使用Beagle5.4做基因型填充一个窗口下只有一个位点报错的解决方案

苏摩i

已于 2023-07-27 11:27:24 修改

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于 2023-02-22 14:46:12 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_51229373/article/details/129162495

版权

java -Xmx50g -jar ./beagle.22Jul22.46e.jar gt=new_test_filter3.vcf out=output2 nthreads=20 1>add2.log 2>selfadd2.err &

Exception in thread "main" java.lang.IllegalArgumentException: Window has only one position: CHROM=chrNW_018085235.1 POS=107897

at vcf.MarkerMap.meanSingleBaseGenDist(MarkerMap.java:98)

at phase.FixedPhaseData.markerMap(FixedPhaseData.java:170)

at phase.FixedPhaseData.<init>(FixedPhaseData.java:117)

at main.Main.phaseAndImpute(Main.java:140)

at main.Main.main(Main.java:110)

解决方案

可以使用Beagle5.1版本来代替5.4版本

版本信息如下: beagle.18May20.d20.jar

下载链接：https://faculty.washington.edu/browning/beagle/bref3.18May20.d20.jar

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