使用Beagle5.4做基因型填充一个窗口下只有一个位点报错的解决方案

已于 2023-07-27 11:27:24 修改
阅读量749 收藏
点赞数
文章标签： java Powered by 金山文档
于 2023-02-22 14:46:12 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/qq_51229373/article/details/129162495
版权

java -Xmx50g -jar ./beagle.22Jul22.46e.jar gt=new_test_filter3.vcf out=output2 nthreads=20 1>add2.log 2>selfadd2.err &

Exception in thread "main" java.lang.IllegalArgumentException: Window has only one position: CHROM=chrNW_018085235.1 POS=107897

at vcf.MarkerMap.meanSingleBaseGenDist(MarkerMap.java:98)

at phase.FixedPhaseData.markerMap(FixedPhaseData.java:170)

at phase.FixedPhaseData.<init>(FixedPhaseData.java:117)

at main.Main.phaseAndImpute(Main.java:140)

at main.Main.main(Main.java:110)

解决方案

可以使用Beagle5.1版本来代替5.4版本

版本信息如下: beagle.18May20.d20.jar

下载链接：https://faculty.washington.edu/browning/beagle/bref3.18May20.d20.jar

苏摩i
关注
  • 0
    点赞
  • 踩
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
Linux使用beagle
weixin_43902858的博客
01-11 650
环境：Linux version 5.4.119-20.0009.20 (mockbuild@builder1.x86.opencloudos.tech) (gcc version 8.5.0 20210514 (Red Hat 8.5.0-15) (GCC)) #1 SMP Mon Jan 9 13:11:31 CST 2023。
使用Beagle进行基因型填充
庐州月光的博客
09-15 8548
欢迎关注”生信修炼手册”!Beagle是基因型填充常用的软件之一，最新版本为V5.1, 在准确率和运行速度上都有了很大提升，对应的文章链接如下https://www.cell.com/a...
你还在为beagle填充烦恼吗？是的，老子头大
jinning3825的博客
02-23 537
第一天列计划，第二天开始做，小小beagle能难倒老子吗，一顿操作猛如虎，原来是能的。写好了，注释一写，感觉自己真特么拉，写的都是什么玩意....老子非要写成一个脚本代码，这个脚本也就改了几十遍吧！为啥过不去心理这坎，哦因为老子不想简单一步步完成。不写估计我自己都不记得了！
Beagle填充之坑ERROR: REF field is not a sequence of A, C, T, G, or N characters at
yiweij的博客
11-11 964
No genetic map is specified: using 1 cM = 1 Mb ERROR: REF field is not a sequence of A, C, T, G, or N characters at 1:47721496 [1] ERROR: REF field is not a sequence of A, C, T, G, or N characters at 1:16800804 [2] ERROR: REF field is not a sequence of A,
使用BEAGLE发生错误的解决办法ERROR: invalid ALT allele at 1:3439801 [-] /Linux下统计文件某元素出现的行数/Linux下删除包含某元素的行
小八四爱吃甜食的博客
01-11 1413
在使用BEAGLE5.0版本填补基因型时，遇到这样一个问题： 接着在网上搜索了一下解决办法，在biostar上看到有人遇到了同样的问题，有人建议使用BEAGLE4.0版本，我尝试后仍然没有解决问题。然后多方搜索发现有这样一个帖子： 网址如下：https://ask.csdn.net/questions/4419232 这个问题应该和我的类似，我的vcf文件里面多了“-”符号，而这个帖子里多了“*”。 于是数了一下文件里有多少行“-”： find test.vcf | xargs cat | grep .
ccs5.4 beagleborad xm DSP单核
liu1guo2qiang3的专栏
04-21 874
IDE环境为：ccs5.4   开发板：beagleboard xm 搭载DM3730 以下记录创建步骤 选择对应的BeagleBoard_xM 修改main程序中内容如下，验证能否通过DSP读取寄存器值 在debug配置中选择对应芯片 下面俩图是A8和dsp核的gel文件，都是默认的 在菜单栏选择target configur
简单做个Beagle
yiweij的博客
11-07 979
beagle做基因定相与填充
bbb-pru:一个在Beagle Bone Black中使用PRU单元的游乐场
05-16
这是一个示例程序，用于弄清楚如何在Beagle Bone Black中对PRU单元进行编程。 取消通知：在代码是更先进的日期和可能更有用。 所需的第三方工具。 vendor / am335x_pru_package目录包含一个驱动程序和汇编程序，...
beagle-drawer:一个使用Beagle来实现Navigation Drawer组件的android和后端应用程序
04-09
导航抽屉+ Beagle 这是一个使用的示例项目，并实现了导航抽屉组件，该组件支持工具栏和Activity的回调单击。如何运行项目？ 首先，有必要初始化BFF ，为此，仅在IntelliJ中打开bff目录的项目，然后执行...
beagle,一个智能可靠的配套库，用于调试Android应用程序.zip
10-11
Beagle是一个开源项目，专为Android开发者设计，旨在提供一个高效、智能的调试解决方案。它可以帮助开发者更好地理解应用程序的运行状态，定位并解决潜在的问题，从而提高开发效率和产品质量。通过集成Beagle，...
beagle:一个框架，可帮助您在应用程序中本地实现服务器驱动的用户界面
03-20
:party_popper:使用Beagle构建您的第一个应用程序遵循《 。推荐的安装Beagle的方式取决于您的项目。在这里，您可以找到最常见情况的简短指南： :open_book:文献资料有关Beagle的完整文档可在我们的上。 Beagle文档...
beagle：一个智能，可靠且高度可定制的调试菜单库，用于Android应用程序，支持屏幕记录，网络活动日志记录和许多其他有用的功能
02-02
介绍了使用库可以实现的另一种方法， 介绍了使用Beagle可以解决的各种问题。在您的项目中使用如果下面的文字太长，无法满足您的口味，请查看，其中包含进行良好配置所需的所有代码。 否则，请逐步进行操作：步骤0：...
用重测序数据对芯片测序数据进行基因组填充
m0_54898708的博客
10-09 996
file1是从网上下载的山羊的重测序文件，SBWC_goat 是山羊的芯片测序数据文件（两个都是软链接到别人目录下的）计划用file1对SBWC_goat*做基因型填充beagle命令; 1.输入文件gt处理 1.1plink正常格式转二进制格式 map和bed文件转vcf要先转二进制文件、再转vcf（-_-||）转二进制文件命令 --make-bed由于楼主这里染色体数目不是人类的23是羊的 故设置--chr-set 30并且还包括一些个体编号 故加上--allow-extra-chr 输入命令
Invalid array length
Ton555555的博客
01-25 1万+
问题报错： Invalid array length 原因数组长度为负数 team_total 和 sub_total 是有接口获取的数据， 在接口数据返回前渲染的时候， 两个数据还没有获取到， 去计算： 减去数组的长度， 使数组长度前加了负号， 数组长度为负数会报错。 下图： 对数组长度做判断是错的， 我们应该对 接口返回的数据 total做判断 解决办法： 对数组长度做判断是错的， 我们应该对 接口返回的数据 total做判断 ...
2023年 beagle bone black教程4-串口的使用
qq_37662088的博客
03-14 666
beagle bone black 串口的使用，包含发送和接收
错误提示:java.lang.IllegalArgumentException:Invalid token LIMIT的解决方法
热门推荐
limeng的博客
06-22 1万+
最近在Android R机型上面，很多应用查询通话记录数据库的时候，抛出了下面异常： 06-11 10:46:40.431 4034 9554 E DatabaseUtils: Writing exception to parcel 06-11 10:46:40.431 4034 9554 E DatabaseUtils: java.lang.IllegalArgumentException: Invalid token LIMIT 06-11 10:46:40.431 4034 9554 E Databa
文献解读|不同基因型填充软件性能的比较
庐州月光的博客
09-17 1107
欢迎关注”生信修炼手册”!影响基因型填充效果的因素有很多，比如填充软件的选择，reference panel的选择，样本个数，SNP的密度或者测序深度等等因素。目前基因型填充的软件有很多...
【Beagle】Beagle X15 烧写系统笔记
Jia ming 的日常学习笔记
07-14 247
安装系统小结；
配置Java开发环境
最新发布
Broken_x的博客
07-10 1518
Java开发环境配置
请写一个使用glib编写的面向对象风格的代码示例，体现封装、继承、多态
05-31
好的，以下是一个使用glib编写的面向对象风格的代码示例，其中体现了封装、继承、多态： ```c #include <glib.h> // 基类 Animal typedef struct _Animal { gchar *name; guint age; } Animal; // Animal 方法 void animal_set_name(Animal *animal, gchar *name) { g_free(animal->name); animal->name = g_strdup(name); } void animal_set_age(Animal *animal, guint age) { animal->age = age; } void animal_say_hello(Animal *animal) { g_print("Hello, I'm %s.\n", animal->name); } // 派生类 Dog typedef struct _Dog { Animal parent; gchar *breed; } Dog; // Dog 方法 void dog_set_breed(Dog *dog, gchar *breed) { g_free(dog->breed); dog->breed = g_strdup(breed); } void dog_say_hello(Dog *dog) { g_print("Hello, I'm a %s dog named %s.\n", dog->breed, dog->parent.name); } // Animal 构造函数 Animal *animal_new(gchar *name, guint age) { Animal *animal = g_new(Animal, 1); animal->name = g_strdup(name); animal->age = age; return animal; } // Dog 构造函数 Dog *dog_new(gchar *name, guint age, gchar *breed) { Dog *dog = g_new(Dog, 1); dog->parent.name = g_strdup(name); dog->parent.age = age; dog->breed = g_strdup(breed); return dog; } int main() { Animal *animal = animal_new("Tom", 3); animal_say_hello(animal); Dog *dog = dog_new("Snoopy", 5, "Beagle"); animal_say_hello((Animal *) dog); dog_say_hello(dog); g_free(animal->name); g_free(animal); g_free(dog->parent.name); g_free(dog->breed); g_free(dog); return 0; } ``` 在上面的代码中，Animal 是基类，Dog 是派生类。Animal 包含了 name 和 age 两个成员变量，以及 animal_set_name、animal_set_age 和 animal_say_hello 三个方法。Dog 继承了 Animal，并新增了 breed 成员变量，以及 dog_set_breed 和 dog_say_hello 两个方法。animal_new 和 dog_new 分别是 Animal 和 Dog 的构造函数，用于初始化对象。在 main 函数中，分别创建了一个 Animal 和一个 Dog 对象，并调用了相应的方法。 这个代码示例中体现了封装，Animal 和 Dog 的成员变量和方法都是私有的，外界无法直接访问。同时也体现了继承，Dog 继承了 Animal 的属性和方法。最后，dog_say_hello 方法通过多态的方式覆盖了 animal_say_hello 方法，体现了多态。

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值