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风澪梦宙
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几种国内芯片测序格式和 Affymetrix 位点集格式的对比
前3篇文章都是对比和 Illumina 芯片有关的原始数据格式,这篇则直接比较和 Affymetrix 芯片有关的原始数据格式。目前国内常见的测序机构里,23魔方主要使用与 Affymetrix 有关的定制芯片,据说新版也用了 Illumina 定制芯片,但真实性未知。而其他测序公司比如微基因、各色等,基本都使用或者改用 Illumina 的芯片(微基因的1.0版用 Affymetrix 的定制芯片)。而国外常见的5家(23andMe、Ancestry、FTDNA、LivingDNA、MyHeritag原创 2021-09-17 02:26:51 · 475 阅读 · 0 评论 -
几种国内芯片测序格式和 Illumina HumanHap 位点集格式的对比
上一篇文章因为数据量比较大,所以我在此打算单独开篇展示统计的与 Illumina HumanHap 有关的芯片原始文件转化。国外的5家常见测序公司里只有 23andMe 的V1和V2使用的位点集和 HumanHap 550 有关的(其中V1版本未找到)。数据见如下的图中:1.国内格式转国外与 HumanHap 相关格式的转化率图(按基因位点位置转化)2.国内格式转国外与 HumanHap 相关格式的未检出位点数图3.上述格式跑一些祖源计算器的理想利用率图(这里的原始数据文件第4列都填满了纯原创 2021-09-16 20:54:16 · 209 阅读 · 0 评论 -
几种国内芯片测序格式和 Illumina Omni 位点集格式的对比
国外的一些测序公司曾经使用过与 Illumina Omni 有关的定制芯片,比如 23andMe(V3)、Ancestry(V1&V2)、FTDNA(V2,部分统计来源则对应V1)、MyHeritage(V1)等,它们至今仍拥有很高的性价比。对此,我也做了一些对比图,其中涉及了 Omni 家族的 OmniExpress、Omni1 Quad 和 Omni 中华8 ,未涉及 Omni 家族的 Omni2.5 和 Omni5,也未涉及各自对应的外显子组格式,感兴趣的用户可以到Illumina的官网自行下原创 2021-09-16 17:59:31 · 323 阅读 · 0 评论 -
几种国内芯片测序格式和 Illumina GSA 位点集格式的对比
近几年内,很多国外测序公司(比如23andMe、FTDNA等),他们将类似于 Illumina Omni Express 芯片或其他的位点集替换成了类似于 Illumina GSA 芯片的位点集,且它们一般体现为定制芯片数据。特此,我做了一些对比图,以方便查找哪些芯片格式更接近 GSA(Global Screening Array)的位点集。为了方便对比,我也加入了几种近似于GSA位点集的对照格式。(以下数据皆用DNA Kit Studio V2.8转化)1.国内格式转国外与 GSA 相关格式的原创 2021-09-15 14:35:32 · 481 阅读 · 0 评论 -
用R语言拟合Eurogenes G25祖源坐标的学习笔记
Eurogenes Global25(简称G25)是一种类似于PCA(主成分分析)的Score值的祖源分析算法,与用百分比数值表示各成分祖源结果的普通祖源计算器的不同。具体信息可从国外网站查询获知,此文仅整理用R拟合G25坐标的学习笔记。一、准备工作1. 从R语言的官网直接下载、安装R,这里不再赘述;2. 下载nMonte程序(从百度链接下载,或者在科学上网后从Eurogenes的博客链接下载,链接在文末),并放在需要运行的文件路径上;https://pan.baidu.com/s/1ro原创 2021-08-28 01:23:33 · 408 阅读 · 2 评论