一区|宏基因组Binning解密古菌

近期，凌恩生物客户浙江农业科学院在《Science of the Total Environment》期刊上发表了“Tracking investigation of archaeal composition and methanogenesis function from parental to offspring pigs”关于猪肠道古菌和甲烷生成功能的宏基因组研究文章，该研究通过对亲本和子代猪的粪便进行宏基因组binning测序，阐明了猪肠道古菌组成和产甲烷功能的发育模式，并揭示了饲粮因素对产甲烷菌和产甲烷功能的潜在影响和机制。

• 期刊：Science of the Total Environment    

• 影响因子：9.8         

• 发表时间：2024.04

• 样本类型：猪粪便                  

• DOI: 10.1016/j.scitotenv.2024.172078

研究背景

古菌在微生物系统中起着至关重要的作用，包括驱动生化反应和通过氢产生甲烷影响宿主健康。猪肠道古菌的研究对降低甲烷排放和提高饲料利用效率具有积极意义。所以本文利用宏基因组binning测序研究了亲本和子代猪肠道内古菌的发育和甲烷生成功能变化，结果有助于为养猪业制定减少甲烷排放、提高饲料效率和维持肠道健康的战略提供信息和方向。

实验设计

本研究采集36头亲本猪（18头公猪和18头妊娠/泌乳母猪）的54份粪便样本，18头子代猪在哺乳（3d）、发育（26、35、49d）、生长（120d）和育成（180d）阶段的108份粪便样本，进行宏基因组测序并测定粪便中的短链脂肪酸的含量。

注：亲本猪分组：哺乳母猪（LS）、怀孕母猪（PS）、公猪（BB）；

仔猪分组：乳猪（NB）、断奶猪（NP）、生长猪（GF）、育成猪（FP）。

图 研究思路

实验结果

1、猪肠道古生菌的比例及注释信息

宏基因组测序共获得14个古菌MAGs，在门水平上主要为Methanobacteriota和Thermoplasmatota，在属水平上为Methanobrevibacter 、Methanosphaera、MX-02和UBA71。KEGG注释结果显示，这些MAGs主要编码甲烷生成基因，参与氢化营养途径、甲基营养途径和乙酰细胞的分解途径。

图1 猪肠道古菌的MAGs信息

2、猪肠道古菌丰度和多样性

与子代猪相比，亲本猪的肠道菌群α多样性（Richness、Shannon、Simpson 和 Pielou）更高。古菌MAGs在不同类群中的分布表明，在门水平上，甲烷杆菌门在所有类群中占多数，但在亲本哺乳母猪（LS）类群中有所下降（图2C）。子代乳猪（NB）组MAGs中MT-8的相对丰度较高，但在随后的生长阶段(GF)逐渐下降。总体而言，断奶和生长阶段是仔猪饲粮变化的关键时间点，这表明饲粮可能是肠道古菌结构形成的关键。

图2 猪肠道古生菌多样性和丰度的纵向动态研究

3、猪肠道中不同阶段的古菌特征

亲本猪中BB组和PS组的饲粮含量相同，而LS组饲粮中纤维含量较低。通过线性判别分析（LDA）和受试者工作特征曲线（ROC）确定古生菌在各阶段的代表性。发现各组中LDA得分最高的古菌一般具有良好的分类性能，包括Mt-14（LS）、Mt-9（PS）、Mt-8（NB）和Mt-2（GP）（图3B）。

图3 猪肠道中不同阶段的古菌特征

4、古生菌中产甲烷功能的动态变化

通过宏基因组对产甲烷古菌的基因丰度的统计分析表明，与其他亲本组相比，LS组产甲烷基因丰度显著降低；子代猪的NP组中产甲烷基因丰度下降，但在生长阶段恢复（图4A)。进一步分析甲烷生成基因功能，发现甲基营养途径和乙酰分解途径分别聚类，而氢化营养途径和辅酶相关途径聚类在一起（图4C）。

图4 猪肠道古菌产甲烷功能的纵向动力学研究

5、与产甲烷作用相关的细菌组成和功能的变化

通过热图分析了细菌属水平的丰度。结果表明，NP组显著富集的菌是Campylobacter, Staphylococcus，Cutibacterium，GP组是Bifidobacterium, Peptoniphilus, Rhizobium（图5）。进一步研究了肠道微生物群的代谢能力，总体而言，子代猪（不包括NB组）利用淀粉产生葡萄糖的能力略高于亲本组，而它们利用纤维素产生葡萄糖的能力则远低于亲本组。亲本组富集醋酸生产和醋酸到丁酸生产途径，而子代猪则富集丙烯酸途径和丙酸生产的丙酸途径。研究者进一步测定了猪粪中短链脂肪酸的含量，结果显示，BB组和PS组中乙酸与丙酸的比值显著高于其他组（图6）。

图5 与甲烷代谢相关的细菌属的相对丰度

图6 猪体内CAZymes和KEGG酶基因的纵向动态研究

6、古生菌与细菌、CAZymes和KEGG酶的相关性

对古菌影响最大的细菌、CAZymes和KEGG酶与不同的古菌MAGs进行了相关性分析。结果发现，与氢化营养途径相关的古菌与亲本猪富集的细菌呈显著正相关，而与子代猪富集的细菌呈负相关。此外，古菌相关氢化营养途径与纤维降解（GH3）和甲酸分解相关酶呈正相关，与淀粉分解（GH13）和乳酸分解相关酶呈负相关。

图7 细菌属、CAZymes和KEGG酶与古菌MAGs之间的关系

7、与产氢和消耗有关的酶的变化

铁氧还蛋白是形成电子转移产生氢的金属-蛋白质复合物的关键组成部分。甲酸脱氢酶和氢酶可以通过氧化甲酸生成产甲烷的H2和二氧化碳。根据KEGG注释，计算了参与H2消耗的关键酶的相对丰度。BB组和PS组的甲基-CoM还原酶（mcrA）的丰度高于断奶仔猪。在子代中，断奶仔猪的mcrA逐渐下降。

图8 比较参与H2产生和H2摄取途径的基因丰度

研究结论

研究通过宏基因组binning获得了亲本和仔猪肠道14个古菌非冗余宏基因组组装基因组（MAGs）。这些古菌在门水平上分为Methanobacteriota和Thermoplasmatota，涉及氢化营养、甲基营养和乙酰分解途径。饮食变化对猪的古菌组成和甲烷生成功能影响较大。硫酸盐还原酶丰度的增加以及醋酸/丙酸比的降低可能是甲烷生成功能降低的原因。这些发现有助于为养猪业制定减少甲烷排放、提高饲料效率和维持肠道健康的战略提供信息和方向。

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参考文献

Chen Q, et al. Tracking investigation of archaeal composition and methanogenesis function from parental to offspring pigs. Science of the Total Environment. 2024;927:172078.