cellranger count分析SRA下载的数据

下载数据SRR14459157，拆分

fasterq-dump --split-3 SRR14459157

拆出两份数据，按10X input的格式修改file name

mv SRR14459157_1.fastq WT4_S157_L001_R1_001.fastq
mv SRR14459157_2.fastq WT4_S157_L001_R2_001.fastq

将数据放入独立的目录，目录下不能有其他的文件（很重要），run cellranger count

cellranger count --id=S157 \
           --transcriptome=ref_path \
           --fastqs=./GSM5284385 \
           --sample=WT4 \
           --localcores=8 \
           --localmem=64

遇到了报错的情况：1、数据没有放入单独的目录；2、放数据的目录名称（fq path）与id相同

报错内容：

Invalid path/prefix combination: PATH/GSE173673, ['WT4']
Samples not detected among demultiplexed FASTQs: WT4