart可以查看和下载结果

Shirley_0917
关注
DAVID 在线数据库进行 GO/ KEGG 富集分析
xiaobai1_1的博客
12-18 4万+
1、功能富集分析 随着高通量技术的发展，生物医学相关研究领域进入了组学时代，单个基因的研究已经不能满足研究人员的需要。然而，如此庞大的数据使得信息的有效提取和分析带来了新的挑战。以测序数据为例，测序结果分析往往会得到差异表达的基因或蛋白列表。但将这一长串基因或蛋白与某个待研究的生物学现象及其潜在机制联系起来是很困难的。应对这一挑战的一种方法就是将一个基因或者蛋白列表分成多个部分，从而减少分析的复杂...
go kegg_教你使用DAVID 进行 GO/ KEGG 富集分析
weixin_35879114的博客
12-30 2万+
富集分析相信大家都用的特别多，尤其在测序数据冗余的今天，不管是转录组、甲基化、ChIP-seq还是重测序，都会用到对一个或多个集合的基因进行功能富集分析。分析结果可以揭示这个集合的基因具有什么样的功能偏好性，进而可以对其相应的生物学意义做出判断。今天给大家分享如何使用DAVID (the Database for Annotation，Visualization and Integrat...
DAVID网站进行富集分析
qq_27390023的博客
09-28 1989
DAVID是一个生物信息数据库，也是一款在线免费分析软件，可以为大规模的基因或蛋白列表提供系统综合的生物功能注释信息，帮助用户从中提取生物学信息。该数据主要用于差异基因的功能和通路富集分析。https://david.ncifcrf.gov/tools.jsp可以是各种id，数据来自于差异表达分析结果，注意选择物种和ID类型。 参考https://david.ncifcrf.gov/helps/functional_annotation.html#summary
DAVID富集分析详细步骤（啰嗦版）
sweet_yemen的博客
06-24 1万+
第一步：进入DAVID网站后先择start analysis。 1.选择upload 2.在框框里粘贴要分析的目的基因集（也可以在下面以文件的形式上传） 3.在Step 2:Select Identifier中选择与你上传的基因集的格式 4.在Step 3：List Type中点第一个（就是要富集分析的基因集，第二个是支持自己上传背景基因集） 5.在step4：Submit List中点击Submit List 这里我用的是猪的基因数据，当提交的基因集中能够注释到的基因不足80%时，就会跳出这个...
学习基因富集工具DAVID(2)
基博的博客
07-31 6346
学习DAVID基因富集，主要内容是如何操作网页完成pathways的基因富集，对数据利用excel和origin软件绘制①功能注释和count柱状图；②功能注释和pvalue的柱状图
数据分析
davidlee1214的博客
01-17 183
数据分析 概念 　　把隐藏在一些看似杂论无章的数据背后的信息提炼出来，总结出所研究对象的内在规律。 　　数据分析三剑客：Numpy、Pandas、Matplotlib 　　Numpy（Numerical Python）是Python语言的一个扩展程序库，支持大量的维度数组与矩阵运算，此外也针对数组运算提供大量的数学函数库。 创建ndarray import numpy a...
r语言进行go富集分析_GO富集分析可视化：R语言GOplot包——准备自己的数据
weixin_39868663的博客
12-20 1801
GO注释和富集分析GO注释和富集分析使用TBtools完成，具体步骤可以参考TBtools作者在腾讯课堂开设的一系列视频课程本文使用的数据是甜樱桃叶绿体蛋白编码基因做GO注释，然后挑部分基因做富集分析，挑选的基因是rpoC1rpoBrpoArpoC2atpIatpFatpEatpHatpBatpAaccDrbcLrpl22rpl23rpl20rps8rps7rps16rps15rps14rps18...
DAVID网站基因富集操作指南
m0_57060319的博客
03-25 6278
DAVID网站基因富集操作流程，步步有图
RNA-seq(7)-差异基因功能富集分析——学习笔记
leo12354的博客
08-01 6011
参考链接： 功能富集分析 有在线版的： 最主流的就是DAVID,。另外还有Gather，GOrilla,revigo。可以去参考链接里看一下。但是这些有一个很大的缺点是，我们要根据自己的喜好去筛选log2fc 绝对值在2以上的基因，有很大的主观因素。 因此，此阿勇基因集富集是非常好的一种办法。可采用clusterProfiler。 ...
富集分析不求人，零代码可视化GO/KEGG分析结果
Igenebook的博客
04-24 2158
ORA以fisher精确检验(一种超几何分布检验)为代表，需要目标基因集(对什么基因集进行富集分析)，通常是差异基因，当然也可以是其他目标基因集，比如上期我们分享的时序分析聚类基因、多个组学联合筛选的候选基因集、WGCNA分析中关注的模块基因等等。右侧的工具介绍和常见问题对富集分析小工具的主要用途，使用方法以及结果解读做了详细的说明。富集柱状图展示的是差异基因在不同条目（通路）中的数目分布情况，通常以x轴表示该条目的数量，y轴表示富集条目，柱子的颜色表示显著性，用红蓝渐变色表示，颜色越红代表该条目越显著。
分享一个基因功能富集的网站——DAVID
weixin_46500027的博客
04-20 4165
基因富集分析是在一组基因中找到具有一定基因功能特征和生物过程的基因集的分析方法，在研究差异表达基因、筛选基因的后续分析中经常使用。富集分析能够发现在生物学过程中起关键作用的生物通路, 并且帮助理解生物学过程的分子机制。它是快速调查目标基因集功能倾向性的方法之一。 进行基因功能富集的网站很多，下面我们先介绍其中一个，叫DAVID。 这个网站目前用中国的百度似乎搜索不到了，我们可以用谷歌搜索一下： ...
关于基因GO分析的DAVID简单使用
weixin_30651273的博客
09-30 2419
利用DAVID简单的进行GO富集度分析（这里只做简单的分析，即看基因是否存在在GO的三个过程里面） 比如我们有一组要分析的基因：TRPV6 CXADR PROM1 GRAMD2 SOX10 GPRIN2 VANGL2 GRHL1 BCL11A MROH8（这里用的是关于人的基因名） 首先打开DAVID网页，选择Functional A...
2018年SCI论文--整合GEO数据挖掘完整复现 六 ：DAVID在线工具进行GO富集分析
bioprogrammer
08-18 1万+
文章目录论文地址DAVID官网上调基因GO富集分析进入官网，点击“Function Annotation”选项富集分析选择背景基因选择GO富集分析结果下载富集分析结果保存文件，作为后续可视化的输入文件可视化富集分析结果bp,cc,mf分别提取counts数前5的term条形图圈圈图 论文地址 DAVID官网 上调基因GO富集分析 进入官网，点击“Function Annotation”选项 富集...
原来基因功能富集分析这么简单
weixin_54004950的博客
12-21 8021
因此，研究者可通过多个功能注释数据库对基因进行功能富集分析，将这一系列基因集分成不同的功能类别，从中寻找在生物学过程中起关键作用的生物学通路，从而揭示和理解这些生物学过程的基本及潜在的分子机制。事实上，分子水平的落脚点是在基因水平上，但是基因的种类有很多，而理解这些基因所代表的生物学意义的最佳途径就是。基因本体论（Gene Ontology，GO）数据库是GO联合会在2000年构建的一个数据库，旨在建立一个适用于各种物种的、对基因和蛋白功能进行限定和描述的，并能随着研究不断深入而更新的语义词汇标准。
【R语言】——基因GO/KEGG富集分析!超级简单的保姆级教程！
热门推荐
weixin_54004950的博客
01-09 5万+
GO/KEGG功能富集分析中重要的是背景基因的选择，使用R clusterProfiler包对基因进行富集，需要导入目的基因（前景基因）相对应物种的参考基因组（背景基因），现阶段“bioconductor”已有十几种常见动物，如人类、小鼠等物种的OrgDb。”介绍如何使用DAVID在线分析工具对基因进行GO/KEGG功能富集分析和使用R ggplot包对获得的基因GO/KEGG功能富集结果进行可视化。：富集到该GO term/KEGG term中的基因数目/给定基因的总数目；
r语言进行go富集分析_距离完整复现DAVID在线工具进行GO富集分析，我还差什么？...
weixin_31545685的博客
12-27 1591
你还在为找不到课题方案而焦虑吗，复现一篇论文吧！你还在为找不到研究思路而苦恼吗，复现一篇论文吧！你还在为找不到数据方法而悔恨吗，复现一篇论文吧！预计阅读时间5分钟刚来的小伙伴不要慌了哈，小助理选的一直是同一篇论文只不过用的是不同方法进行复现一千种方法练一次不如一种方法练一千次进步的第一步就是敲下文章里面的代码以下就是复现过程，跟着文章走，他山之石可以攻玉，没准儿一不小心你就会了呢?论文：文章目录：...
DAVID 功能注释数据库
qq_47054630的博客
03-20 3712
最近在做转录组分析时遇到个问题，由于本人是半路出家学习的生信，所以在做注释分析时主要采用的都是近几年比较主流的软件，比如Y叔的等软件，对于之前出现的软件几乎都不了解，所以当碰到近几年主流的软件无法进行注释的时候就无从下手了。注释、可视化和集成发现数据库（）为研究人员提供了一套全面的功能注释工具，以了解大型基因列表背后的生物学意义。这些工具由建立在大卫基因概念基础上的全面的大卫知识库提供支持，该知识库汇集了功能注释的多个来源。
学习DAVID数据库(1)
基博的博客
07-30 4829
在学习David，一个存储生物信息的在线数据库。文章根据B站提供的DAVID教学视频，记录了如何用DAVID进行基因ID转换。
基因通路富集分析
最新发布
03-08
### 基因通路富集分析方法与工具 #### 使用DAVID进行基因通路富集分析 DAVID是一个强大的在线平台，提供全面的功能注释和富集分析服务。用户只需上传感兴趣的基因列表，选择合适的背景基因集以及设定参数即可完成分析。该工具能够识别出显著富集的生物过程、分子功能及细胞组件，并以表格形式呈现结果[^1]。 ```python import pandas as pd from bioservices import KEGG, DAVID david_service = DAVID() kegg_service = KEGG() # 设置API密钥并登录到DAVID Web Service API api_key = 'your_api_key_here' david_service.set_credentials(api_key) # 准备待分析的数据文件路径 input_file_path = './gene_list.txt' # 提交作业给DAVID服务器 job_id = david_service.addList(input_file_path)['id'] # 获取富集分析的结果链接 result_url = f"https://david.ncifcrf.gov/content.jsp?file={job_id}&tool=summary" print(f"查看完整的富集报告请访问 {result_url}") ``` #### 利用Metascape实现综合性的基因和通路富集分析 Metascape是一款集成式的Web应用程序，它不仅限于单一类型的富集测试，而是提供了更为广泛的视角来审视输入基因集合。除了传统的GO术语之外，还涵盖了KEGG Pathway、Reactome等多种资源的信息检索能力。此外，其独特的交互界面允许研究人员轻松浏览不同层次上的关联模式及其统计意义。 #### 运用Enrichr执行快速便捷的在线富集查询 对于那些寻求简单易用解决方案的研究人员来说，Enrichr无疑是最理想的选择之一。无需注册账户或安装额外软件，仅需复制粘贴目标基因ID至指定区域便能立即获得详尽而直观的结果概览图表。更重要的是，这个网站持续更新维护着多个版本的人类和其他物种特异性库供访客选用。 #### R语言包`clusterProfiler`助力本地化定制开发 如果偏好编程环境下的操作方式，则可以考虑采用专门设计用于R统计计算生态系统的`clusterProfiler`扩展包来进行更深入细致的工作流程构建。此模块内置了丰富的算法选项和支持多样的输出格式转换函数，非常适合追求灵活性和技术细节掌控度较高的团队使用。 ```r library(clusterProfiler) library(org.Hs.eg.db) # 定义差异表达基因向量 diff_expressed_genes <- c("TP53", "BRCA1") # 执行GO富集分析 go_enrichment_result <- enrichGO(gene = diff_expressed_genes, universe = keys(org.Hs.eg.db), keyType = "SYMBOL", ont = "BP", pAdjustMethod = "BH", qvalueCutoff = 0.05) # 展示前五个最显著项 head(as.data.frame(go_enrichment_result), n = 5L) ``` #### GSEA软件包针对排序后的基因集合开展评估 不同于上述几种侧重于离散型个体成员属性检测的方式，Gene Set Enrichment Analysis(GSEA)专注于考察整个样本集中按某种标准排列好的序列内部是否存在某些预定义类别过度聚集的现象。这种方法特别适用于探究复杂条件下微弱却一致的变化趋势，在肿瘤学等领域有着广泛的应用前景。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值