R 中标准化两列数据差异较大的数据

最新推荐文章于 2021-12-05 11:30:35 发布

samhuairen

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分类专栏： R 语言——必须要会的文章标签：数据分析可视化

本文链接：https://blog.csdn.net/samhuairen/article/details/107125232

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在分析两个材料36个基因表达数据时，发现一个材料的基因表达普遍高于另一个。使用传统pheatmap包的标准化方法无法突出基因间的差异。通过不对数据进行中心化，仅进行标准化，可以有效展示材料间及基因间的差异。这种方法适用于展示差异显著的数据集。

摘要由CSDN通过智能技术生成

实验室的师弟给了两个材料，36个基因表达的数据，其中一个材料的所有基因表达的量都比另一个材料所有基因的表达量要高，而且在这36个基因中，有几个基因表达量在两个材料中都远大于其他基因。如何有差别的做出这两列基因数据的heatmap呢？如果采用传统的pheatmap包中的pheatmap函数，在对行进行标准化的时候，发现每个材料中的基因表达量都是相同的，表达量高的那个材料全是红色，表达量低的那个材料全是蓝色。达不到区分不同的基因表达有差异的效果。因此，采用以下标准化的方法，可以有效的展示材料之间的差异，也可以展示不同基因之间的差异。

数据如下：

	Col	h3
gene1	0.818075197	2.398748858
gene2	0.480627491	0.926058452
gene3	0.213218511	0.408803941
gene4	61.79509635	137.4037627
gene5	4.985920179	10.09193546
gene6	16.01706302	24.19177474
gene7	2.641230651	4.721488137
gene8	2.460139283	14.49196975