Review: R.MRPP分析

MRPP（Multi ResponsePermutation Procedure）分析，类似于ANOSIM 分析，主要是用于分析高维度数据组间相似性的统计方法。

目的：用于评估两组实验数据的整体相似性，以及相似性是否显著。

执行：R中vegan包提供了MRPP分析的函数mrpp

结果：得到A值、P 值

A > 0，表示组间差异大于组内差异

A < 0，表示组内差异大于组间差异

P值评价组内差异与组间差异的显著性

### 输入文件的格式处理
>head(data)
            sp1    sp2    sp3    sp4    ... group
sample1    相对丰度...                        A
sample2    ...                               B
sample3    ...                               A

library(vegan)

data.dist = vegdist(subset(data, select = -group))  ### bray Curtis 计算相似性矩阵
data.mrpp = mrpp(data.dist, grouping = data$group, permutations = 999) ### 得出A值、P值

###
data.df = subset(data, select = -group)
data.mrpp = mrpp(data.df, grouping = data$group, permutations = 999,  distance = "bray") ### data 是data.frame,指定distance 参数用于计算相似性矩阵的方法