使用cell ranger进行单细胞转录组定量分析

最新推荐文章于 2024-04-24 16:16:09 发布
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在RNA_seq数据的定量分析中，都是首先将reads比对到参考基因组，然后再使用定量软件进行定量，比如经典的hisat+stringTie的分析策略，对于单细胞转录组而言，其定量的原理也是一样的，只不过由于引入了UMI标签的设计，在定量时需要考虑相同UMI标签来自同一个转录本，直接使用传统的分析软件就不合适了。

官方提供的cell ranger软件不仅提供了数据拆分，也提供了定量等分析内容。

定量的前提都是需要将reads比对到参考基因组上，对于比对而言，第一步都是先对参考基因组建立索引，官网提供了人和小鼠的参考基因组供下载，网址如下

https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/downloads/latest

对于其他物种，我们只需要有基因组的fasta文件和转录本的gtf文件，就可以自定义参考基因组，步骤如下

1. 对GTF文件进行过滤

在原始的GTF文件中，会包

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