Error in `levels＜-`(`tmp`, value = as.character(levels)) : factor level [2] is duplicated

最新推荐文章于 2024-10-28 08:45:37 发布

生信小博士

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分类专栏：笔记文章标签： r语言

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Error in `levels<-`(`tmp`, value = as.character(levels)) : factor level [2] is duplicated

因为有重复的基因名字

I believe it is because you have duplicates in the features you wish to plot

sum(duplicated(markers.to.plot))

Seurat::DotPlot(subset_data,features = c("Csf1","Csf1","Csf2rb"),group.by = "stim")
Error in `levels<-`(`*tmp*`, value = as.character(levels)) : 
  factor level [2] is duplicated

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当您在 R 语言中遇到错误时，可以根据错误信息中提供的信息来定位错误的位置。通常情况下，错误信息会告诉您哪一行代码引发了错误，具体的错误类型以及错误的原因。对于您提到的 `subscript out of bounds` 错误，错误信息中通常会指出出错的函数和变量，例如 `[<-(*tmp*, i, , value = c(row, col))`。您可以根据这个信息来找到出错的函数和变量。通常可以通过使用 `traceback()` 函数来查看函数调用堆栈，以确定错误的来源。例如，如果您运行以下代码： ```r my_matrix <- matrix(1:9, nrow = 3) my_matrix[4, 2] <- 0 ``` 将会得到以下错误信息： ``` Error in `[<-`(`*tmp*`, 4, 2, value = 0) : subscript out of bounds ``` 这个错误信息告诉我们，错误出现在第二行代码中，因为它尝试访问矩阵中不存在的元素 `[4, 2]`。在这种情况下，我们可以使用 `traceback()` 函数来查看函数调用堆栈，以确定错误的来源： ```r my_matrix <- matrix(1:9, nrow = 3) traceback() my_matrix[4, 2] <- 0 ``` 这将会输出以下信息： ``` > traceback() 4: stop("subscript out of bounds") 3: `[<-`(`*tmp*`, 4, 2, value = 0) 2: eval(expr, envir, enclos) 1: eval(ei, envir) ``` 从输出信息中，我们可以看到错误发生在 `[<-` 函数中，这个函数是由 R 自动调用的，用于修改矩阵的值。因此，我们可以确定错误的来源是尝试访问矩阵中不存在的元素。

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