2021-09-09 （自学笔记）关于序列比对的知识

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PART 1

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常用的序列比对矩阵：
PAM-n：亲缘关系较近的序列之间比对
BLOSUM：远近都可以
最常用的是 BLOSUM-62

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PART 2

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序列比对算法
1.双序列全局比对算法


斜向表示字母对应字母；
横向表示字母对应空格。

如图自己领悟- -
B站链接（3.5.3双序列全局比对）

2.双序列局部比对算法



斜向表示字母对应字母；
横向表示字母对应空格。

B站链接（3.5.4双序列局部比对）

PS：

亿点点小插曲= =
我看了整整一天半了，问了学长才终于明白 read mapping和Sequence Alignment 一样都是序列比对嘛= =

and

所说的seed 种子原来指的是把read分割出来的小部分= =
这一天半感觉自己真的好菜啊啊啊啊啊 = =还要加油

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PART 3

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EMBL 全局双序列比对工具