下载数据SRR14459157,拆分
fasterq-dump --split-3 SRR14459157
拆出两份数据,按10X input的格式修改file name
mv SRR14459157_1.fastq WT4_S157_L001_R1_001.fastq
mv SRR14459157_2.fastq WT4_S157_L001_R2_001.fastq
将数据放入独立的目录,目录下不能有其他的文件(很重要),run cellranger count
cellranger count --id=S157 \
--transcriptome=ref_path \
--fastqs=./GSM5284385 \
--sample=WT4 \
--localcores=8 \
--localmem=64
遇到了报错的情况:1、数据没有放入单独的目录;2、放数据的目录名称(fq path)与id相同
报错内容:
Invalid path/prefix combination: PATH/GSE173673, ['WT4']
Samples not detected among demultiplexed FASTQs: WT4