gromacs在Linux上安装——代码详解

最新推荐文章于 2024-08-17 00:00:00 发布

天王遥Q

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分类专栏：安装类文章标签： gromacs 安装 Linux 代码

本文链接：https://blog.csdn.net/qurenjie1993/article/details/87898172

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本文提供了一步一步的指导，首先详细介绍了如何在Linux上安装fftw，包括下载、解压、编译和安装，并设置了编译参数。接着，讲述了安装gromacs 5.0.7的完整过程，包括解决可能出现的cmake问题，以及如何配置环境变量使得gromacs可被调用。最后，给出了检查安装成功的步骤。

摘要由CSDN通过智能技术生成

文章目录

第一步：安装 fftw
第二步：安装 gromacs 5.0.7
如果你觉得我的博文对你有帮助，欢迎投食 :)

第一步：安装 fftw

这是与 傅里叶变换 相关的软件包。当然也是 Gromacs 正常运行的必备。

下载安装包

度盘

解压安装包并准备好安装路径

tar -zxvf fftw-3.3.8.tar.gz

sudo su
cd /boot
mkdir renjie
cd renjie
mkdir gmxfftw

编译并安装

cd fftw-3.3.8
./configure --prefix=/boot/renjie/gmxfftw --enable-float --enable-shared --enable-sse2
make
make install

cd到fftw文件夹里

参数控制：
1.安装在我指定的路径下
2.单精度
3.开启共享以便调用.so的库
4.线程加速

编译（it costs some time…）

安装

第二步：安装 gromacs 5.0.7

说明一下，本来是安装5.1.4版本的，但是，在后期的模拟过程中发现该版本的 OPLS力场 有问题，所以就用经典版本5.0.7了。

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该文件是个人摸索出来的，对于不同的体系，在参数修改方面可能不同。

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