It2CLR模型复现情况

一、数据部分

1、CAMELYON16 数据集

README：we solely employ the 5x resolution for training and evaluation.

2、代码中dataset部分共有两个数据集

1）XXX.txt数据集：该数据集记录的camelyon16中每一张图片；

-large_train_bags.txt：

-test_bags.txt：

-train_bags.txt：

-val_bags.txt：

2）all_patches.csv数据集：该数据集记录的是

下载：Camlyon16数据集：

第一步：进入网站：国家基因库核酸序列归档系统（CNSA）FTP公开服务 (cngb.org)

第二步：编写爬虫程序

import requests
import os
from tqdm import tqdm
# 目标网址
url = "https://ftp.cngb.org/pub/gigadb/pub/10.5524/100001_101000/100439/CAMELYON16/training/normal/"
# 保存的起始和结束文件名
start_file = "normal_001.tif"
end_file = "normal_160.tif"
# 创建目标文件夹
dataset_dir = "/home/user/zhangbowen/ItS2CLR-main/train/dataset/dataset/training/normal/"
if not os.path.exists(dataset_dir):
    os.makedirs(dataset_dir)
# 下载文件
for i in tqdm(range(1, 161), desc="Downloading files"):
    filename = "normal_" + str(i).zfill(3) + ".tif"
    file_url = f"{url}{filename}"
    print(file_url)
    response = requests.get(file_url, stream=True)
    if response.status_code == 200:  # 检查请求是否成功
        with open(os.path.join(dataset_dir, filename), 'wb') as f:
            for chunk in response.iter_content(chunk_size=1024):
                if chunk:
                    f.write(chunk)

第三步：使用tmux新建会话进行后台下载

遇见的坑：

1、一开始打算使用byyp包从百度网盘中进行下载，但是在bypy info阶段绑定的账号没有足够的空间在存储Camelyon16数据集，换账号重新绑定bypy包失败，所以更换方法；

2、下载和使用tmux见帖子：非root用户安装tmux - 知乎 (zhihu.com)；