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在Windows系统中使用DIY Dodecad 2.1分析常染色体祖源的方法
DIY Dodecad v2.1允许使用不完整的基因型文件,即不包括计算器中使用的所有预期SNP标记的基因型文件。这对那些在测试中拥有较老基因型文件的个体很有用,并允许该工具用于任何类型的基因型数据。更重要的是它可以得到所有染色体的混合比例,所有具有一定长度的染色体区域,或者特定的感兴趣区域。原创 2022-10-24 19:37:10 · 646 阅读 · 0 评论 -
浅谈如何在优麒麟22.04中使用Eigenstrat和Plink工具生成类23andMe格式原始数据
在使用此教程前,请先在Oracle VM VirtualBox或其他虚拟机中安装好优麒麟22.04版系统,或其对应源系统Ubuntu 22.04。原创 2022-08-21 17:53:31 · 615 阅读 · 0 评论 -
【教程】如何使用BCFtools提取全基因组数据到芯片模拟数据?
如果您使用的是Windows系统(至少Windows 10),操作这部分的内容建议下载解压Cygwin衍生的win10tools,并打开Cygwin.bat来在Windows模拟部分Linux系统环境。文末有win10tools的下载链接,如果失效,那么需从以下链接下翻找到Win10 Release Users来下载win10tools:WGS Extract Version 3 Beta | WGSExtract.github.iohttps://wgsextract.github.io/ 接着打开使用原创 2022-06-30 16:55:05 · 2193 阅读 · 0 评论 -
NCBI36(hg18)参考的HapMap、HGDP数据下载链接
以下数据由于默认参考坐标是过去的NCBI36(hg18),不是当前通用的GRCh37(hg19)或GRCh38(hg38)参考坐标,因此在一般情况下请谨慎下载使用。一、HapMap(NCBI)1. 官方未解封数据源,包括1115例样本:(1) ASWAfrican ancestry in Southwest USA(2) CEUUtah residents with Northern and Western European ancestry from the CEPH collec原创 2022-03-31 22:15:58 · 1345 阅读 · 0 评论 -
几种国内芯片测序格式和 Affymetrix 位点集格式的对比
前3篇文章都是对比和 Illumina 芯片有关的原始数据格式,这篇则直接比较和 Affymetrix 芯片有关的原始数据格式。目前国内常见的测序机构里,23魔方主要使用与 Affymetrix 有关的定制芯片,据说新版也用了 Illumina 定制芯片,但真实性未知。而其他测序公司比如微基因、各色等,基本都使用或者改用 Illumina 的芯片(微基因的1.0版用 Affymetrix 的定制芯片)。而国外常见的5家(23andMe、Ancestry、FTDNA、LivingDNA、MyHeritag原创 2021-09-17 02:26:51 · 475 阅读 · 0 评论 -
几种国内芯片测序格式和 Illumina HumanHap 位点集格式的对比
上一篇文章因为数据量比较大,所以我在此打算单独开篇展示统计的与 Illumina HumanHap 有关的芯片原始文件转化。国外的5家常见测序公司里只有 23andMe 的V1和V2使用的位点集和 HumanHap 550 有关的(其中V1版本未找到)。数据见如下的图中:1.国内格式转国外与 HumanHap 相关格式的转化率图(按基因位点位置转化)2.国内格式转国外与 HumanHap 相关格式的未检出位点数图3.上述格式跑一些祖源计算器的理想利用率图(这里的原始数据文件第4列都填满了纯原创 2021-09-16 20:54:16 · 209 阅读 · 0 评论 -
几种国内芯片测序格式和 Illumina Omni 位点集格式的对比
国外的一些测序公司曾经使用过与 Illumina Omni 有关的定制芯片,比如 23andMe(V3)、Ancestry(V1&V2)、FTDNA(V2,部分统计来源则对应V1)、MyHeritage(V1)等,它们至今仍拥有很高的性价比。对此,我也做了一些对比图,其中涉及了 Omni 家族的 OmniExpress、Omni1 Quad 和 Omni 中华8 ,未涉及 Omni 家族的 Omni2.5 和 Omni5,也未涉及各自对应的外显子组格式,感兴趣的用户可以到Illumina的官网自行下原创 2021-09-16 17:59:31 · 322 阅读 · 0 评论 -
几种国内芯片测序格式和 Illumina GSA 位点集格式的对比
近几年内,很多国外测序公司(比如23andMe、FTDNA等),他们将类似于 Illumina Omni Express 芯片或其他的位点集替换成了类似于 Illumina GSA 芯片的位点集,且它们一般体现为定制芯片数据。特此,我做了一些对比图,以方便查找哪些芯片格式更接近 GSA(Global Screening Array)的位点集。为了方便对比,我也加入了几种近似于GSA位点集的对照格式。(以下数据皆用DNA Kit Studio V2.8转化)1.国内格式转国外与 GSA 相关格式的原创 2021-09-15 14:35:32 · 478 阅读 · 0 评论 -
【教程】在Radmixture运行无标杆成分名的任意祖源计算器的方法
本文介绍一个使用radmixture程序计算个人祖源方法,如果您做过芯片级基因检测并下载了原始数据(raw data)文件,这篇教程将会给你带来很大的帮助。一、准备工作1. 下载自己的基因原始数据。如果您做的是普通的芯片测序,这需要从对应测序机构的网站提供的下载路径与方法的查找;如果您做的是全基因组测序,则先提取BAM/CRAM文件的数据到TXT/CSV的芯片格式里,再进行后续操作即可。下载、安装R语言。建议从官网下载安装包:https://www.r-project.org/2. 下载原创 2021-08-03 14:24:12 · 773 阅读 · 0 评论