DAVID网站进行富集分析

最新推荐文章于 2024-10-14 20:04:51 发布

qq_27390023

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文章标签：生物信息学

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_27390023/article/details/127090783

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DAVID是一个生物信息数据库，也是一款在线免费分析软件，可以为大规模的基因或蛋白列表提供系统综合的生物功能注释信息，帮助用户从中提取生物学信息。该数据主要用于差异基因的功能和通路富集分析。

https://david.ncifcrf.gov/tools.jsp

1. 输入基因列表

可以是各种id，数据来自于差异表达分析结果，注意选择物种和ID类型。

2. submit后查看结果

参考

https://david.ncifcrf.gov/helps/functional_annotation.html#summary

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RNA-seq分析：Step8（富集分析）

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DAVID 在线数据库进行 GO/ KEGG 富集分析

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Step2.选择上传基因的格式【这里上传的为symbol】,Step2a填写对应物种【本文以鸿雁为例】结果查看，点击GO，我主要关注GO的BP, CC和MF三个组分。Step3.选择上传列表的格式，在Step4.点击上传列表。（DAVID首页长这样，网站上也有对应的操作指引）#点击Upload，在Step1.方框处上传基因集。#候选基因进行GO和KEGG富集分析。点击Chart可以查看和下载结果。

DAVID富集分析详细步骤（啰嗦版）

sweet_yemen的博客

06-24

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第一步：进入DAVID网站后先择start analysis。 1.选择upload 2.在框框里粘贴要分析的目的基因集（也可以在下面以文件的形式上传） 3.在Step 2:Select Identifier中选择与你上传的基因集的格式 4.在Step 3：List Type中点第一个（就是要富集分析的基因集，第二个是支持自己上传背景基因集） 5.在step4：Submit List中点击Submit List 这里我用的是猪的基因数据，当提交的基因集中能够注释到的基因不足80%时，就会跳出这个...

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weixin_46500027的博客

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基因富集分析是在一组基因中找到具有一定基因功能特征和生物过程的基因集的分析方法，在研究差异表达基因、筛选基因的后续分析中经常使用。富集分析能够发现在生物学过程中起关键作用的生物通路, 并且帮助理解生物学过程的分子机制。它是快速调查目标基因集功能倾向性的方法之一。进行基因功能富集的网站很多，下面我们先介绍其中一个，叫DAVID。这个网站目前用中国的百度似乎搜索不到了，我们可以用谷歌搜索一下： ...

go kegg_教你使用DAVID 进行 GO/ KEGG 富集分析

weixin_35879114的博客

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weixin_32144483的博客

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### 基因通路富集分析方法与工具 #### 使用DAVID进行基因通路富集分析 DAVID是一个强大的在线平台，提供全面的功能注释和富集分析服务。用户只需上传感兴趣的基因列表，选择合适的背景基因集以及设定参数即可完成分析。该工具能够识别出显著富集的生物过程、分子功能及细胞组件，并以表格形式呈现结果[^1]。 ```python import pandas as pd from bioservices import KEGG, DAVID david_service = DAVID() kegg_service = KEGG() # 设置API密钥并登录到DAVID Web Service API api_key = 'your_api_key_here' david_service.set_credentials(api_key) # 准备待分析的数据文件路径 input_file_path = './gene_list.txt' # 提交作业给DAVID服务器 job_id = david_service.addList(input_file_path)['id'] # 获取富集分析的结果链接 result_url = f"https://david.ncifcrf.gov/content.jsp?file={job_id}&tool=summary" print(f"查看完整的富集报告请访问 {result_url}") ``` #### 利用Metascape实现综合性的基因和通路富集分析 Metascape是一款集成式的Web应用程序，它不仅限于单一类型的富集测试，而是提供了更为广泛的视角来审视输入基因集合。除了传统的GO术语之外，还涵盖了KEGG Pathway、Reactome等多种资源的信息检索能力。此外，其独特的交互界面允许研究人员轻松浏览不同层次上的关联模式及其统计意义。 #### 运用Enrichr执行快速便捷的在线富集查询对于那些寻求简单易用解决方案的研究人员来说，Enrichr无疑是最理想的选择之一。无需注册账户或安装额外软件，仅需复制粘贴目标基因ID至指定区域便能立即获得详尽而直观的结果概览图表。更重要的是，这个网站持续更新维护着多个版本的人类和其他物种特异性库供访客选用。 #### R语言包`clusterProfiler`助力本地化定制开发如果偏好编程环境下的操作方式，则可以考虑采用专门设计用于R统计计算生态系统的`clusterProfiler`扩展包来进行更深入细致的工作流程构建。此模块内置了丰富的算法选项和支持多样的输出格式转换函数，非常适合追求灵活性和技术细节掌控度较高的团队使用。 ```r library(clusterProfiler) library(org.Hs.eg.db) # 定义差异表达基因向量 diff_expressed_genes <- c("TP53", "BRCA1") # 执行GO富集分析 go_enrichment_result <- enrichGO(gene = diff_expressed_genes, universe = keys(org.Hs.eg.db), keyType = "SYMBOL", ont = "BP", pAdjustMethod = "BH", qvalueCutoff = 0.05) # 展示前五个最显著项 head(as.data.frame(go_enrichment_result), n = 5L) ``` #### GSEA软件包针对排序后的基因集合开展评估不同于上述几种侧重于离散型个体成员属性检测的方式，Gene Set Enrichment Analysis(GSEA)专注于考察整个样本集中按某种标准排列好的序列内部是否存在某些预定义类别过度聚集的现象。这种方法特别适用于探究复杂条件下微弱却一致的变化趋势，在肿瘤学等领域有着广泛的应用前景。