GATK创建索引

刘兴义

已于 2023-08-07 16:25:26 修改

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文章标签： linux 运维服务器

于 2023-08-07 16:19:02 首次发布

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GATK需要reference序列是经过index的，而且需要两个index文件，一个是后缀名为.fai的，另外一个是后缀名称为.dict的，缺少这些文件，或者两个文件中的内容不一致都可能导致程序报错。

#生成dict文件
/home/liuxingyi/file/workflow/software/jdk1.8.0_191/bin/java -Xmx4g -Djava.io.tmpdir=java_tmp/ -jar /home/liuxingyi/file/workflow/software/gatk-4.1.1.0/gatk-package-4.1.1.0-local.jar CreateSequenceDictionary -R ../../../IGV/b37/human_g1k_v37_decoy.fasta

#生成fai文件
/home/liuxingyi/file/workflow/software/samtools-1.18/bin/samtools faidx ../../IGV/b37/human_g1k_v37_decoy.fasta

从bed文件构建interval_list

/home/liuxingyi/file/workflow/software/jdk1.8.0_191/bin/java -Xmx4g -Djava.io.tmpdir=java_tmp/ -jar /home/liuxingyi/file/workflow/software/gatk-4.1.1.0/gatk-package-4.1.1.0-local.jar BedToIntervalList -I IDT-v2-targets-hg19-MASKPAR.sort.pad100.bed -O test.interval_list -SD ../../IGV/
b37/human_g1k_v37_decoy.dict