Day6-学习R包

R包是多个函数的集合。
学生信，R语言必学的原因是丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。
一、安装和加载R包
1.镜像设置
镜像网站相当于主网站的副本，访问主网站存在障碍时，访问镜像网站也可。存放R包的网站位于国外，选择国内的镜像可加快访问速度。

options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor")

2.安装
确保联网。R包安装命令是install.packages()或者BiocManager::install()。具体使用哪一个是取决于你要安装的包存在于CRAN网站还是Biocductor，怎么知道存在于哪里呢？可以谷歌必应搜到的。
安装来自cran的stringr包：

install.packages("stringr")

安装来自Biocductor的limma包：

BiocManager::install("limma")

报错：安装biocmanager这个包，没安装这个包造成的问题，安装完成后再library一下看有没有调用成功，问题就解决了。

3.加载
library和require，两个函数均可。使用一个包，是需要先安装再加载，才能使用包里的函数。

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) 
options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")
install.packages("dplyr")
library(dplyr)

示例数据直接使用内置数据集iris的简化版:

test <- iris[c(1:2,51:52,101:102),]

二、dplyr五个基础函数
1.mutate(),新增列

mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)

2.select(),按列筛选

(1)按列号筛选

select(test,1)

select(test,c(1,5))

select(test,Sepal.Length)

(2)按列名筛选

select(test, Petal.Length, Petal.Width)

vars <- c("Petal.Length", "Petal.Width")
select(test, one_of(vars))

3.filter()筛选行

filter(test, Species == "setosa")

filter(test, Species == "setosa"&Sepal.Length > 5 )

filter(test, Species %in% c("setosa","versicolor"))

4.arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序

arrange(test, Sepal.Length)#默认从小到大排序

arrange(test, desc(Sepal.Length))#用desc从大到小

5.summarise()：汇总
对数据进行汇总操作,结合group_by使用实用性强

注意，井号开头的是代码运行记录。可以和自己的运行结果做对比。

三、dplyr两个实用技能
1：管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)
（加载任意一个tidyverse包即可用管道符号）

test %>% 
  group_by(Species) %>% 
  summarise(mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))

注：灰色倒感叹号出现是因为没有全屏显示，全屏后即可全部显示。

2：count统计某列的unique值

count(test,Species)

四、dplyr处理关系数据
即将2个表进行连接

test1 <- data.frame(x = c('b','e','f','x'), 
                    z = c("A","B","C",'D'))
test1

test2 <- data.frame(x = c('a','b','c','d','e','f'), 
                    y = c(1,2,3,4,5,6))
test2

1.內连inner_join,取交集

inner_join(test1, test2, by = "x")

2.左连left_join

left_join(test1, test2, by = 'x')

left_join(test2, test1, by = 'x')

3.全连full_join

full_join( test1, test2, by = 'x')

4.半连接：返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_join

semi_join(x = test1, y = test2, by = 'x')

5.反连接：返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join

anti_join(x = test2, y = test1, by = 'x')

6.简单合并
在相当于base包里的cbind()函数和rbind()函数;注意，bind_rows()函数需要两个表格列数相同，而bind_cols()函数则需要两个数据框有相同的行数。

test1 <- data.frame(x = c(1,2,3,4), y = c(10,20,30,40))
test1

test2 <- data.frame(x = c(5,6), y = c(50,60))
test2

test3 <- data.frame(z = c(100,200,300,400))
test3

bind_rows(test1, test2)

bind_cols(test1, test3)

五、函数和R包该怎么学习
(1) 快速查看函数帮助文档

?sd

在使用别人的代码时，遇到一个不认识的函数想要学习，可以查看他的帮助文档，可以解决90%的“xx函数什么意思”，“xx参数什么意思”的问题。很多都是现查现用。
(2)找R包介绍页面（搜）
(3) Vignettes
网页版教程