利用Python脚本计算基因组测序数据Nx0

脚本原代码加解析 test.py

import sys

fn = sys.argv[1]
fi = open(fn,'r')

chr_len = {}
for line in fi:      
  line = line.strip()   
  infos2 = line.split('\t') 
  chr_len[infos2[0]] =int(infos2[1])
  
n= len(chr_len)
total_len = sum(chr_len.values())
mean_len =total_len/n
  
longest_id,longest_len = max(chr_len.items(),key=lambda x:x[1])

def Nx0(l,x):
  '''
  该函数用于计算Nx0，接受两个参数：
  l : 长度列表
  x : N50|N60|N70...
  返回两个值：
  idx : Nx0 的编号
  Nx0 : Nx0 的长度
  '''
  l = chr_len.values()  #所有染色体长度
  l = sorted(l,reverse=True) #从大到小排序
  p = int (x[1:])/100     #x[1:]去掉Nx0中的N，int()转换为数字
  total_len = sum(l)
  nx0 = idx =cumsum =0
  for i,v in enumerate(l,start=1):  #可以帮我们多迭代出当前循环的第几个元素
    cumsum += v              # 累加               
    if cumsum >= total_len * p:
      idx = i
      nx0 = v