微生物基因组分类数据库GTDB(Windows下载后上传至服务器)和软件GTDB-Tk（conda安装）

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已于 2024-03-25 16:42:20 修改

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分类专栏：生物信息学分析文章标签：生物信息学 linux 数据库大数据学习方法

于 2024-03-25 16:40:12 首次发布

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微生物基因组分类数据库GTDB(Windows下载后上传至服务器)和软件GTDB-Tk（conda安装）

介绍
基因组分类数据库：GENOME TAXONOMY DATABASE（https://gtdb.ecogenomic.org/）
GTDB Release 214.1 is now available（63G，太大了简直。我用服务器直接下载提示要100多天才能下载完成）

所以还是用电脑Windows下载后上传至服务器方便些！
GTDB Release 214.1 is now available

conda安装GTDB-Tk

conda create -n GTDBTk  #GTDB-Tk v2.1.0
conda activate GTDBTk 
conda install bioconda::gtdbtk

下载微生物基因组分类数据库GTDB（用自己电脑直接下载啦）

GTDB-Tk requires ~84G of external data that needs to be downloaded and unarchived:

wget https://data.gtdb.ecogenomic.org/releases/latest/auxillary_files/gtdbtk_data.tar.gz
wget https://data.ace.uq.edu.au/public/gtdb/data/releases/latest/auxillary_files/gtdbtk_data.tar.gz  (or, mirror)
tar xvzf gtdbtk_data.tar.gz  #解压后会得到“release214”的文件夹

上传至服务器指定位置

# 我们是通过conda安装的，所以会有xxx/envs/GTDBTk/share/gtdbtk-2.1.0/db
cd /mnt/raid0/chengzi/home/cc/envs/GTDBTk/share/gtdbtk-2.1.0/db

# 再将解压得到的release214文件夹里的所有复制到/mnt/raid0/chengzi/home/cc/envs/GTDBTk/share/gtdbtk-2.1.0/db

测试安装是否成功

#首先指定参考数据库所在位置
GTDBTK_DATA_PATH="/mnt/raid0/chengzi/home/cc/envs/GTDBTk/share/gtdbtk-2.1.0/db" 
#查看参考数据库位置
conda env config vars list 
## 测试流程
gtdbtk check_install  #检查数据库，结果显示OK和Done表示正常
gtdbtk test --out_dir gtdbtk_test  #[2024-03-25 11:26:26] INFO: Test has successfully finished.

运行（注释）

# 注释
gtdbtk classify_wf --genome_dir genomes/ -x fasta --skip_ani_screen --out_dir classify_wf_out --cpus 36 #--genome_dir 是待注释的基因组所在文件夹；-x fa 指定基因组的后缀，默认fna