【教程】如何使用BCFtools提取全基因组数据到芯片模拟数据?

如果您使用的是Windows系统(至少Windows 10),操作这部分的内容建议下载解压Cygwin衍生的win10tools,并打开Cygwin.bat来在Windows模拟部分Linux系统环境。

文末有win10tools的下载链接,如果失效,那么需从以下链接下翻找到Win10 Release Users来下载win10tools:
WGS Extract Version 3 Beta | WGSExtract.github.iohttps://wgsextract.github.io/ 接着打开使用文件夹bin中的exe文件指令Cygwin.bat。如果不能成功打开并Cygwin.bat操作指令,则需另安装单独版Cygwin;或者进入bin文件夹,右击空白处使用Windows终端Terminal操作,但需要在核心指令前加“./”,比如./bcftools mpileup)

 
首先直接展示我测试时用过的具体指令:

bcftools mpileup --threads 16 -a 'FMT/AD,FMT/ADF,FMT/DP,FMT/SCR,FMT/SP' -d1000 -T F:/WGSE/Template_VCF+TAB/HGDP_Stanford.b37.tab.gz -f ./Reference/hs37d5.fa.gz -Ou 文件名.cram |\
bcftools call --threads 16 --ploidy 2 -a 'INFO/PV4,FMT/GQ' -V indels -m |\
bcftools filter --threads 16 -s LowQual -e '%QUAL<20 || INFO/MQ<10 || INFO/IDV<4 || INFO/IMF<0.1 || FMT/DP<4 || FMT/GQ<20 || FMT/SP>55' -g5 -G5 -Oz > ./temp/文件名.HGDP_Stanford.vcf.gz
bcftools annotate -a F:/WGSE/Template_VCF+TAB/HGDP_Stanford.b37.tab.gz -c CHROM,POS,ID ./temp/文件名.HGDP_Stanford.vcf.gz --threads 16 --collapse all -Oz -o ./temp/文件名.HGDP_Stanford.anno.vcf.gz
tabix -p vcf ./temp/文件名.HGDP_Stanford.anno.vcf.gz
bcftools query -f '%ID\t%CHROM\t%POS[\t%TGT]\n' ./temp/文件名.HGDP_Stanford.anno.vcf.gz |\
sed 's/chr//; s/\tM\t/\tMT\t/g; s/\///; s/\.\.$/--/; s/TA$/AT/; s/TC$/CT/; s/TG$/GT/; s/GA$/AG/; s/GC$/CG/; s/CA$/AC/' |\
sort -k2,3 -V > ./temp/Raw.HGDP_Stanford.x
  • 0
    点赞
  • 7
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
基因数据分析在Linux系统中是非常常见的。在Linux中,有许多用于基因数据分析的工具和软件可供使用。其中一些常用的工具包括SAMtools、BEDTools、GATK(Genome Analysis Toolkit)和BCFtools等。这些工具可以用于处理和分析基因组测序数据,包括SNP检测、InDel检测、差异表达分析等。 在Linux中进行基因数据分析的一般步骤包括数据预处理、质量控制、比对、变异检测和结果注释等。首先,需要对原始测序数据进行质量控制和预处理,包括去除低质量的reads、去除接头序列和过滤掉低质量的碱基。然后,将预处理后的数据进行比对,将测序reads与参考基因组进行比对,得到比对结果。接下来,可以使用工具如SAMtoolsBCFtools进行SNP和InDel的检测。最后,可以使用注释工具如ANNOVAR对检测到的变异进行注释,以了解其可能的功能和影响。 总之,Linux系统提供了丰富的工具和软件来支持基因数据分析,可以进行各种类型的分析,包括SNP检测、InDel检测和差异表达分析等。 #### 引用[.reference_title] - *1* *3* [基因组重测序数据分析](https://blog.csdn.net/g863402758/article/details/54908850)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^koosearch_v1,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] - *2* [生物信息学入门 使用 GEO基因芯片数据进行差异表达分析(DEG)——Limma 算法 数据 代码 结果解读](https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/83541443)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^koosearch_v1,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] [ .reference_list ]

“相关推荐”对你有帮助么?

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值