生物软件安装与使用--6 Seqtk 的安装与使用

1 简介

seqtk日常序列的处理包括，比如：fq转换为fa，格式化序列，截取序列，随机抽取序列等。

2 安装

# Sudo权限
sudo apt-get install seqtk
# 普通用户
git clone https://github.com/lh3/seqtk.git;cd seqtk; make

pwd
/public2/home/wu_yl/honghao/Biosofts/seqtk

echo 'export PATH=~/honghao/Biosofts/seqtk:$PATH'>>~/.bash_profile
source ~/.bash_profile
seqtk

3 使用

-A ： 转化序列文件格式，如fastq转fasta
-l ： 修改序列文件格式，如每行的碱基个数
-r ： 序列反向互补
-C ： 删除header上的注释信息
-N ： 删除含有模糊碱基的序列
-U ： 所有碱基大写

3.1 将 FASTQ 转换为 FASTA：

  seqtk seq -a in.fq.gz > out.fa

3.2 序列反向互补

  seqtk seq -r in.fq > out.fq