阅读nnUNet V2代码——生成nnUNetPlans.json—determine_transpose函数

阅读nnUNet\nnunetv2\experiment_planning\experiment_planners\default_experiment_planner.py

文件内有一个ExperimentPlanner类和一个_maybe_copy_splits_file函数，阅读其determine_transpose函数。

在determine_transpose函数内涉及的其他函数都在文章后半部分说明。

目录

determine_transpose函数

参数

过程

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 determine_transpose函数

参数

• 无

过程

首先判断是否设置抑制转置（self.suppress_transpose变量，在__init__函数中定义），如果不为空则不转置，返回原有维度顺序。

if self.suppress_transpose:
    return [0, 1, 2], [0, 1, 2]

 接下来计算各维度（轴）的体素间距，determine_fullres_target_spacing见

阅读nnUNet V2代码——生成nnUNetPlans.json—determine_fullres_target_spacing函数-CSDN博客

target_spacing = self.determine_fullres_target_spacing()

 接下来找到各维度体素间距最大的维度，以及其余维度，分别存入max_spacing_axis变量和remaining_axes变量。

由上述两个变量确定前向转置数组，再计算后向转置数组，使得图像能还原回原始维度。

max_spacing_axis = np.argmax(target_spacing)
remaining_axes = [i for i in list(range(3)) if i != max_spacing_axis]
transpose_forward = [max_spacing_axis] + remaining_axes
transpose_backward = [np.argwhere(np.array(transpose_forward) == i)[0][0] for i in range(3)]

最后返回前向和后向转置数组