NCBI36（hg18）参考的HapMap、HGDP数据下载链接

已于 2022-08-23 12:34:56 修改
阅读量1.5k 收藏 1
点赞数
分类专栏： 链接 基因检测 文章标签： 生物信息学
于 2022-03-31 22:15:58 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/qq_53947118/article/details/123884526
版权
本文提供了NCBI36（hg18）参考的HapMap和HGDP数据下载链接，包括1115例HapMap样本和1043例HGDP样本。数据适用于生物信息学分析，但请注意，这些数据基于过时的参考坐标系，不适用于GRCh37或GRCh38。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

以下数据由于默认参考坐标都是过去的NCBI36（hg18），不是当前通用的GRCh37（hg19）或GRCh38（hg38）参考坐标，因此在一般情况下请谨慎下载使用。

一、HapMap（NCBI）

官方未解封数据源，包括1115例样本：

(1) ASW

African ancestry in Southwest USAhttps://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/hapmap/phase_3/hapmap3_reformatted/ASW.hmap.gz

(2) CEU

Utah residents with Northern and Western European ancestry from the CEPH collectionhttps://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/hapmap/phase_3/hapmap3_reformatted/CEU.hmap.gz

(3) CHB

最低0.47元/天 解锁文章
（转）HapMap简介
weixin_33738982的博客
02-20 1848
1、人类基因组的HapMap和国际HapMap计划 (1)何谓HapMap HapMap是Haplotype Map 的简称，Haplo意为单一，在基因组中专指来自父母的一对染色体中的一条。Haplotype就是单条染色体中的一段，译作单体型(有人译作单倍型)，是描述遗传差异的一种主要方式。DNA作为遗传物质，不但编码了物种间的差异，物种内不同个体之间的差异也含在其中，均表现为基因组之间的DN...
HapMap-人类基因组单倍型图谱
庐州月光的博客
05-26 2353
欢迎关注"生信修炼手册"！在2001年的时候，HapMap联盟发起了HapMap 计划，旨在构建人类基因组的单倍体图谱，由多个国家和组织的科研人员合作完成。通过对1000...
HapMap（Haplotype Map）计划
bigcindy的博客
10-04 6815
1. 人类基因组的HapMap和国际HapMap计划 1.1 何谓HapMap HapMap是Haplotype Map 的简称，Haplo意为单一，在基因组中专指来自父母的一对染色体中的一条。Haplotype就是单条染色体中的一段，译作单体型(有人译作单倍型)，是描述遗传差异的一种主要方式。DNA作为遗传物质，不但编码了物种间的差异，物种内不同个体之间的差异也含在其中，均表现为基因组之间的DNA序列差异，也就是基因组的多态性上。 DNA由四种核苷酸单个连接而成，基因组最常见的多态就是单核苷酸多态(
HAP_级联功能
Code First
08-02 460
现在有两个字段role 和user role 角色名称 角色 管理员 10001 员工 10002 user用户类型对应role的角色（管理员、员工) 用户名称 用户id 用户类型 admin 10001 10001 jessen 10002 10001 hailen 10003 10002 eric 10...
hap-spec:超媒体应用协议（HAP）是一种域通用的，自记录的超媒体类型
04-27
本规范为草稿。 HAP-超媒体应用协议 基本原理 超媒体应用协议（HAP）是一种域通用的，自记录的超媒体类型。 HAP建立在之上， 是一种取代的数据交换格式。 HAP带来了用于链接，操纵和嵌入资源的语义。 HAP旨在独立于语言。 目前，Transit已经可以使用以下语言： Clojure ClojureScript Java JS Python Ruby C＃ 镖 埃尔朗 OCaml 以下库和应用程序可用于HAP： -HAP API的人工UI 示例API 用于HAP的Clojure环形中间件 -HAP的Clojure（脚本）客户端 -Transit传达语义类型 举个例子 提供了以HAP ToDo为例来说明HAP的演练。 规格 制图表达 超媒体应用协议表示形式是根据数据结构（如映射，列表，原始类型和扩展类型）定义的。 HAP在顶级映射中定义了以下六个键： ：da
Python--将vcf格式文件转换成hapmap格式文件
最新发布
qq_64400864的博客
05-24 811
VCF（Variant Call Format）是一种常用的基因组学数据格式，用于记录基因变异，包括单核苷酸多态性（SNP）和其他类型的基因突变。上一篇python--将多个文件合并成一个文件，并在最后添加文件名列下一篇根据基因在染色体的位置，把某一区间的所有基因提取出来。4）all.hapmap.txt：这是输出文件的路径和名称，表示转换后的HapMap格式数据将被写入这个文件。3）all.clean.vcf.gz：这是输入文件的路径和名称，表示一个压缩的VCF文件。脚本的全部内容​​​​​​​。
常用或特别的人类fasta参考基因组下载链接
qq_53947118的博客
01-18 6238
Fasta格式是一种基于文本用于表示核酸序列或多肽序列的格式，一般情况下可在大型的国际基因组网站的ftp链接下载到，文件后缀名多为".fasta"、".fa"、".fna"，有的为压缩格式。比NCBI36/hg18更早的版本因为过旧，所以不显示。 一、NCBI36 / hg18 1. Ensembl release 54（别名：Homo_sapiens.NCBI36.54.dna.toplevel ） 该参考的染色体编号开头不含“chr”。 https://ftp.ensembl.org/pub/r
[更新中] NGS常见软件和数据库（肿瘤/遗传病）
Rys_Ben_Blogs
02-27 2896
变异分析
Haplotype Reference Consortium:最大规模的单倍型数据库
庐州月光的博客
09-18 1058
欢迎关注”生信修炼手册”!在进行基因型填充时，reference panel的选择对填充结果的影响非常大，HapMap包含了3百多万个SNP位点，420个单倍型，1000G包含了8千多万...
教程：群体演化方法分析玉米的驯化与改良
浓香鸭腿面的博客
05-30 2697
一般文章在筛选 正选择区间 时，大多 不考虑 群体的 演化历史，即不考虑 群体大小 的变化，只进行亚群之间各种群体遗传参数的对比，这可能会产生大量的假阳性。另一方面，研究一般也 不考虑 遗传信息的 迁移。所以作者希望将群体演化历史及遗传信息的迁移纳入选择区间的考量因素中，以提高结果的准确性。 值得注意的是，此方法误差的主要来源为 预测 的群体演化历史与 真实 历史间的差异。其中影响预测的因素众多，且较多因素 无法确定，如碱基突变率，有的研究预测结果为 3.3×10−83.3×10^{-8}3.3×10−8，
EnsemblMapping：将基因组装配图GRCh38映射到GRCh37的脚本
02-09
整体映射 将基因组装配图GRCh38映射到GRCh37的脚本 先决条件： 已安装Perl5 已安装DBI :: DBD模块 已安装Perl Ensembl API（ ） 有关命令行的描述，请运行： ./map_GRCh38_to_GRCh37.pl -h Help: To run this script, please use the format ./map_GRCh38_to_GRCh37.pl --species-species [--mapping=mapping] [--file=file] [--options=options] You can either provide a file with multiple mappings to convert, or a single mapping as an argument.
利用HapMap数据发现人类基因组中正选择的“候选区域” (2010年)
05-08
人类基因组国际单体型图计划( The International Haplotype Map Project,HapMap)旨在构建全基因组范围的常见遗传变异数据库,为复杂性疾病、人类进化和其它遗传学研究提供基础数据。此研究基于 HapMap计划第Ⅰ期数据,通过群体基因组学策略对亚、欧、非人群中的正选择信号进行扫描。在基因组范围建立了一个包含多层次信息(基因、窗口、大型区域)的正选择图谱。研究表明:人类基因组中存在一定程度的正选择,正选择的“候选窗口”占总筛查窗口的～5 %;基因组中的正选择信号集中于某些
icommands 玉米282群体下载
m0_69603624的博客
03-26 465
【代码】icommands 玉米282群体下载。
参考基因组 坐标转换 hg38 hg19
dujidan的博客
03-19 3580
参考基因组 坐标转换 hg38 hg19 俗话说，工欲善其事必先利其器 首先，你要有一套nb的工具，这里就介绍一下 UCSC 的 liftOver，这就是用来做 不同版本基因组间的转换。 1、下载必要的软件和文件 # 下载坐标转换对应文件，hg19到hg38 # wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/liftOver/hg38ToHg19.over.chain.gz rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.u
基因组各种版本对应关系
watermel__的博客
02-23 2124
NCBI对应UCSC(hg)再对应ENSEMBL数据库： GRCh36 (hg18): ENSEMBL release_52 GRCh37 (hg19): ENSEMBL release_59/61/64/68/69/75 GRCh38 (hg38): ENSEMBL release_76/77/78/80/81/82
Identifying genetic relatives without compromising privacy
qq_41813652的博客
06-10 291
He D, Furlotte N A, Hormozdiari F, et al. Identifying genetic relatives without compromising privacy[J]. Genome research, 2014, 24(4): 664-672. cited：42
如何判断基因组的重复区域_人类参考基因组GRCh37 VS GRCh38
weixin_31881651的博客
01-14 3359
人类基因组包括22条常染色体（1-22），2条性染色体（X，Y）和线粒体DNA（mtDNA）。高通量测序的reads比对至参考基因组是后续数据分析的基础。因此，参考基因组的质量是至关重要的。目前，广泛使用的版本是GRCH37和GRCH38。2009年，the Genome Reference Consortium (GRC)发布了第19版人类基因组GRCH37，也常被称为hg19。GRCH37被广...
hadoop的官网下载和各版本下载方法
热门推荐
leileihhxx的博客
12-27 10万+
不想看具体分析可以直接点击链接下载。 1、官网：官网下载 2、旧版本下载(官方的archive地址)：旧版本下载 3、清华大学开源软件镜像站下载(速度较快，只有新版本)：清华大学开源软件镜像站 具体流程： 先贴出hadoop官方地址~ hadoophttps://hadoop.apache.org/ 一般来说，Apache的开源软件后缀都是apache.org。hive的官网是Hivehttps://hive.apache.org/ Zookeeper也一样，网址：zookeep
GBS hapmap 格式 转化为Plink格式：tassel vcftools方法汇总
邓飞----育种数据分析之放飞自我
07-31 5248
参考 https://zhuanlan.zhihu.com/p/38590403 环境：linux系统 2. 安装软件 首先，要安装anaconda或者miniconda，然后使用conda install进行软件安装, 安装conda方法： https://docs.anaconda.com/anaconda/install/linux/ 2.1 安装tassel git clone https...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值